More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3475 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3475  response regulator receiver  100 
 
 		 207 aa  410  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0347  two component LuxR family transcriptional regulator  78.74 
 
 		 198 aa  298  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0345  two component LuxR family transcriptional regulator  78.74 
 
 		 198 aa  298  3e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0352  two component LuxR family transcriptional regulator  78.74 
 
 		 198 aa  297  7e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0355  two component transcriptional regulator, LuxR family  78.74 
 
 		 198 aa  296  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.881439  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3506  two component LuxR family transcriptional regulator  75.36 
 
 		 198 aa  294  7e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0351  LuxR family DNA-binding response regulator  77.29 
 
 		 198 aa  290  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3621  two component LuxR family transcriptional regulator  75.85 
 
 		 198 aa  290  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3818  two component LuxR family transcriptional regulator  75.85 
 
 		 198 aa  290  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0322  two component LuxR family transcriptional regulator  75.85 
 
 		 198 aa  288  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4591  two component LuxR family transcriptional regulator  71.5 
 
 		 198 aa  285  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000001788 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0357  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  73.58 
 
 		 202 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3820  two component LuxR family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 205 aa  236  3e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03365  DNA-binding response regulator, LuxR family protein  53.88 
 
 		 205 aa  206  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0258  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.81 
 
 		 200 aa  201  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1264  two component LuxR family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 200 aa  192  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.86401 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3871  two component LuxR family transcriptional regulator  49.52 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00685623  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  52.4 
 
 		 202 aa  189  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.446643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0183  two component LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 200 aa  186  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.541303  normal  0.654013 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5150  two component LuxR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 200 aa  181  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5477  DNA-binding response regulator  48.08 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00156963  hitchhiker  0.00000000000102018 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5531  DNA-binding response regulator  47.12 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5475  DNA-binding response regulator  47.12 
 
 		 200 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.132453  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5200  DNA-binding response regulator  46.63 
 
 		 200 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5597  DNA-binding response regulator  46.63 
 
 		 200 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5482  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5050  DNA-binding response regulator  46.63 
 
 		 200 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5034  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 200 aa  174  9e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.617082  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5444  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 200 aa  174  9e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0907  LuxR family two component transcriptional regulator  47.14 
 
 		 197 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365102  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1720  LuxR family two component transcriptional regulator  47.85 
 
 		 201 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1908  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.24 
 
 		 201 aa  170  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.264232 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1290  DNA-binding response regulator  42.31 
 
 		 200 aa  169  3e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.29796  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.71 
 
 		 208 aa  165  5e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5200  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0156716  normal  0.415255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4055  response regulator receiver protein  47.89 
 
 		 201 aa  161  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0367887 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1680  response regulator receiver protein  45.24 
 
 		 197 aa  161  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.516841 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0286  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.24 
 
 		 203 aa  159  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.784033  normal  0.130384 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1641  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.11 
 
 		 201 aa  159  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2068  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.98 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.385073  normal  0.894995 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0195  two component LuxR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 205 aa  156  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.116105 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0655  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.93 
 
 		 200 aa  155  4e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0763  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.24 
 
 		 208 aa  155  5.0000000000000005e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.313515 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4753  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 201 aa  155  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.226774 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2610  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.76 
 
 		 144 aa  155  6e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000438854  normal  0.0112001 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3006  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.38 
 
 		 204 aa  153  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000248543  hitchhiker  0.000146029 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0288  LuxR response regulator receiver  44.29 
 
 		 201 aa  149  3e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0935286  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0118  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.15 
 
 		 205 aa  149  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.137239  normal  0.184056 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06340  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.36 
 
 		 211 aa  148  6e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2957  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 201 aa  145  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00144362  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00990  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.83 
 
 		 201 aa  145  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.666199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16250  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  43.81 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.216822  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8146  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 202 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.524184 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0091  response regulator receiver protein  44.08 
 
 		 204 aa  141  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1897  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.83 
 
 		 200 aa  140  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.299419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1937  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.81 
 
 		 201 aa  138  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2770  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.9 
 
 		 201 aa  138  6e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.282039  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0528  two component LuxR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 201 aa  137  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.653057  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1079  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.78 
 
 		 200 aa  136  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.782019  normal  0.0499592 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1588  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.19 
 
 		 201 aa  135  4e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.117504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4572  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.63 
 
 		 200 aa  134  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.318618  normal  0.115695 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5628  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.19 
 
 		 200 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.946433  normal  0.876589 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0889  LuxR family DNA-binding response regulator  33.65 
 
 		 200 aa  132  3e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000916195  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.19 
 
 		 204 aa  132  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0649288  normal  0.281143 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6441  response regulator receiver protein  39.42 
 
 		 227 aa  132  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.176234  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  38.28 
 
 		 200 aa  131  6.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.680692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1383  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 200 aa  130  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000320378  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1410  response regulator receiver  36.41 
 
 		 200 aa  130  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000440417  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0691  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.5 
 
 		 190 aa  129  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0345388 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4598  response regulator receiver protein  40.87 
 
 		 201 aa  126  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.053163 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3534  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 206 aa  125  6e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11510  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.8 
 
 		 203 aa  124  8.000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1624  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.19 
 
 		 201 aa  124  9e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0305603  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1808  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.87 
 
 		 201 aa  123  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.207018 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4258  two component LuxR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 216 aa  121  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  38.25 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3238  regulatory protein LuxR  35.5 
 
 		 228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5262  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.32 
 
 		 219 aa  118  6e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 220 aa  118  7e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 216 aa  117  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3055  response regulator receiver  35.75 
 
 		 219 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0503  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.8 
 
 		 202 aa  114  8.999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.900292 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4836  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 201 aa  114  8.999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.16538  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9329  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2270  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.9 
 
 		 242 aa  113  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000113212 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0782  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.43 
 
 		 220 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  35.87 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1241  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000399601  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1846  LuxR family two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.699471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  34.53 
 
 		 216 aa  112  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.74 
 
 		 231 aa  112  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 211 aa  112  3e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1285  two component LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 216 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000337392  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2233  LuxR response regulator receiver  34.96 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2445  response regulator receiver protein  32.88 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0115114  normal  0.02149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4334  response regulator receiver protein  38.28 
 
 		 200 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.574495  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2510  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.24 
 
 		 217 aa  111  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2391  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.75 
 
 		 239 aa  111  7.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0696687  hitchhiker  0.00128542 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>