More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3371 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 239 aa  490  1e-137  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.04 
 
 		 240 aa  352  2e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.6 
 
 		 238 aa  276  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 		 240 aa  255  4e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.05 
 
 		 251 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 		 275 aa  218  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.29 
 
 		 253 aa  216  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 		 241 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.68 
 
 		 266 aa  211  7e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.34 
 
 		 266 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 		 266 aa  209  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 		 266 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 		 266 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 		 266 aa  208  7e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  44.96 
 
 		 241 aa  207  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 266 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  43.4 
 
 		 239 aa  206  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  47.88 
 
 		 241 aa  205  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 		 238 aa  205  6e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 		 266 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 238 aa  202  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 		 249 aa  195  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 		 260 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.04 
 
 		 239 aa  186  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 		 264 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 		 251 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 		 250 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  43.59 
 
 		 262 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.18 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 		 249 aa  151  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  38.75 
 
 		 265 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 252 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 		 277 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 256 aa  132  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 		 277 aa  131  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 259 aa  128  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 		 257 aa  125  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 		 282 aa  124  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 260 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 258 aa  121  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 		 242 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 		 255 aa  118  7e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 		 300 aa  118  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 260 aa  115  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 		 264 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 		 251 aa  112  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  31.84 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 		 255 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 		 271 aa  108  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 		 240 aa  108  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  32.34 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.94 
 
 		 243 aa  105  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.74 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3014  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.06 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.698047  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 		 254 aa  102  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 		 245 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 		 260 aa  99.4  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  29.34 
 
 		 261 aa  96.3  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 267 aa  96.3  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 		 250 aa  95.9  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 		 256 aa  95.5  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  30.45 
 
 		 266 aa  95.1  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  31.28 
 
 		 264 aa  94.7  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  30.58 
 
 		 270 aa  94  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  30.58 
 
 		 270 aa  94  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  28.94 
 
 		 254 aa  93.2  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 241 aa  92.4  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.73 
 
 		 230 aa  91.7  9e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 		 249 aa  91.7  9e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 		 261 aa  91.7  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.65 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.65 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 		 278 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.836425  normal  0.228083 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 250 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2168  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.65 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408948  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.65 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.65 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.65 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0537  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.65 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 		 251 aa  90.1  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 		 245 aa  89.7  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05379  conserved hypothetical protein  32.97 
 
 		 365 aa  89  6e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.228242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 		 260 aa  89  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.78 
 
 		 249 aa  88.6  7e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>