More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3341 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3341  methylation  100 
 
 		 205 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000885834  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0472  methylation site containing protein  79.02 
 
 		 205 aa  342  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000795599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3657  methylation site containing protein  79.02 
 
 		 205 aa  342  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3480  methylation site containing protein  79.41 
 
 		 205 aa  341  4e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000493749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0490  MSHA pilin protein MshB  79.02 
 
 		 205 aa  339  1e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000965015  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0511  MSHA pilin protein MshB  79.02 
 
 		 205 aa  339  1e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000086206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3829  MSHA pilin protein MshB  78.54 
 
 		 205 aa  338  4e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0514  MSHA pilin protein MshB  78.54 
 
 		 205 aa  338  4e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00061527  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4106  MSHA pilin protein MshB  77.56 
 
 		 205 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0566  MSHA pilin protein MshB  77.56 
 
 		 205 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.571105  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  82.91 
 
 		 201 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0460  MSHA pilin protein MshB  73.87 
 
 		 201 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4411  methylation site containing protein  72.06 
 
 		 219 aa  291  4e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000316241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0395  methylation site containing protein  72.91 
 
 		 211 aa  288  4e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0635812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0550  methylation site containing protein  69.9 
 
 		 218 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000424061  normal  0.764365 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3762  methylation site containing protein  65.64 
 
 		 202 aa  257  7e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000262752  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0176  prepilin-type cleavage/methylation  42.38 
 
 		 212 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_002567  Pilin protein  47.14 
 
 		 195 aa  141  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4570  MSHA pilin protein MshB  36.62 
 
 		 229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.527275  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2826  MSHA pilin protein MshB  46.53 
 
 		 184 aa  84.3  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2151  membrane protein  29.9 
 
 		 186 aa  81.6  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.899411  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  42.27 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  42 
 
 		 156 aa  75.9  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  42.55 
 
 		 157 aa  75.5  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  46.59 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1956  hypothetical protein  33.08 
 
 		 189 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0620526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0475  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHB)  42.28 
 
 		 189 aa  71.2  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  47.62 
 
 		 187 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  46.59 
 
 		 146 aa  70.5  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  34.19 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1141  MSHA pilin protein MshB  37.5 
 
 		 126 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  39.13 
 
 		 169 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01338  hypothetical protein  52.54 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  39.8 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  40.62 
 
 		 178 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0976  pilin, putative  50 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0485556  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  46.27 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  46.03 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  46.03 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  41.18 
 
 		 163 aa  68.6  0.00000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  46.03 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  31.25 
 
 		 197 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3689  pilin, putative  29.37 
 
 		 186 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  35.87 
 
 		 168 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  43.28 
 
 		 163 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3690  methylation site containing protein  30.89 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  46.67 
 
 		 178 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  39.53 
 
 		 156 aa  66.2  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  42.86 
 
 		 169 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  40.37 
 
 		 165 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  42.86 
 
 		 169 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  30.77 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  41.03 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  41.03 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  49.23 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  41.03 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  41.03 
 
 		 172 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  36.47 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  46.88 
 
 		 175 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  39.19 
 
 		 166 aa  64.7  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  41.03 
 
 		 172 aa  64.7  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  42.86 
 
 		 169 aa  64.3  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  43.28 
 
 		 171 aa  63.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  28.57 
 
 		 173 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  41.79 
 
 		 174 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  35.05 
 
 		 185 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3316  methylation site containing protein  31.93 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.192216  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3217  hypothetical protein  44.62 
 
 		 108 aa  62.8  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000170582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  52.63 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3989  pilin, putative  41.67 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.387559 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3363  methylation  63.04 
 
 		 139 aa  62  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.57133  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3698  methylation site containing protein  35.25 
 
 		 192 aa  62  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.452925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3100  hypothetical protein  64.1 
 
 		 136 aa  62  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  42.86 
 
 		 176 aa  62  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  47.37 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2521  hypothetical protein  29.41 
 
 		 193 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  36.84 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4159  hypothetical protein  35.09 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  36.84 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  39.68 
 
 		 173 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  37.76 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  32.43 
 
 		 163 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  44.29 
 
 		 172 aa  60.5  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3268  hypothetical protein  53.45 
 
 		 125 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.359601  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  37.66 
 
 		 159 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  32.14 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  45.45 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  45.07 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  42.42 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  35.4 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3520  methylation site containing protein  36.52 
 
 		 201 aa  58.9  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  45.07 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0391  hypothetical protein  59.09 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.588550000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  40.3 
 
 		 172 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0754  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  56.82 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.430859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  41.43 
 
 		 172 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1562  transformation system protein  37.21 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.586126  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  34.19 
 
 		 191 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0327  methylation site containing protein  35.79 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0267191  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  40 
 
 		 190 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>