256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3268 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  100 
 
 
229 aa  476  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  82.97 
 
 
229 aa  415  1e-115  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.8003e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  83.84 
 
 
229 aa  416  1e-115  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.19805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  70.43 
 
 
233 aa  353  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  70.61 
 
 
240 aa  353  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  71.3 
 
 
233 aa  353  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  70.43 
 
 
233 aa  351  4e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  67.11 
 
 
240 aa  339  2e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  68.16 
 
 
225 aa  321  6e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  60.96 
 
 
230 aa  291  5e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  56.22 
 
 
263 aa  276  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  56.84 
 
 
243 aa  273  2e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.46435e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  47.88 
 
 
237 aa  219  2e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  47.88 
 
 
237 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.32202e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  45.67 
 
 
272 aa  213  2e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  43.87 
 
 
259 aa  196  4e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  43.35 
 
 
256 aa  191  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  43.35 
 
 
256 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  40.76 
 
 
241 aa  174  1e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  38.87 
 
 
244 aa  169  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  38.87 
 
 
244 aa  167  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  41.36 
 
 
218 aa  164  1e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  3.01408e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  51.01 
 
 
248 aa  152  3e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  1.929e-10 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  39.29 
 
 
270 aa  146  2e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  35.34 
 
 
243 aa  129  4e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  43.17 
 
 
243 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  42.45 
 
 
243 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  34.82 
 
 
205 aa  116  2e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  38.51 
 
 
246 aa  115  7e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  35.37 
 
 
209 aa  110  2e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  33.19 
 
 
248 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  34.33 
 
 
214 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  30.74 
 
 
213 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  29.66 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  6.04594e-05 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  31.56 
 
 
225 aa  92  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  29.78 
 
 
231 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  33.68 
 
 
236 aa  79.7  3e-14  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.24176e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  52.24 
 
 
216 aa  78.6  8e-14  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  52.24 
 
 
216 aa  78.6  8e-14  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  47.89 
 
 
131 aa  78.2  9e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.18001e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  29.55 
 
 
248 aa  77.8  1e-13  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  2.11881e-06 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  27.95 
 
 
222 aa  76.3  4e-13  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  7.99679e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  26.34 
 
 
215 aa  74.7  1e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  35.04 
 
 
230 aa  73.2  4e-12  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  45.07 
 
 
135 aa  72.4  5e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  45.07 
 
 
135 aa  72.4  5e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  48.48 
 
 
216 aa  72  8e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  6.07321e-13 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
229 aa  70.5  2e-11  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  7.91351e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  27.71 
 
 
264 aa  69.7  3e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  26.75 
 
 
205 aa  69.3  4e-11  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  27.71 
 
 
264 aa  69.3  5e-11  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  45.21 
 
 
135 aa  68.6  8e-11  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  45.21 
 
 
135 aa  68.6  8e-11  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  30.37 
 
 
252 aa  66.6  3e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  29.55 
 
 
227 aa  66.2  4e-10  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  32.65 
 
 
263 aa  65.5  7e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  32.62 
 
 
235 aa  65.5  7e-10  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  32.8 
 
 
247 aa  65.5  7e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.02138e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  32.65 
 
 
231 aa  65.1  8e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  26.25 
 
 
238 aa  65.1  8e-10  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  28.3 
 
 
219 aa  63.9  2e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0537  transcriptional regulator, putative  33.03 
 
 
278 aa  63.9  2e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  27.62 
 
 
236 aa  63.5  3e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.05761e-12 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0589  transcriptional regulator  25.32 
 
 
233 aa  63.5  3e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0576  hypothetical protein  30.15 
 
 
233 aa  63.2  3e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.664353  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  24.44 
 
 
219 aa  62.8  4e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  36.36 
 
 
233 aa  62.8  5e-09  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0582  transcriptional regulator  33.04 
 
 
233 aa  62.8  5e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.794333 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  32 
 
 
247 aa  62.4  6e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  26.27 
 
 
229 aa  62  7e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  31.54 
 
 
292 aa  61.2  1e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  4.71179e-11 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 
210 aa  61.2  1e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  34.92 
 
 
261 aa  61.2  1e-08  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  28.21 
 
 
212 aa  61.2  1e-08  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1268  repressor protein, putative  27.66 
 
 
230 aa  60.8  2e-08  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.019488  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  25.51 
 
 
273 aa  60.5  2e-08  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  28.35 
 
 
206 aa  59.7  4e-08  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  24.87 
 
 
204 aa  59.3  5e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08220  DNA-binding protein RDGA  25.11 
 
 
196 aa  59.3  5e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  27.71 
 
 
230 aa  58.5  8e-08  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  30.93 
 
 
193 aa  57.8  1e-07  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  27.15 
 
 
284 aa  57.4  2e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  23.77 
 
 
240 aa  57.8  2e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  26.79 
 
 
248 aa  56.2  4e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  27.84 
 
 
216 aa  55.8  5e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  27.93 
 
 
245 aa  55.5  7e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.34402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  27.93 
 
 
245 aa  55.5  7e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  33.33 
 
 
263 aa  55.5  7e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  24 
 
 
206 aa  55.1  9e-07  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  27.23 
 
 
207 aa  53.1  4e-06  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  26.73 
 
 
216 aa  52.8  4e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  8.58644e-09 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 
128 aa  52.4  6e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  6.72654e-05  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1209  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
205 aa  52.4  6e-06  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  27.43 
 
 
233 aa  52.4  6e-06  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1163  transcriptional regulator, XRE family  29.36 
 
 
129 aa  52  7e-06  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
196 aa  52  8e-06  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2091  peptidase S24 S26A and S26B  25.51 
 
 
238 aa  51.6  1e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  3.99055e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 
380 aa  51.6  1e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  25.69 
 
 
239 aa  51.2  1e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0272  transcriptional regulator, putative  29.66 
 
 
210 aa  51.6  1e-05  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.635671  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>