More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3200 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.08 
 
 		 404 aa  744    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  91.83 
 
 		 404 aa  735    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.33 
 
 		 404 aa  738    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  89.83 
 
 		 404 aa  729    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  91.58 
 
 		 404 aa  743    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.08 
 
 		 404 aa  736    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.57 
 
 		 404 aa  742    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  92.33 
 
 		 404 aa  741    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.33 
 
 		 404 aa  738    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150358  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  100 
 
 		 404 aa  820    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  92.08 
 
 		 404 aa  745    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  76.9 
 
 		 426 aa  654    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  93.32 
 
 		 404 aa  748    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  93.32 
 
 		 404 aa  748    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  90.1 
 
 		 404 aa  736    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  91.83 
 
 		 404 aa  744    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  93.32 
 
 		 404 aa  747    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  75.95 
 
 		 422 aa  628  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  74.76 
 
 		 421 aa  624  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  74.46 
 
 		 421 aa  617  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  71.32 
 
 		 410 aa  615  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  74.7 
 
 		 421 aa  616  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  72.73 
 
 		 403 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  72.98 
 
 		 403 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  71.81 
 
 		 423 aa  598  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  73.13 
 
 		 403 aa  588  1e-167  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  71.96 
 
 		 404 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  71.89 
 
 		 403 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  71.71 
 
 		 404 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  71.71 
 
 		 404 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  72.64 
 
 		 403 aa  586  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  70.42 
 
 		 410 aa  583  1.0000000000000001e-165  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  68.72 
 
 		 410 aa  580  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  70.15 
 
 		 403 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  65.8 
 
 		 422 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  63.81 
 
 		 421 aa  555  1e-157  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  65.76 
 
 		 403 aa  554  1e-156  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  67.69 
 
 		 747 aa  551  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  66.5 
 
 		 459 aa  546  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1584  cytochrome b/b6-like  69.35 
 
 		 401 aa  544  1e-154  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.385225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0795  cytochrome b/b6 domain-containing protein  69.33 
 
 		 410 aa  547  1e-154  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000156903  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  64.34 
 
 		 404 aa  542  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1421  cytochrome b, b6 subunit  68.84 
 
 		 401 aa  543  1e-153  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133027  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  65.17 
 
 		 413 aa  541  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  63.84 
 
 		 404 aa  539  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  64.68 
 
 		 408 aa  541  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  59.68 
 
 		 459 aa  531  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2665  cytochrome b/b6-like  58.74 
 
 		 460 aa  524  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.628042  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0421  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.78 
 
 		 460 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000270463 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  63.08 
 
 		 414 aa  521  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  64.1 
 
 		 422 aa  521  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  58.56 
 
 		 459 aa  521  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  59.01 
 
 		 460 aa  522  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0442  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.78 
 
 		 460 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0345  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.78 
 
 		 459 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  63.1 
 
 		 464 aa  519  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  58.56 
 
 		 459 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.78 
 
 		 460 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  65.16 
 
 		 469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  61.89 
 
 		 433 aa  512  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2742  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.78 
 
 		 460 aa  510  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2108  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.66 
 
 		 410 aa  504  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0919786  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  54.81 
 
 		 466 aa  498  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2976  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.235665  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  57.59 
 
 		 466 aa  497  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  57.11 
 
 		 466 aa  496  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2928  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  57.17 
 
 		 467 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3092  cytochrome b/b6, N-terminal  58.28 
 
 		 467 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363468  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3229  cytochrome b/b6-like protein  58.5 
 
 		 467 aa  492  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  54.59 
 
 		 466 aa  491  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  61.67 
 
 		 419 aa  491  9.999999999999999e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3649  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3706  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2697  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3674  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456535  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3257  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1806  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.557352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2747  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  57.21 
 
 		 460 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.936741  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3205  Cytochrome b/b6 domain  56.51 
 
 		 466 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.82 
 
 		 467 aa  481  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2858  Cytochrome b/b6 domain protein  56.51 
 
 		 466 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702367  normal  0.267676 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.57 
 
 		 470 aa  482  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1362  Cytochrome b/b6 domain  62.16 
 
 		 419 aa  477  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.367822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1201  Cytochrome b/b6 domain protein  55.87 
 
 		 478 aa  474  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0714  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.38 
 
 		 469 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.455479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5502  cytochrome b/b6 domain-containing protein  58.22 
 
 		 471 aa  474  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189406 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.44 
 
 		 472 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  56.44 
 
 		 473 aa  465  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  55.58 
 
 		 466 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  56.22 
 
 		 473 aa  463  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1944  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  54.52 
 
 		 430 aa  409  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0553456  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1879  cytochrome b/b6 domain-containing protein  54.28 
 
 		 420 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.97 
 
 		 401 aa  390  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  49.75 
 
 		 689 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.93 
 
 		 439 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  49 
 
 		 689 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  48.76 
 
 		 690 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.74 
 
 		 424 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.3 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  47.88 
 
 		 688 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>