More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3081 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
496 aa  996    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.703187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.38 
 
 
460 aa  472  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.88 
 
 
465 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.97 
 
 
462 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  33.12 
 
 
465 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.44 
 
 
473 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
471 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.83 
 
 
471 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.83 
 
 
471 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.91 
 
 
471 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  33.62 
 
 
472 aa  228  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  33.83 
 
 
472 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.55 
 
 
482 aa  226  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.61 
 
 
473 aa  220  6e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  30.72 
 
 
499 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  29.55 
 
 
512 aa  185  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  28.18 
 
 
503 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.45 
 
 
499 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  28.74 
 
 
487 aa  170  5e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  30.02 
 
 
480 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.99 
 
 
486 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.01 
 
 
493 aa  167  5e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.79 
 
 
483 aa  167  5e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  27.14 
 
 
479 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  27.14 
 
 
491 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.04 
 
 
504 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.1 
 
 
502 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  28.25 
 
 
558 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1626  putative outer membrane efflux protein  28.54 
 
 
495 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.54 
 
 
502 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.64 
 
 
472 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.89 
 
 
512 aa  163  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  27.05 
 
 
479 aa  163  7e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.84 
 
 
499 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.4 
 
 
496 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.4 
 
 
496 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.92 
 
 
517 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  27.81 
 
 
520 aa  161  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.52 
 
 
546 aa  161  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  25.75 
 
 
569 aa  160  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.99 
 
 
473 aa  160  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.6 
 
 
538 aa  160  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  27.16 
 
 
470 aa  160  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.04 
 
 
498 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.63 
 
 
499 aa  159  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.73 
 
 
503 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.82 
 
 
498 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.53 
 
 
503 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.73 
 
 
503 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.97 
 
 
491 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  27.07 
 
 
479 aa  157  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.07 
 
 
471 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.38 
 
 
489 aa  156  6e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.86 
 
 
514 aa  156  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.04 
 
 
507 aa  156  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.53 
 
 
496 aa  156  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.43 
 
 
497 aa  156  8e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.25 
 
 
494 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.86 
 
 
500 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.7 
 
 
485 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.33 
 
 
493 aa  154  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.6 
 
 
569 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.34 
 
 
486 aa  153  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.7 
 
 
512 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.99 
 
 
517 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.2 
 
 
508 aa  152  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.71 
 
 
493 aa  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.37 
 
 
517 aa  151  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  26.88 
 
 
489 aa  151  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.43 
 
 
474 aa  150  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.36 
 
 
502 aa  150  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  29.76 
 
 
470 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  26.64 
 
 
486 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.09 
 
 
495 aa  150  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  26.1 
 
 
496 aa  150  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  26.68 
 
 
479 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.35 
 
 
482 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3212  putative outer membrane protein  28.15 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  28.06 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  24.34 
 
 
496 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.06 
 
 
494 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.11 
 
 
504 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  26.82 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.14 
 
 
541 aa  147  5e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.8 
 
 
474 aa  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  25.98 
 
 
531 aa  147  5e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.35 
 
 
495 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.6 
 
 
470 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.93 
 
 
486 aa  146  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.72 
 
 
501 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  29.16 
 
 
479 aa  145  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  25.79 
 
 
477 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.12 
 
 
495 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1951  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.19 
 
 
480 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.79 
 
 
517 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  27.14 
 
 
510 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.72 
 
 
493 aa  144  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.48 
 
 
509 aa  144  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.34 
 
 
501 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0690  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.88 
 
 
474 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>