201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3065 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 366 aa  746    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2723  putative iron-regulated membrane protein  51.98 
 
 		 372 aa  336  2.9999999999999997e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.454931  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  41.3 
 
 		 371 aa  305  7e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.42 
 
 		 376 aa  256  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0872  putative iron-regulated membrane protein  34.45 
 
 		 348 aa  239  5.999999999999999e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3413  putative iron-regulated membrane protein  37.08 
 
 		 356 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.715022 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1998  amino acid carrier family protein  30.94 
 
 		 361 aa  209  7e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1718  PepSY-associated TM helix family protein  28.65 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  25.54 
 
 		 389 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.42 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1573  PepSY-associated TM helix domain protein  25.7 
 
 		 351 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0338986 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.14 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.21 
 
 		 389 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  26.26 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.26 
 
 		 389 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 390 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.13 
 
 		 389 aa  96.7  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  25.79 
 
 		 399 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  22.74 
 
 		 380 aa  93.2  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1955  peptidase  23.01 
 
 		 407 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.464627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  24.55 
 
 		 403 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  24.42 
 
 		 403 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  24.94 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  25 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  23.01 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  25.84 
 
 		 371 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  24.18 
 
 		 377 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  23.08 
 
 		 444 aa  79.3  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.58 
 
 		 387 aa  77.8  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  24.8 
 
 		 408 aa  77  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  24.13 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.39 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  24.13 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  25.33 
 
 		 408 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.47 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000240307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  23.32 
 
 		 397 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  23.48 
 
 		 377 aa  72  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  23.94 
 
 		 381 aa  71.6  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  23.78 
 
 		 381 aa  71.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  28.64 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  22.74 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  23.06 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  23.51 
 
 		 850 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  24.27 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  23.24 
 
 		 850 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  22.47 
 
 		 383 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  22.65 
 
 		 497 aa  67  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5344  PepSY-associated TM helix domain protein  22.1 
 
 		 391 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0817  PepSY-associated TM helix domain protein  21.95 
 
 		 393 aa  65.5  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  22.79 
 
 		 396 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  22.28 
 
 		 559 aa  63.9  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.79 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.01 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.43 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.35 
 
 		 560 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  23.7 
 
 		 385 aa  63.2  0.000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  22.76 
 
 		 455 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  25.35 
 
 		 362 aa  63.2  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  23.91 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  21.87 
 
 		 496 aa  62.8  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.48 
 
 		 560 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.4 
 
 		 526 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  24.14 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  23.72 
 
 		 539 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.14 
 
 		 560 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  23.68 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0586  membrane protein  22.07 
 
 		 459 aa  61.2  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  21.52 
 
 		 506 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.83 
 
 		 425 aa  60.8  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.48 
 
 		 412 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 530 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  25.85 
 
 		 457 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  21.86 
 
 		 396 aa  60.1  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.89 
 
 		 557 aa  59.3  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  22.38 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  23.84 
 
 		 380 aa  59.3  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.81 
 
 		 530 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  23.56 
 
 		 397 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.84 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  22.96 
 
 		 391 aa  58.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  21.91 
 
 		 454 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.55 
 
 		 575 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.68 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  26.02 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  22.08 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 575 aa  57.4  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  21.6 
 
 		 455 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  23.19 
 
 		 479 aa  57.4  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.04 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.41 
 
 		 503 aa  57  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.78 
 
 		 844 aa  57  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  21.41 
 
 		 519 aa  56.2  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  22.22 
 
 		 543 aa  56.2  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0349  PepSY-associated TM helix domain protein  21.98 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.472223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0375  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.76 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.301587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  22.56 
 
 		 542 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1877  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 395 aa  56.2  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25 
 
 		 575 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.48 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>