211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2961 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2961  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
204 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0857681  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  57.54 
 
 
488 aa  227  9e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  57.3 
 
 
482 aa  221  8e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  56.76 
 
 
482 aa  219  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  59.04 
 
 
489 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  59.26 
 
 
483 aa  214  9e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  54.44 
 
 
507 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  54.44 
 
 
507 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  53.33 
 
 
484 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  55.69 
 
 
366 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  53.42 
 
 
503 aa  188  5e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
589 aa  127  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  32.75 
 
 
1065 aa  125  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.42 
 
 
1251 aa  125  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  32.28 
 
 
935 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  31.71 
 
 
794 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.54 
 
 
768 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  32.7 
 
 
464 aa  115  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.96 
 
 
474 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  32.08 
 
 
714 aa  106  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  30.77 
 
 
458 aa  105  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
626 aa  101  9e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1165 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  30.91 
 
 
893 aa  97.4  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  31.9 
 
 
778 aa  95.9  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  30.63 
 
 
570 aa  95.1  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.33 
 
 
2213 aa  90.9  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  34.19 
 
 
923 aa  88.2  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  25.93 
 
 
1574 aa  87.4  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 
937 aa  85.9  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
2654 aa  84.7  8e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.38 
 
 
946 aa  82.4  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  28.98 
 
 
932 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.87 
 
 
775 aa  80.9  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.56 
 
 
1194 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  30.32 
 
 
941 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  26.28 
 
 
598 aa  78.2  0.00000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  29.41 
 
 
937 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0759  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.01 
 
 
818 aa  77.8  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.95 
 
 
1237 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.473456  normal  0.0283242 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  31.65 
 
 
955 aa  76.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
932 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4091  metal dependent phosphohydrolase  27.7 
 
 
1060 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0144  sensor protein evgS precursor  25.4 
 
 
830 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0829  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 
812 aa  75.1  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.177536 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  28.1 
 
 
937 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0537  metal dependent phosphohydrolase  27.46 
 
 
1056 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0428  integral membrane protein, putative two-component signal transducer  23.33 
 
 
1054 aa  73.9  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812941  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  30 
 
 
934 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  27.45 
 
 
937 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  24.38 
 
 
712 aa  72.8  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0191  sensor protein EvgS  25.81 
 
 
830 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.337786  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  28.29 
 
 
1689 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  28.76 
 
 
928 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  28.76 
 
 
928 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  30.07 
 
 
937 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  25.49 
 
 
1247 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  28.76 
 
 
928 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.1 
 
 
1788 aa  71.2  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.76 
 
 
912 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 
1410 aa  70.9  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.49 
 
 
1247 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.61 
 
 
1244 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4445  response regulator/sensor histidine kinase  24.18 
 
 
1141 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  26.14 
 
 
856 aa  70.1  0.00000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2282  metal dependent phosphohydrolase  26.43 
 
 
1061 aa  69.3  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156681  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2444  sensor histidine kinase  26.38 
 
 
610 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.119384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0651  metal dependent phosphohydrolase  26.51 
 
 
1067 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1136  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 
342 aa  68.6  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.9 
 
 
1069 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.85 
 
 
1247 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0288  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.84 
 
 
1141 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2693  histidine kinase  28.06 
 
 
782 aa  68.2  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.145264  normal  0.474998 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.45 
 
 
729 aa  68.2  0.00000000009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2326  extracellular solute-binding protein/sensory box protein  29.66 
 
 
751 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0163187  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  29.27 
 
 
2035 aa  67.4  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  28.48 
 
 
930 aa  67  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0687  ATP-binding region ATPase domain protein  25.16 
 
 
813 aa  67  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.16 
 
 
1247 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.17 
 
 
1201 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278595  normal  0.0196406 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.72 
 
 
1199 aa  65.5  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  26.09 
 
 
931 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1991  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.22 
 
 
1255 aa  65.1  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.9 
 
 
1214 aa  64.7  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  28.28 
 
 
1206 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6655  histidine kinase  27.39 
 
 
688 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.404692  hitchhiker  0.00000625165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1642  putative PAS/PAC sensor protein  26.88 
 
 
796 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0928458  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.53 
 
 
1248 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.21 
 
 
1102 aa  63.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0539  putative metal dependent phosphohydrolase  26.06 
 
 
1073 aa  62.8  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.74 
 
 
1485 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1162  two-component sensor  25.35 
 
 
1215 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3921  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 
808 aa  62.4  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26 
 
 
1480 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3808  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 
808 aa  62.4  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0284545  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4410  virulence sensor protein BvgS  26.39 
 
 
948 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.213714  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.48 
 
 
912 aa  61.6  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.136005  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.16 
 
 
1109 aa  60.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.16 
 
 
940 aa  60.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0500  histidine kinase  22.5 
 
 
922 aa  60.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>