More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2959 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 292 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  51.06 
 
 		 507 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  50.35 
 
 		 507 aa  308  8e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  51.06 
 
 		 484 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  46.83 
 
 		 483 aa  295  5e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 488 aa  295  5e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  47 
 
 		 482 aa  295  6e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 482 aa  295  6e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  47.54 
 
 		 489 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  53.46 
 
 		 160 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.45 
 
 		 474 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 464 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 778 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 775 aa  152  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  34.29 
 
 		 712 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 714 aa  148  8e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 458 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 		 772 aa  139  4.999999999999999e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 753 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 373 aa  137  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  30.56 
 
 		 503 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 738 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  36.09 
 
 		 443 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  46.27 
 
 		 366 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 556 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 628 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  37.56 
 
 		 580 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.89 
 
 		 949 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 438 aa  129  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.69 
 
 		 505 aa  129  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  38.3 
 
 		 340 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 690 aa  129  7.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 427 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 794 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  41.62 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.21 
 
 		 669 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  39.66 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 409 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 548 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 620 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  36.84 
 
 		 498 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  40 
 
 		 564 aa  127  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 485 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 1078 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 659 aa  125  7e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 536 aa  125  7e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 610 aa  125  8.000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 571 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.2 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.92 
 
 		 565 aa  124  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 628 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 487 aa  123  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 439 aa  123  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  36.74 
 
 		 368 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 476 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  50.82 
 
 		 404 aa  123  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 414 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  35.56 
 
 		 689 aa  122  5e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  40 
 
 		 591 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 		 820 aa  122  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 501 aa  122  8e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 362 aa  122  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.99 
 
 		 634 aa  122  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 		 901 aa  122  9e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 320 aa  122  9e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.57 
 
 		 308 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  36.36 
 
 		 443 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 467 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 		 790 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 686 aa  121  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 237 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  38.82 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 650 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  34.66 
 
 		 493 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 430 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 430 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  38.82 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 430 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  35.45 
 
 		 435 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 486 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 460 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 486 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 486 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 430 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 430 aa  120  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  34.33 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 457 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  41.32 
 
 		 431 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.02 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 486 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 555 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 227 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 555 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 555 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 736 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>