More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2949 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0690  ATP-dependent RNA helicase DbpA  72.63 
 
 
469 aa  702    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3468  ATP-dependent RNA helicase DbpA  77.53 
 
 
458 aa  750    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0897  ATP-dependent RNA helicase DbpA  77.41 
 
 
458 aa  736    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0903  ATP-dependent RNA helicase DbpA  77.53 
 
 
458 aa  750    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3110  ATP-dependent RNA helicase DbpA  77.75 
 
 
458 aa  751    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0598  ATP-dependent RNA helicase DbpA  70.21 
 
 
468 aa  690    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.255467 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2949  ATP-dependent RNA helicase DbpA  100 
 
 
470 aa  963    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0893  ATP-dependent RNA helicase DbpA  76.39 
 
 
469 aa  757    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3498  ATP-dependent RNA helicase DbpA  74.39 
 
 
469 aa  710    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0745  ATP-dependent RNA helicase DbpA  76.32 
 
 
458 aa  744    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0868  ATP-dependent RNA helicase DbpA  77.53 
 
 
458 aa  750    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3852  ATP-dependent RNA helicase DbpA  72.91 
 
 
458 aa  697    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.02646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3275  ATP-dependent RNA helicase DbpA  74.89 
 
 
479 aa  745    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3216  ATP-dependent RNA helicase DbpA  82.05 
 
 
467 aa  791    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3384  ATP-dependent RNA helicase DbpA  75.11 
 
 
479 aa  748    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0752  ATP-dependent RNA helicase DbpA  73.72 
 
 
467 aa  731    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.748703  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2724  ATP-dependent RNA helicase DbpA  65.87 
 
 
462 aa  634  1e-180  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.566366  normal  0.0215691 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0948  ATP-dependent RNA helicase DbpA  65.11 
 
 
468 aa  627  1e-178  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001711  ATP-dependent RNA helicase DbpA  65 
 
 
459 aa  623  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.177181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00762  ATP-dependent RNA helicase DbpA  64.57 
 
 
459 aa  619  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0647  ATP-dependent RNA helicase DbpA  65.51 
 
 
464 aa  607  9.999999999999999e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2141  ATP-dependent RNA helicase DbpA  65.57 
 
 
460 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0253787  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0146  ATP-dependent RNA helicase DbpA  64.02 
 
 
462 aa  597  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1540  ATP-dependent RNA helicase DbpA  65.48 
 
 
468 aa  570  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0588  ATP-dependent RNA helicase DbpA  57.87 
 
 
459 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1394  ATP-dependent RNA helicase DbpA  58.41 
 
 
474 aa  536  1e-151  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3184  ATP-dependent RNA helicase DbpA  59.95 
 
 
465 aa  519  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3020  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.7 
 
 
465 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.93907  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0516  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.59 
 
 
473 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0189  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.42 
 
 
460 aa  514  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5007  ATP-independent RNA helicase DbpA  56.74 
 
 
459 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5248  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.82 
 
 
478 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0558  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.52 
 
 
458 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05950  ATP-dependent RNA helicase DbpA  56.52 
 
 
458 aa  511  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.214385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4952  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.9 
 
 
461 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428852  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4825  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.9 
 
 
494 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0463433  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5001  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.68 
 
 
461 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.286134  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1847  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.56 
 
 
457 aa  508  9.999999999999999e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0622  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.47 
 
 
465 aa  502  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0513  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.46 
 
 
461 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227206  normal  0.370173 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2027  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.9 
 
 
457 aa  499  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5240  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.7 
 
 
464 aa  499  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0961  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 
465 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2223  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 
463 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1779  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.59 
 
 
457 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.184016  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1944  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 
465 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.423586  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1778  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.59 
 
 
457 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.105627 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0479  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.24 
 
 
458 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1659  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 
465 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0214  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.14 
 
 
465 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1557  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.59 
 
 
457 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0202  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 
465 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.718182  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1680  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.09 
 
 
457 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.240536  normal  0.0183656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1498  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.37 
 
 
457 aa  491  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.798131  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1248  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.36 
 
 
463 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.21069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1588  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.59 
 
 
457 aa  492  9.999999999999999e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01320  ATP-dependent RNA helicase, specific for 23S rRNA  54.37 
 
 
457 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2300  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.37 
 
 
457 aa  489  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025341  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3249  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.7 
 
 
465 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.277415 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1775  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.15 
 
 
457 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0367787 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1838  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.37 
 
 
457 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.787138  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0291  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.14 
 
 
465 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1992  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.37 
 
 
457 aa  489  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.639761 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5098  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.7 
 
 
465 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.562365  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2282  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.37 
 
 
457 aa  489  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01330  hypothetical protein  54.37 
 
 
457 aa  489  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1428  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.7 
 
 
490 aa  491  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1460  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.37 
 
 
457 aa  489  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2350  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.13 
 
 
460 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2143  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.15 
 
 
457 aa  487  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.713683  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2804  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.04 
 
 
460 aa  487  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0473713 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2446  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.13 
 
 
460 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1633  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.13 
 
 
460 aa  486  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2952  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.05 
 
 
465 aa  483  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0013  ATP-dependent RNA helicase DbpA  55.1 
 
 
463 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.12565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4245  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.85 
 
 
477 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.694527 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4436  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54 
 
 
467 aa  484  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4994  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.61 
 
 
465 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.317597  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4313  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.61 
 
 
465 aa  483  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  hitchhiker  0.00000166759 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0030  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.56 
 
 
467 aa  479  1e-134  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0039  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.65 
 
 
474 aa  479  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3577  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.03 
 
 
473 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5284  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.16 
 
 
467 aa  481  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2843  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.59 
 
 
460 aa  481  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5212  ATP-dependent RNA helicase DbpA  51.59 
 
 
476 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4311  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.26 
 
 
465 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4421  ATP-dependent RNA helicase DbpA  54.26 
 
 
465 aa  476  1e-133  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.111124  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2177  ATP-independent RNA helicase  53.45 
 
 
473 aa  472  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.247964 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2042  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.45 
 
 
468 aa  474  1e-132  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2040  ATP-dependent RNA helicase DbpA  53.45 
 
 
468 aa  474  1e-132  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0650  ATP-dependent RNA helicase DbpA  52.56 
 
 
468 aa  471  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0969  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.89 
 
 
457 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.168569  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0141  ATP-dependent RNA helicase DbpA  50.77 
 
 
457 aa  468  9.999999999999999e-131  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3705  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.53 
 
 
469 aa  463  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0825839  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2997  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.73 
 
 
477 aa  460  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1129  ATP-dependent RNA helicase DbpA  50.76 
 
 
466 aa  459  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.965871  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0489  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.32 
 
 
469 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3542  ATP-dependent RNA helicase DbpA  52.84 
 
 
467 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.22 
 
 
487 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.554014  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1679  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.8 
 
 
438 aa  448  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>