116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2837 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2837  NnrS  100 
 
 
403 aa  798  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0722604  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3037  NnrS family protein  68.24 
 
 
403 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.226927  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0687  NnrS family protein  66.25 
 
 
403 aa  555  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1227  NnrS family protein  66.75 
 
 
403 aa  533  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25611  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3603  NnrS family protein  69.48 
 
 
403 aa  528  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.147714  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0504  NnrS family protein  65.01 
 
 
403 aa  529  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2362  NnrS family protein  65.51 
 
 
403 aa  517  1e-145  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.03097e-08  decreased coverage  2.73343e-05 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1910  hypothetical protein  43.81 
 
 
414 aa  285  7e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03317  hypothetical protein  40.94 
 
 
406 aa  280  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002671  NnrS protein  40.2 
 
 
394 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0720  putative heme-Cu membrane protein (NnrS)  37.72 
 
 
393 aa  263  4e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2322  NnrS family protein  39.51 
 
 
390 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.40024e-07  normal  0.965133 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2805  hypothetical protein  40.05 
 
 
390 aa  241  1e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2876  NnrS family protein  37.29 
 
 
406 aa  240  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  hitchhiker  2.07371e-09 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2587  NnrS family protein  41.02 
 
 
390 aa  233  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.16699  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1680  NnrS family protein  39.56 
 
 
390 aa  233  7e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1702  NnrS family protein  39.31 
 
 
390 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.591488  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1665  NnrS family protein  38.82 
 
 
390 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410131  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2677  NnrS family protein  38.82 
 
 
390 aa  222  8e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0244063 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03874  Heme/copper membrane protein  35.78 
 
 
400 aa  216  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1288  hypothetical protein  37.96 
 
 
389 aa  211  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0467877  normal  0.017488 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2425  NnrS family protein  39.56 
 
 
390 aa  197  2e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.194019  normal  0.204544 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2495  NnrS family protein  39.56 
 
 
390 aa  197  2e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal  0.0503888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4283  hypothetical protein  35.18 
 
 
401 aa  193  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0630  Heme/copper membrane protein of NnrS family protein  35.15 
 
 
394 aa  185  1e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1410  NnrS-like protein  33.85 
 
 
399 aa  182  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.124987  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2849  NnrS family protein  34.31 
 
 
393 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2398  hypothetical protein  32.1 
 
 
398 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2891  hypothetical protein  32.1 
 
 
398 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00927369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1711  hypothetical protein  32.1 
 
 
398 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129457  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0614  hypothetical protein  32.1 
 
 
406 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0765  NnrS family protein  31.84 
 
 
409 aa  176  9e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.960663  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1798  hypothetical protein  32.52 
 
 
406 aa  174  2e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.425687  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0259  hypothetical protein  32.58 
 
 
413 aa  174  3e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2901  NnrS family protein  31.57 
 
 
414 aa  174  3e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.81186  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0283  hypothetical protein  32.58 
 
 
413 aa  174  4e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2607  NnrS family protein  34.15 
 
 
395 aa  173  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3582  NnrS family protein  35.05 
 
 
391 aa  172  8e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.936992  normal  0.528809 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2759  hypothetical protein  32.1 
 
 
398 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2701  heme/copper membrane protein  31.78 
 
 
398 aa  169  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0686  NnrS family protein  32.32 
 
 
431 aa  166  6e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29660  hypothetical protein  37.26 
 
 
397 aa  166  7e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2821  Heme/copper membrane protein  31.78 
 
 
398 aa  166  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1409  hypothetical protein  33.41 
 
 
424 aa  164  2e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.922088  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2840  NnrS family protein  33.33 
 
 
393 aa  163  5e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250907  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2940  NnrS family protein  33.66 
 
 
393 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4727  NnrS  32.11 
 
 
398 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2537  hypothetical protein  37.31 
 
 
388 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111068  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2336  NnrS family protein  34.78 
 
 
401 aa  158  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00114269  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2847  NnrS family protein  34.78 
 
 
401 aa  157  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5307  putative heme/copper membrane protein  28.36 
 
 
401 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0853882  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3970  NnrS family protein  31.99 
 
 
398 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0693479 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3473  NnrS  32.78 
 
 
422 aa  154  3e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2560  NnrS family protein  33.41 
 
 
397 aa  152  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.12013  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0307  NnrS family protein  32.44 
 
 
390 aa  152  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.799454  normal  0.0277833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2168  NnrS  34.6 
 
 
384 aa  151  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6279  NnrS family protein  30.89 
 
 
403 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal  0.20499 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1884  NnrS  33.42 
 
 
401 aa  147  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0526931  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4999  NnrS  31.88 
 
 
405 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.441301  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1348  hypothetical protein  29.38 
 
 
417 aa  144  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2303  hypothetical protein  31.27 
 
 
432 aa  144  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0227  NnrS family protein  34.72 
 
 
390 aa  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0849  putative ATP synthase F0, A subunit  29.53 
 
 
428 aa  137  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1475  NnrS family protein  29.98 
 
 
399 aa  135  9e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0760953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1673  NnrS family protein  30.23 
 
 
408 aa  135  1e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496066  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3859  NnrS family protein  30.63 
 
 
391 aa  135  1e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2105  NnrS family protein  29.82 
 
 
392 aa  132  1e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0196977  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3145  NnrS family protein  32.6 
 
 
394 aa  131  2e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0163982  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0557  NnrS  29.31 
 
 
402 aa  130  6e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.042435  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0648  NnrS  31.86 
 
 
393 aa  129  6e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.86713  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3791  NnrS  30.37 
 
 
409 aa  129  9e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.527545  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5672  NnrS family protein  33.25 
 
 
392 aa  129  1e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1006  NnrS family protein  30.63 
 
 
389 aa  129  1e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0347076  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4275  NnrS  31.51 
 
 
401 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4230  NnrS family protein  29.41 
 
 
404 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2181  NnrS  30.33 
 
 
385 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1810  hypothetical protein  30.67 
 
 
407 aa  123  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.427105  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6821  putative membrane protein, NnrS-like protein  28.42 
 
 
403 aa  122  1e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0630  hypothetical protein  30.18 
 
 
407 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0446034  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2159  NnrS family protein  29.9 
 
 
398 aa  122  1e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0400909  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2683  hypothetical protein  29.92 
 
 
407 aa  122  1e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2741  hypothetical protein  30.18 
 
 
442 aa  122  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.300362  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2382  hypothetical protein  30.18 
 
 
407 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.863987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2905  hypothetical protein  30.18 
 
 
407 aa  122  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2807  Heme/copper membrane protein  29.92 
 
 
407 aa  122  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.817552  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0967  NnrS family protein  30.68 
 
 
397 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0102  hypothetical protein  28.75 
 
 
418 aa  118  1e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.139814  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3399  hypothetical protein  30.83 
 
 
403 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2574  NnrS family protein  30.96 
 
 
392 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00111099  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3288  NnrS family protein  32.36 
 
 
404 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.451558  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2322  NnrS family protein  30.25 
 
 
400 aa  116  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138032  normal  0.897473 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3610  NnrS family protein  31.63 
 
 
404 aa  116  7e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.84805  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1524  NnrS family protein  31.55 
 
 
394 aa  116  8e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0928  NnrS family protein  29.83 
 
 
397 aa  112  2e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0391816  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1235  NnrS  29.39 
 
 
403 aa  109  7e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00575591  unclonable  3.01222e-08 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4037  NnrS  28.61 
 
 
408 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2874  NnrS  28.86 
 
 
386 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3182  NnrS family protein  29.44 
 
 
396 aa  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827588  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1973  NnrS family protein  30.07 
 
 
397 aa  98.6  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0328  hypothetical protein  30.07 
 
 
397 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>