221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2749 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2749  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  100 
 
 
384 aa  791    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.186478  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1292  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  76.12 
 
 
383 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0548711  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1173  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  75.59 
 
 
383 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00322769  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3098  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  75.6 
 
 
379 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000040953  normal  0.11712 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  75.33 
 
 
383 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0378227  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1215  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  75.33 
 
 
383 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000459834  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1068  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  75.07 
 
 
384 aa  593  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0518794  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1362  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  74.27 
 
 
379 aa  590  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2833  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  73.74 
 
 
379 aa  587  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00724041  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  73.74 
 
 
379 aa  587  1e-166  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0333151  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3012  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  74.01 
 
 
379 aa  586  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0411144  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1259  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  72.68 
 
 
379 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00675448  hitchhiker  0.000301963 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1164  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  72.41 
 
 
379 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00398091  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1054  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  72.68 
 
 
384 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.189276  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2915  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  73.75 
 
 
383 aa  570  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.449795  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0894  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  69.23 
 
 
379 aa  548  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.121322  normal  0.591266 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  58.06 
 
 
373 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00993  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.49 
 
 
375 aa  431  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3483  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.250939 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1132  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  430  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3219  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3356  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2996  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.1 
 
 
373 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3079  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.99 
 
 
373 aa  428  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394407  normal  0.0294046 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0227  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.03 
 
 
375 aa  430  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.1 
 
 
373 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0721758  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.53 
 
 
373 aa  425  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271953  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004405  chorismate mutase I/cyclohexadienyl dehydrogenase  55.95 
 
 
375 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2863  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.1 
 
 
373 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0273979 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2813  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.1 
 
 
373 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3147  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.72 
 
 
373 aa  427  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.1 
 
 
373 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.28721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02489  fused chorismate mutase T/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1074  chorismate mutase  57.26 
 
 
373 aa  423  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134673  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2987  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000572711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2757  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  424  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1083  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  424  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  hitchhiker  0.000106918 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0287  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.11 
 
 
375 aa  423  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02453  hypothetical protein  57.26 
 
 
373 aa  424  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2752  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  424  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000708785  normal  0.0483395 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3839  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.26 
 
 
373 aa  423  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00182808  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0654  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  55.2 
 
 
377 aa  419  1e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2854  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  56.72 
 
 
373 aa  414  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663764  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0998  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  57.53 
 
 
372 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0671  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  54.47 
 
 
374 aa  409  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106766  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1588  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.41 
 
 
375 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01712  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  50.27 
 
 
384 aa  372  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.149825  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3953  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  49.46 
 
 
381 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  41.87 
 
 
706 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2269  Prephenate dehydrogenase  34.78 
 
 
371 aa  179  9e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00760536 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1300  prephenate dehydrogenase  31.8 
 
 
274 aa  153  5e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.580426  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2608  Prephenate dehydrogenase  31.42 
 
 
283 aa  151  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.749464 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1033  prephenate dehydrogenase  31.01 
 
 
274 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.393372  normal  0.590632 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1560  prephenate dehydrogenase  32.68 
 
 
276 aa  139  1e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0924  prephenate dehydrogenase  27.99 
 
 
505 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1997  prephenate dehydrogenase  28.97 
 
 
437 aa  136  7.000000000000001e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0599  hypothetical protein  31.97 
 
 
288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0114109  normal  0.0489829 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1024  prephenate dehydrogenase  29.67 
 
 
447 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1502  prephenate dehydrogenase  32.14 
 
 
288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1158  prephenate dehydrogenase  28.9 
 
 
439 aa  127  5e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0760  prephenate dehydrogenase  28.57 
 
 
443 aa  126  7e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.504632  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3767  prephenate dehydrogenase  30.53 
 
 
242 aa  125  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000142598  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0061  prephenate dehydrogenase  28.24 
 
 
443 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.532803  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0827  prephenate dehydrogenase  26.85 
 
 
439 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.666183  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1946  prephenate dehydrogenase  26.56 
 
 
279 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.772286  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0334  Prephenate dehydrogenase  28.46 
 
 
292 aa  96.7  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2473  prephenate dehydrogenase  27.16 
 
 
258 aa  95.9  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.413514  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6599  chorismate mutase  26.78 
 
 
375 aa  94.4  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0118  Prephenate dehydrogenase  26.64 
 
 
262 aa  94  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1747  Prephenate dehydrogenase  29.06 
 
 
263 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4586  Prephenate dehydrogenase  26.96 
 
 
294 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1648  hypothetical protein  22.69 
 
 
351 aa  90.9  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0329926 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2811  Prephenate dehydrogenase  26.67 
 
 
259 aa  87.4  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1605  prephenate dehydrogenase  30.51 
 
 
374 aa  82.4  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.294712  normal  0.381468 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1278  chorismate mutase  26.04 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3485  prephenate dehydrogenase  27.19 
 
 
260 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1368  Prephenate dehydrogenase  31.07 
 
 
332 aa  79.3  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1510  prephenate dehydrogenase  28.16 
 
 
373 aa  79  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0437  prephenate dehydrogenase  24.91 
 
 
288 aa  79.3  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000137716  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01188  prephenate dehydrogenase  30.2 
 
 
375 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282588  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1453  prephenate dehydrogenase  27.76 
 
 
373 aa  76.6  0.0000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.542491  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0460  prephenate dehydrogenase  23.13 
 
 
287 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000113439  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_403  prephenate dehydrogenase  21.86 
 
 
287 aa  70.9  0.00000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0545  prephenate dehydrogenase  20.18 
 
 
283 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1877  chorismate mutase / prephenate dehydrogenase  24.55 
 
 
344 aa  65.9  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.786603 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6846  chorismate mutase  43.01 
 
 
397 aa  61.6  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235672 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2392  Prephenate dehydrogenase  27.15 
 
 
287 aa  58.5  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.801901  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  24.04 
 
 
319 aa  58.2  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05959  prephenate dehydrogenase (Eurofung)  20.08 
 
 
437 aa  55.8  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.554937  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  22.71 
 
 
290 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0116  chorismate mutase  41.38 
 
 
377 aa  54.7  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3393  Prephenate dehydrogenase  23.01 
 
 
303 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1274  prephenate dehydrogenase  27.32 
 
 
245 aa  55.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.885753  normal  0.198911 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  24.12 
 
 
314 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0997  prephenate dehydrogenase  31.5 
 
 
237 aa  54.7  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.119392  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0273  Prephenate dehydrogenase  25.68 
 
 
252 aa  53.5  0.000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.974204  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2261  chorismate mutase  27.74 
 
 
360 aa  53.1  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.561054  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  23.42 
 
 
312 aa  52.8  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0923  chorismate mutase  27.74 
 
 
360 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.432858 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  41.25 
 
 
381 aa  52.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>