More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2661 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
291 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  74.57 
 
 
291 aa  455  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.41 
 
 
291 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.38 
 
 
294 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.69 
 
 
291 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  61.3 
 
 
293 aa  366  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60 
 
 
291 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  58.97 
 
 
288 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.73 
 
 
294 aa  344  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.23 
 
 
290 aa  301  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.1 
 
 
281 aa  285  5.999999999999999e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.87 
 
 
285 aa  267  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  49.13 
 
 
298 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.26 
 
 
293 aa  263  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.88 
 
 
291 aa  261  8.999999999999999e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.75 
 
 
292 aa  255  7e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.26 
 
 
287 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.67 
 
 
294 aa  253  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.43 
 
 
294 aa  252  5.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.55 
 
 
295 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.81 
 
 
301 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.1 
 
 
301 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1741  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.1 
 
 
320 aa  248  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3384  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
294 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588115  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.99 
 
 
296 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0435  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47 
 
 
297 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1072  TDP-rhamnose synthetase, NAD(P)-binding  47.57 
 
 
300 aa  246  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.02 
 
 
296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.06 
 
 
294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6651  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.06 
 
 
294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.74 
 
 
306 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6249  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
294 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0145241  normal  0.726802 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.21 
 
 
307 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.37 
 
 
296 aa  239  5e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.5 
 
 
298 aa  239  5.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
298 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.05 
 
 
305 aa  238  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0049  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.58 
 
 
310 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3555  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  46.71 
 
 
297 aa  235  8e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.194341  normal  0.813668 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
286 aa  235  8e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.2 
 
 
295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
295 aa  232  7.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.55 
 
 
288 aa  231  1e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3860  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
299 aa  231  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.680226 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2120  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
283 aa  230  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1285  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.2 
 
 
301 aa  230  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.181094  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.77 
 
 
297 aa  230  3e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.94 
 
 
297 aa  229  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2239  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.25 
 
 
301 aa  229  3e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.562974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.15 
 
 
286 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
294 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.54 
 
 
301 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000309254 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.91 
 
 
283 aa  226  4e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.67 
 
 
294 aa  226  4e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
299 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.64 
 
 
299 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
285 aa  225  6e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1573  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
298 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
284 aa  224  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.49 
 
 
287 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3842  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.37 
 
 
281 aa  224  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.91 
 
 
287 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.32 
 
 
294 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0713  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
304 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.11 
 
 
286 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.56 
 
 
283 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.1 
 
 
297 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.81 
 
 
297 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4117  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.61 
 
 
285 aa  223  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00851806  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
297 aa  223  4e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
299 aa  223  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3490  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
296 aa  223  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.507089 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0683  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase oxidoreductase protein  42.21 
 
 
305 aa  222  6e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.05 
 
 
281 aa  222  6e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1564  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.6 
 
 
298 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.23 
 
 
296 aa  222  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
288 aa  221  8e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41 
 
 
294 aa  221  8e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41 
 
 
294 aa  221  8e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.54 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.61 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0753  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.55 
 
 
296 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2734  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2630  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.47 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2712  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.32 
 
 
291 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.51 
 
 
290 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68190  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.11 
 
 
302 aa  218  7e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0185902 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
284 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.26 
 
 
284 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.26 
 
 
284 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.76 
 
 
300 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
288 aa  218  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0925  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.33 
 
 
301 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.55 
 
 
299 aa  217  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.26 
 
 
284 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.91 
 
 
284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>