235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2506 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  100 
 
 		 423 aa  869    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  67.15 
 
 		 442 aa  568  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  57.04 
 
 		 410 aa  472  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  53.66 
 
 		 414 aa  455  1e-127  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  53.9 
 
 		 414 aa  457  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  53.94 
 
 		 412 aa  456  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  53.66 
 
 		 414 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  54.48 
 
 		 410 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  53.44 
 
 		 515 aa  451  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  53.49 
 
 		 408 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  48.67 
 
 		 483 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  53.03 
 
 		 414 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  54.31 
 
 		 410 aa  433  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  53.4 
 
 		 404 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  50 
 
 		 506 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  52.78 
 
 		 401 aa  414  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  52.06 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  52.06 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  52.06 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  52.3 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  52.06 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  52.06 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  52.06 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  52.42 
 
 		 400 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  52.42 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  52.06 
 
 		 400 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  52.17 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  51.82 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  52.42 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  50.84 
 
 		 406 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  52.17 
 
 		 400 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  52.18 
 
 		 414 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  50.88 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  45.75 
 
 		 425 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  48.92 
 
 		 406 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  45.65 
 
 		 408 aa  364  2e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  38.97 
 
 		 418 aa  295  8e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  36.62 
 
 		 414 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  37.7 
 
 		 409 aa  279  7e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  39.23 
 
 		 411 aa  273  6e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  36.97 
 
 		 410 aa  270  5e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  36.49 
 
 		 409 aa  268  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  36.79 
 
 		 408 aa  263  4e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  35.73 
 
 		 498 aa  263  4.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  38.9 
 
 		 410 aa  260  3e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  37.23 
 
 		 416 aa  258  2e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  44.53 
 
 		 537 aa  239  5.999999999999999e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  43.8 
 
 		 517 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  43.68 
 
 		 528 aa  232  7.000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  33.09 
 
 		 410 aa  227  3e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  36.12 
 
 		 412 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  35.82 
 
 		 412 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  35.87 
 
 		 412 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  34.2 
 
 		 409 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  35.56 
 
 		 412 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  32.55 
 
 		 409 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.5 
 
 		 414 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  32.91 
 
 		 414 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  33 
 
 		 414 aa  179  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  30.23 
 
 		 467 aa  178  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  30.48 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.43 
 
 		 418 aa  170  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  31.06 
 
 		 417 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  31.06 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  31.82 
 
 		 419 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  30.12 
 
 		 379 aa  155  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  30.56 
 
 		 407 aa  151  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  32.15 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.11 
 
 		 418 aa  146  8.000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  28.78 
 
 		 415 aa  144  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  29.26 
 
 		 415 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  33.33 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  28.22 
 
 		 405 aa  139  1e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  28.37 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  30.54 
 
 		 380 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  33.21 
 
 		 415 aa  137  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.33 
 
 		 400 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.67 
 
 		 400 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  31.51 
 
 		 407 aa  136  9e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  29.48 
 
 		 382 aa  135  9e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  31.6 
 
 		 407 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  30.17 
 
 		 366 aa  134  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  29.77 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  30.66 
 
 		 389 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  31.44 
 
 		 382 aa  133  6.999999999999999e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  31.33 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  31.1 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 392 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  28.7 
 
 		 386 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  29.26 
 
 		 387 aa  131  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  29.85 
 
 		 388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  30.77 
 
 		 379 aa  130  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  29.59 
 
 		 381 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  29.59 
 
 		 381 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  31.37 
 
 		 393 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  30.52 
 
 		 399 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0759  nuclease SbcCD, D subunit  28.8 
 
 		 409 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  29.64 
 
 		 381 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.07 
 
 		 390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.72 
 
 		 386 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>