195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2502 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4234  hypothetical protein  63.16 
 
 
608 aa  834    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66689  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1501  hypothetical protein  64.44 
 
 
614 aa  831    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2502  hypothetical protein  100 
 
 
622 aa  1285    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.547349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3262  hypothetical protein  63.9 
 
 
611 aa  833    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.744492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2621  hypothetical protein  64.47 
 
 
607 aa  815    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00640783 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2688  hypothetical protein  64.14 
 
 
607 aa  832    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.20701  unclonable  0.0000515921 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2796  hypothetical protein  64.31 
 
 
607 aa  813    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.356922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1470  hypothetical protein  65.52 
 
 
614 aa  830    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.380517  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1367  hypothetical protein  64.91 
 
 
614 aa  820    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1465  hypothetical protein  65.35 
 
 
614 aa  833    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2882  protein of unknown function DUF885  64.5 
 
 
617 aa  828    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.92896  hitchhiker  0.00786723 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1120  hypothetical protein  43.49 
 
 
627 aa  444  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.235834  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3190  hypothetical protein  43.28 
 
 
616 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000502664  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3361  hypothetical protein  43.53 
 
 
615 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1331  protein of unknown function DUF885  43.47 
 
 
616 aa  438  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000481618  hitchhiker  0.000370472 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3032  hypothetical protein  43.28 
 
 
616 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.913985  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3047  hypothetical protein  43.1 
 
 
616 aa  435  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000223999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1325  hypothetical protein  43.21 
 
 
614 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0980607 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1187  hypothetical protein  41.97 
 
 
615 aa  430  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2694  hypothetical protein  41.55 
 
 
628 aa  430  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290043  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1186  hypothetical protein  42.96 
 
 
615 aa  428  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.439347  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1257  hypothetical protein  42.96 
 
 
615 aa  429  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0275437  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2185  putative lipoprotein  42.92 
 
 
617 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0983749  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2484  hypothetical protein  44.38 
 
 
625 aa  425  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129536  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1225  hypothetical protein  42.94 
 
 
613 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000182029  normal  0.162619 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2692  hypothetical protein  42.89 
 
 
624 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000199463  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2867  hypothetical protein  43.78 
 
 
618 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000160677  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08886  hypothetical protein  42.77 
 
 
602 aa  411  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0383418  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1130  hypothetical protein  40.78 
 
 
613 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0221143  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0043  hypothetical protein  40.98 
 
 
618 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0062992  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02708  hypothetical protein  39.37 
 
 
617 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1650  hypothetical protein  78.41 
 
 
227 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1649  hypothetical protein  54.96 
 
 
352 aa  387  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1935  hypothetical protein  37.67 
 
 
625 aa  384  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0229438  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1933  hypothetical protein  40.08 
 
 
629 aa  373  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.545709  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3202  putative lipoprotein  39.19 
 
 
633 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1492  hypothetical protein  39.62 
 
 
628 aa  365  2e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000165722  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1390  hypothetical protein  35.21 
 
 
609 aa  357  5e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342186  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1934  hypothetical protein  35.23 
 
 
628 aa  357  5e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.188591  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2577  hypothetical protein  39.71 
 
 
630 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3072  hypothetical protein  37.64 
 
 
616 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000286308  hitchhiker  0.000500018 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1578  hypothetical protein  37.45 
 
 
616 aa  352  8e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.222544  normal  0.140348 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3964  hypothetical protein  36.22 
 
 
621 aa  345  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2471  hypothetical protein  35.96 
 
 
611 aa  345  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000555519 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2527  hypothetical protein  36.85 
 
 
609 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.219284  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1632  hypothetical protein  35.93 
 
 
609 aa  342  9e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0345608  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0679  hypothetical protein  37.62 
 
 
605 aa  342  1e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.269087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2457  hypothetical protein  36.85 
 
 
609 aa  342  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000006339 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1669  hypothetical protein  35.93 
 
 
609 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0645699  normal  0.180826 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3456  hypothetical protein  35.94 
 
 
605 aa  342  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.203936  normal  0.029844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2619  hypothetical protein  36.76 
 
 
611 aa  342  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000485801 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1647  hypothetical protein  35.93 
 
 
609 aa  340  4e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2711  protein of unknown function DUF885  35.93 
 
 
609 aa  340  5e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.921119  decreased coverage  0.00000003491 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2620  hypothetical protein  37.97 
 
 
609 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1524  hypothetical protein  39.48 
 
 
609 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2418  hypothetical protein  36.71 
 
 
607 aa  337  5e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4257  hypothetical protein  38.98 
 
 
636 aa  337  5e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00173192  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1831  hypothetical protein  39.59 
 
 
609 aa  333  5e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0588  Prolyl oligopeptidase  34.4 
 
 
1283 aa  333  6e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0089  hypothetical protein  35.58 
 
 
635 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0094  hypothetical protein  35.58 
 
 
635 aa  331  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0095  hypothetical protein  35.4 
 
 
635 aa  331  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2645  hypothetical protein  35.02 
 
 
610 aa  332  2e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.301133  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1261  hypothetical protein  35.39 
 
 
609 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000229182 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2913  hypothetical protein  35.69 
 
 
585 aa  313  6.999999999999999e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4392  hypothetical protein  34.27 
 
 
604 aa  306  6e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4640  hypothetical protein  33.52 
 
 
639 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.800021 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00043  hypothetical protein  33.83 
 
 
583 aa  302  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0040  hypothetical protein  33.64 
 
 
589 aa  298  2e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03305  hypothetical protein  37.92 
 
 
611 aa  290  5.0000000000000004e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0249799  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3398  hypothetical protein  35.56 
 
 
610 aa  290  7e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0040  hypothetical protein  33.39 
 
 
602 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2512  protein of unknown function DUF885  31.44 
 
 
605 aa  288  2.9999999999999996e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.141981 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0128  hypothetical protein  33.13 
 
 
635 aa  287  5e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185093  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3722  hypothetical protein  34.08 
 
 
594 aa  286  8e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.241744 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01442  lipoprotein, putative  32 
 
 
610 aa  286  1.0000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0145  hypothetical protein  32.85 
 
 
637 aa  285  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.549685  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0084  hypothetical protein  32.97 
 
 
619 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.332216 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0497  protein of unknown function DUF885  30.77 
 
 
587 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.362585  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2044  twin-arginine translocation pathway signal  33.28 
 
 
614 aa  279  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.153512 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0165  hypothetical protein  37.75 
 
 
608 aa  277  5e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4298  protein of unknown function DUF885  35.7 
 
 
603 aa  277  5e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000426014 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1979  protein of unknown function DUF885  31.88 
 
 
592 aa  276  6e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0045  hypothetical protein  35.7 
 
 
603 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.227814  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4353  hypothetical protein  34.67 
 
 
603 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3915  hypothetical protein  34.9 
 
 
603 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.490464  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0189  hypothetical protein  37.31 
 
 
608 aa  274  3e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4495  hypothetical protein  34.67 
 
 
603 aa  273  6e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.340398 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01796  hypothetical protein  31.88 
 
 
629 aa  273  7e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.378298  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3913  hypothetical protein  30.73 
 
 
601 aa  272  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.10642 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4005  hypothetical protein  30.56 
 
 
601 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.846919 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4118  hypothetical protein  34.07 
 
 
601 aa  271  2e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4732  hypothetical protein  34.59 
 
 
601 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3628  hypothetical protein  35.37 
 
 
599 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2356  hypothetical protein  33.96 
 
 
619 aa  270  8e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.805345  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0089  hypothetical protein  34.96 
 
 
599 aa  270  8e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456954 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4378  hypothetical protein  30.85 
 
 
595 aa  266  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0052  hypothetical protein  31.03 
 
 
591 aa  265  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0722154 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3567  hypothetical protein  35.23 
 
 
621 aa  265  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.103554  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3959  protein of unknown function DUF885  34.46 
 
 
590 aa  263  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>