More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2464 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2467  ATP-dependent protease  55.04 
 
 
580 aa  649  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00344984  normal  0.0156105 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2564  ATP-dependent protease  67.64 
 
 
577 aa  805  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.55632e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1638  ATP-dependent protease  67 
 
 
577 aa  809  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00274053  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1857  ATP-dependent protease  67.35 
 
 
577 aa  800  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1780  conserved hypothetical ATP-dependent protease  67.81 
 
 
577 aa  808  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.00505e-07  hitchhiker  0.000156228 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2604  ATP-dependent protease  67.99 
 
 
577 aa  811  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.49813e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1546  ATP-dependent protease  66.55 
 
 
582 aa  790  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000113225  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2679  ATP-dependent protease  67.64 
 
 
577 aa  805  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0066735  normal  0.722057 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1606  ATP-dependent protease  57.78 
 
 
576 aa  657  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.40956e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1607  ATP-dependent protease  66.61 
 
 
582 aa  799  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.44541e-07  normal  0.0794019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1613  ATP-dependent protease  66.72 
 
 
582 aa  792  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.99604e-05  normal  0.391845 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2655  ATP-dependent protease  70.79 
 
 
596 aa  855  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.342543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2464  ATP-dependent protease  100 
 
 
599 aa  1244  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.27268e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2149  ATP-dependent protease  55.06 
 
 
543 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.59451e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1818  ATP-dependent protease  54.37 
 
 
569 aa  617  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00097725  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1952  peptidase S16 lon domain-containing protein  52.16 
 
 
570 aa  603  1e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000193929  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2264  putative ATP-dependent protease  40.89 
 
 
827 aa  313  6e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.412132 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2079  peptidase S16, lon domain-containing protein  39.49 
 
 
802 aa  312  1e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05096  ATP-dependent protease  36.38 
 
 
786 aa  303  5e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1200  ATP-dependent protease-like protein  39.28 
 
 
829 aa  302  9e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  2.80038e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2123  peptidase S16 lon domain protein  39.05 
 
 
809 aa  302  1e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00311978 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4585  ATP-dependent protease, putative  39.5 
 
 
811 aa  300  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.560792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4259  ATP-dependent protease, putative  39.5 
 
 
811 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5216  putative ATP-dependent protease  38.83 
 
 
817 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0128241  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40850  ATP-dependent protease  39.05 
 
 
806 aa  297  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.887392  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60550  putative ATP-dependent protease  38.83 
 
 
817 aa  297  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000190138  normal  0.722449 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0680  ATP-dependent protease, putative  38.6 
 
 
812 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0697551  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0711  ATP-dependent protease-like protein  38.6 
 
 
812 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.807483  normal  0.0469717 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1724  putative ATP-dependent protease LA  35.11 
 
 
802 aa  295  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0712  peptidase S16 lon domain-containing protein  38.6 
 
 
812 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0968919  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1929  ATP-dependent protease, putative  36.76 
 
 
803 aa  293  4e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.355621  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4505  ATP-dependent protease  38.6 
 
 
812 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.552319  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1976  putative ATP-dependent protease La-relatedprotein  38.46 
 
 
800 aa  293  5e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.51631e-05  normal  0.8017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4869  ATP-dependent protease, putative  36.26 
 
 
812 aa  293  5e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0263  hypothetical protein  36.41 
 
 
786 aa  292  1e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0177  peptidase S16 lon domain protein  37 
 
 
818 aa  291  2e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.16877  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02331  ATP-dependent protease  36.97 
 
 
546 aa  290  7e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0823  peptidase S16 lon domain protein  37.45 
 
 
813 aa  288  1e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.112551  normal  0.517782 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0740  peptidase S16 lon domain-containing protein  38.86 
 
 
843 aa  288  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0831  ATP-dependent protease, putative  36.79 
 
 
811 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.726223  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001230  ATP-dependent protease La Type II  35.47 
 
 
786 aa  287  3e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2463  peptidase S16 lon domain-containing protein  36.18 
 
 
816 aa  285  1e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.572002  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0259  peptidase S16 lon domain protein  39.64 
 
 
832 aa  285  1e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3583  ATP-dependent protease-like  37.65 
 
 
660 aa  284  3e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1752  putative Lon protease  39.95 
 
 
590 aa  284  4e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.64824e-07  decreased coverage  6.03795e-07 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3060  peptidase S16, lon domain protein  37.12 
 
 
805 aa  284  4e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0329616  hitchhiker  0.000400818 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2088  peptidase S16 lon domain protein  37.95 
 
 
803 aa  283  5e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0853  ATP-dependent protease, putative  37.67 
 
 
844 aa  283  5e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105216  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0981  peptidase S16 lon domain protein  35.22 
 
 
831 aa  283  5e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  1.65888e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1250  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.88 
 
 
805 aa  283  6e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2719  peptidase S16, lon domain-containing protein  37.38 
 
 
810 aa  282  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.220264  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2180  putative ATP-dependent protease La-relatedprotein  36.54 
 
 
807 aa  282  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0298  ATP-dependent protease, putative  37.74 
 
 
799 aa  282  1e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242114 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1328  peptidase S16 lon domain-containing protein  37.12 
 
 
805 aa  282  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.047879 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2433  ATP-dependent protease, putative  36.19 
 
 
821 aa  282  1e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1294  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.88 
 
 
805 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.506125  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1557  putative protease La homolog  39.58 
 
 
555 aa  281  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00224903  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003444  ATP-dependent protease LA-related protein  37.53 
 
 
546 aa  281  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  7.34026e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0720  peptidase S16, lon domain protein  37.53 
 
 
819 aa  280  5e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.59212e-16 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1270  peptidase S16, lon domain-containing protein  37.07 
 
 
805 aa  280  5e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3051  peptidase S16 lon domain protein  35.79 
 
 
825 aa  280  5e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1773  peptidase S16, lon-like protein  35.93 
 
 
814 aa  280  6e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2746  peptidase S16, lon-like  37.07 
 
 
811 aa  279  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.35674e-05  normal  0.815417 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3391  ATP-dependent protease, putative  35.7 
 
 
806 aa  279  1e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1160  ATP-dependent protease, putative  36.17 
 
 
805 aa  278  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0708  peptidase S16, lon domain protein  35.64 
 
 
819 aa  277  3e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1230  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.17 
 
 
805 aa  277  5e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.813888  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2181  putative ATP-dependent protease La-relatedprotein  35.41 
 
 
795 aa  276  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1159  ATP-dependent protease, putative  36.17 
 
 
805 aa  276  7e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1519  peptidase S16, lon-like protein  34.88 
 
 
787 aa  276  1e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1717  peptidase S16, lon domain-containing protein  38.44 
 
 
801 aa  275  2e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1359  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.3 
 
 
807 aa  275  2e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3006  ATP-dependent protease-like protein  36.69 
 
 
815 aa  274  3e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1543  peptidase S16, lon domain-containing protein  38.64 
 
 
865 aa  274  3e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2545  hypothetical protein  42.86 
 
 
583 aa  273  6e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.89623e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1943  hypothetical protein  42.86 
 
 
583 aa  273  6e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  2.94909e-10  normal  0.195502 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2449  peptidase S16 lon domain protein  39.86 
 
 
809 aa  273  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849825  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2107  peptidase S16 lon domain-containing protein  37.08 
 
 
806 aa  273  7e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.801534  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2633  hypothetical protein  42.86 
 
 
540 aa  273  7e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  5.10666e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1517  peptidase S16, lon domain-containing protein  36.56 
 
 
813 aa  271  3e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.30513  normal  0.334171 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01670  putative ATP-dependent protease  34.86 
 
 
798 aa  271  3e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1920  peptidase S16 lon domain protein  36.03 
 
 
808 aa  271  3e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0319  peptidase S16, lon domain-containing protein  35.68 
 
 
783 aa  270  4e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0787  ATP-dependent protease  37.27 
 
 
861 aa  270  4e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202315  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0840  putative Lon protease  33.47 
 
 
777 aa  270  5e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1598  hypothetical protein  38.46 
 
 
576 aa  268  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  9.47515e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2309  peptidase S16 lon domain protein  34.18 
 
 
817 aa  268  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1564  peptidase S16 lon domain protein  39.06 
 
 
575 aa  268  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3103  peptidase S16, lon-like protein  36.93 
 
 
810 aa  267  4e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0312  peptidase S16 lon domain protein  36.08 
 
 
873 aa  267  5e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.345035 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0590  ATP-dependent protease, putative  38.43 
 
 
811 aa  266  6e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0118699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1020  ATP-dependent protease  37.5 
 
 
803 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2860  hypothetical protein  38.44 
 
 
589 aa  265  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.2938e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2600  ATP-dependent protease, putative  36.01 
 
 
784 aa  265  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0925  ATP-dependent protease  37.33 
 
 
786 aa  264  4e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.819231  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1567  peptidase S16, lon-like  41.71 
 
 
795 aa  264  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617903  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1662  peptidase S16 lon domain-containing protein  34.33 
 
 
788 aa  263  6e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0020  ATP-dependent protease, putative  35.22 
 
 
823 aa  262  1e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140592  normal  0.225222 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3069  ATP-dependent protease, putative  35.36 
 
 
813 aa  261  2e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2406  ATP-dependent protease, putative  35.19 
 
 
791 aa  261  3e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>