More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2241 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 309 aa  634    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  43.84 
 
 		 347 aa  258  7e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 323 aa  216  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 323 aa  215  8e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 319 aa  203  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 318 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 333 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 323 aa  192  7e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 321 aa  189  5e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.55 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.53 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 317 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.54 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 315 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 322 aa  169  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 314 aa  169  8e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 313 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.32 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.87 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  32.65 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 432 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 314 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 315 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 306 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 301 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 345 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 321 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 320 aa  153  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 305 aa  152  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>