151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2229 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2229  porin  100 
 
 		 382 aa  778    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  51.61 
 
 		 403 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  50.26 
 
 		 388 aa  392  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  53.16 
 
 		 398 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  50.25 
 
 		 402 aa  375  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000908733  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  49.25 
 
 		 402 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  49.49 
 
 		 402 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  47.29 
 
 		 403 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  hitchhiker  0.00000152354 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  48.86 
 
 		 402 aa  369  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  48.39 
 
 		 403 aa  365  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000211873  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  48.14 
 
 		 403 aa  358  6e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000133613  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  48.14 
 
 		 403 aa  358  8e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000866519  hitchhiker  0.00000818773 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  48.01 
 
 		 402 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000337456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  47.89 
 
 		 403 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000207941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  47.89 
 
 		 403 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000730706  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  49.22 
 
 		 402 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000293387  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  49.22 
 
 		 402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000106502  hitchhiker  0.00000892589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  49.22 
 
 		 402 aa  352  5e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  0.0000300208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  36.48 
 
 		 385 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  34.02 
 
 		 384 aa  210  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  34.02 
 
 		 384 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  33.93 
 
 		 384 aa  209  8e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  33.76 
 
 		 384 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  33.93 
 
 		 384 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  32.74 
 
 		 384 aa  208  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  32.74 
 
 		 384 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  32.74 
 
 		 384 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  32.99 
 
 		 384 aa  205  9e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  35.7 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  34.42 
 
 		 389 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  34.42 
 
 		 389 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  34.17 
 
 		 389 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  32.45 
 
 		 384 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  29.37 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  27.51 
 
 		 352 aa  90.1  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  27.44 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  28 
 
 		 324 aa  84.3  0.000000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  26.46 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  26.04 
 
 		 340 aa  77  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  25.78 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  26.2 
 
 		 360 aa  72.8  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  25.25 
 
 		 357 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  24.88 
 
 		 357 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  26.49 
 
 		 360 aa  67  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  26.49 
 
 		 360 aa  67  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  26.49 
 
 		 360 aa  67  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  24.88 
 
 		 362 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  24.88 
 
 		 362 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  24.88 
 
 		 362 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  26.3 
 
 		 369 aa  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  24.88 
 
 		 362 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  25 
 
 		 383 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  26.39 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  26.39 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  26.39 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  28.02 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  25.36 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  25.36 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  25.19 
 
 		 364 aa  62  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  25.36 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  25.36 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  25.36 
 
 		 372 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  24.27 
 
 		 378 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  23.25 
 
 		 378 aa  60.5  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  24.75 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  24.75 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  24.03 
 
 		 362 aa  60.5  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  24.75 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  24.75 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  24.44 
 
 		 360 aa  60.1  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  24.03 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000151629  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2714  porin Gram-negative type  24.03 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  24.75 
 
 		 363 aa  60.1  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  24.03 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1037  outer membrane protein F  24.32 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000488881  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1029  outer membrane protein F  24.03 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117634  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  25.74 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2667  outer membrane protein F  24.32 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000513703  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  24.03 
 
 		 362 aa  59.7  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  23.37 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  24.69 
 
 		 360 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  23.88 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  24.27 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  24.7 
 
 		 388 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  24.37 
 
 		 366 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  23.91 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  22.81 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  23.91 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  23.91 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  24.44 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  24.19 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  24.37 
 
 		 366 aa  56.6  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  22.5 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1589  outer membrane porin protein LC  24.71 
 
 		 333 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.810656  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  27.93 
 
 		 368 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  24.76 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  23.02 
 
 		 403 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  24.76 
 
 		 383 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01348  outer membrane pore protein N, non-specific  22.34 
 
 		 377 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1463  outer membrane protein N  22.34 
 
 		 377 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.510785  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>