More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2178 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2178  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 292 aa  599  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  37.21 
 
 		 427 aa  120  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  37.76 
 
 		 432 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  39.8 
 
 		 429 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  32.21 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  37.44 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000266488  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  29.66 
 
 		 567 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5302  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.16 
 
 		 446 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.842711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  36.32 
 
 		 407 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4760  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31.16 
 
 		 446 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.577654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5227  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  31.16 
 
 		 446 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.175544  normal  0.115662 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0136  WD40 domain protein beta Propeller  34.15 
 
 		 419 aa  106  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  29.76 
 
 		 446 aa  106  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0925  WD40 domain protein beta Propeller  35.62 
 
 		 629 aa  103  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.775889  normal  0.417234 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  38.71 
 
 		 354 aa  102  7e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3056  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31.16 
 
 		 450 aa  102  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557578  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0776  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  31.2 
 
 		 395 aa  101  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.605794  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  35.59 
 
 		 430 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  30.65 
 
 		 442 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  28.82 
 
 		 572 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  29.15 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.65 
 
 		 442 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0012  WD40 domain-containing protein  28.4 
 
 		 620 aa  99.8  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  32.7 
 
 		 435 aa  99  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2627  translocation protein TolB  28.78 
 
 		 436 aa  98.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3621  translocation protein TolB  32.66 
 
 		 435 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0328  translocation protein TolB  32.32 
 
 		 454 aa  98.2  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2899  TolB domain-containing protein  30.77 
 
 		 469 aa  97.4  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000201302  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.58 
 
 		 428 aa  97.4  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.5 
 
 		 444 aa  96.7  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0744  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31 
 
 		 445 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4531  serine/threonine protein kinase  34.17 
 
 		 646 aa  95.9  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.114343  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1094  translocation protein TolB  29.65 
 
 		 443 aa  95.5  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  33.33 
 
 		 434 aa  95.5  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  25.85 
 
 		 435 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6881  translocation protein TolB  30.15 
 
 		 462 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464057 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  32.84 
 
 		 434 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1311  translocation protein TolB  28.78 
 
 		 444 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  32.84 
 
 		 434 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  30 
 
 		 446 aa  94  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1017  translocation protein TolB  30.69 
 
 		 461 aa  93.2  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  28.31 
 
 		 428 aa  93.2  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  28.02 
 
 		 422 aa  92.4  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.02 
 
 		 422 aa  92.4  7e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  26.89 
 
 		 437 aa  92.4  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4751  translocation protein TolB  30.15 
 
 		 450 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3171  translocation protein TolB  32.2 
 
 		 439 aa  92.4  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0216692  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3495  translocation protein TolB  30.65 
 
 		 435 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.594815  normal  0.174219 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1812  translocation protein TolB  29.27 
 
 		 449 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.431319  normal  0.360787 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1211  translocation protein TolB  26.96 
 
 		 462 aa  91.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.896355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3200  translocation protein TolB  30.65 
 
 		 435 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4147  translocation protein TolB  28.78 
 
 		 449 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0684  translocation protein TolB  30.57 
 
 		 434 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.603997 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  29.33 
 
 		 436 aa  91.3  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0728  translocation protein TolB  30.05 
 
 		 434 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00650912  normal  0.160751 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2717  translocation protein TolB  29.15 
 
 		 450 aa  90.9  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.599754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  34.86 
 
 		 316 aa  90.5  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3512  translocation protein TolB  29.65 
 
 		 450 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31.58 
 
 		 362 aa  90.5  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  29 
 
 		 443 aa  90.1  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1627  hypothetical protein  34.11 
 
 		 615 aa  90.1  4e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  30.1 
 
 		 403 aa  89.4  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0270  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  27.32 
 
 		 448 aa  89.7  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.989147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  29.5 
 
 		 445 aa  89.7  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  29 
 
 		 443 aa  89  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  32.2 
 
 		 461 aa  89  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2133  translocation protein TolB  29.8 
 
 		 439 aa  89  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0735  translocation protein TolB  29.08 
 
 		 432 aa  88.6  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9087  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  30.81 
 
 		 428 aa  88.6  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  29 
 
 		 443 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0924  WD40 domain protein beta Propeller  36.05 
 
 		 618 aa  88.2  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0358135  normal  0.463223 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0133  WD40 domain protein beta Propeller  28.02 
 
 		 445 aa  87  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  30.35 
 
 		 420 aa  86.7  5e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  24.78 
 
 		 427 aa  86.7  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0393  translocation protein TolB  30.22 
 
 		 451 aa  86.3  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3021  hypothetical protein  32.32 
 
 		 499 aa  86.3  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0380667  normal  0.511265 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  29.25 
 
 		 441 aa  86.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  29.44 
 
 		 441 aa  85.9  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  32.63 
 
 		 642 aa  85.5  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2416  TolB domain-containing protein  27.75 
 
 		 453 aa  85.5  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  30.94 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  28.65 
 
 		 428 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  30.92 
 
 		 450 aa  84  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4053  translocation protein TolB  26.36 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  27.85 
 
 		 434 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  27.41 
 
 		 717 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0759  translocation protein TolB  27.8 
 
 		 430 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.397862  normal  0.413932 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  27.1 
 
 		 442 aa  83.2  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  26 
 
 		 439 aa  82.8  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1346  translocation protein TolB  29.07 
 
 		 421 aa  82.8  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3920  translocation protein TolB  27.8 
 
 		 430 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0501302 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1154  WD40-like beta propeller protein  35.1 
 
 		 416 aa  82.4  0.000000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  39.47 
 
 		 432 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2455  translocation protein TolB  29.94 
 
 		 430 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328002  normal  0.860267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  36.59 
 
 		 432 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109745  hitchhiker  0.0000339249 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  28.26 
 
 		 444 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0669  translocation protein TolB  29.8 
 
 		 444 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303969  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  31.71 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0562  translocation protein TolB  29.76 
 
 		 444 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2322  translocation protein TolB  29.8 
 
 		 444 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0205331  normal  0.53419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>