More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2170 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 328 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 385 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 377 aa  96.7  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 		 379 aa  95.9  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 390 aa  93.6  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 390 aa  92  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 381 aa  87.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 438 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 392 aa  83.2  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  36.15 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.01 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 393 aa  80.5  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  26.73 
 
 		 404 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 391 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  28.68 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 422 aa  77  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  36.15 
 
 		 349 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 364 aa  75.9  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 358 aa  76.3  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 347 aa  75.9  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 383 aa  74.3  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 106 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 370 aa  73.2  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 376 aa  73.6  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  26.86 
 
 		 399 aa  72.8  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.22 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.07 
 
 		 398 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 357 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 381 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 359 aa  70.9  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 335 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 399 aa  68.9  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  29.81 
 
 		 274 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2152  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.488211  normal  0.369795 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19800  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1703  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0448635  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  30 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  30 
 
 		 307 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  25.98 
 
 		 349 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 304 aa  62.4  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 284 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  32.18 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  32.18 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 532 aa  61.2  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0359  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 405 aa  61.2  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.524425  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 760 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  25.49 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.05 
 
 		 389 aa  59.3  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.62 
 
 		 537 aa  59.3  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0279  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 401 aa  59.3  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 276 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2057  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.227096  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  28.44 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 136 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 154 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  22.86 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 295 aa  57  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 359 aa  57  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 291 aa  57  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 331 aa  56.6  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 273 aa  57  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2653  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 515 aa  55.8  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 349 aa  55.8  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.81 
 
 		 394 aa  55.8  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 253 aa  55.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 380 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 		 301 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>