More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2155 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
134 aa  263  8.999999999999999e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  59.26 
 
 
135 aa  156  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.97 
 
 
133 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.22 
 
 
136 aa  103  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.78 
 
 
135 aa  101  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.27 
 
 
136 aa  101  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  38.17 
 
 
135 aa  101  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  39.34 
 
 
136 aa  100  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  45.45 
 
 
135 aa  99  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  42.74 
 
 
132 aa  97.1  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.07 
 
 
136 aa  96.3  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  41.27 
 
 
134 aa  91.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  42.15 
 
 
134 aa  91.3  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.32 
 
 
134 aa  90.1  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.05 
 
 
116 aa  89.4  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  39.37 
 
 
133 aa  88.2  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  40.17 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.89 
 
 
136 aa  87.8  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
134 aa  86.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  38.52 
 
 
134 aa  86.3  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  34.92 
 
 
134 aa  85.5  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  34.71 
 
 
143 aa  85.5  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
139 aa  85.9  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
134 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.29 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  35.83 
 
 
134 aa  79  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
142 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2390  biopolymer transport protein  38.71 
 
 
133 aa  75.5  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.817875  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  31.25 
 
 
134 aa  72  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35 
 
 
136 aa  69.7  0.00000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
141 aa  69.3  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.15 
 
 
140 aa  67.4  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
137 aa  67  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  36.13 
 
 
137 aa  66.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  30.4 
 
 
142 aa  65.5  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  34.45 
 
 
141 aa  65.1  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.36 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
142 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
129 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
142 aa  62  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.77 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.5 
 
 
130 aa  62.8  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
132 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.78 
 
 
132 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
141 aa  60.1  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  28.57 
 
 
136 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  32.56 
 
 
144 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
132 aa  60.1  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.52 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  32.28 
 
 
139 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.2 
 
 
135 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  30.71 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
122 aa  59.7  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.41 
 
 
137 aa  58.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  30.37 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  29.5 
 
 
143 aa  57.8  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.62 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  26.89 
 
 
148 aa  56.2  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  31.3 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.01 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  28.23 
 
 
139 aa  55.5  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 
143 aa  55.5  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.05 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.15 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.02 
 
 
125 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
140 aa  55.1  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.1 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.35 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
131 aa  54.7  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.1 
 
 
131 aa  54.7  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0546  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
152 aa  54.7  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00922706  normal  0.113975 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
140 aa  54.7  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
142 aa  53.5  0.0000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.06 
 
 
124 aa  53.5  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  28.08 
 
 
144 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  28.08 
 
 
144 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 
143 aa  53.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.06 
 
 
129 aa  53.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>