More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2080 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  100 
 
 		 286 aa  588  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.72 
 
 		 284 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.72 
 
 		 284 aa  557  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.72 
 
 		 284 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.72 
 
 		 284 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.72 
 
 		 284 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  96.09 
 
 		 284 aa  559  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.72 
 
 		 284 aa  557  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.72 
 
 		 284 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.37 
 
 		 284 aa  554  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.37 
 
 		 284 aa  554  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  94.37 
 
 		 284 aa  554  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  92.25 
 
 		 284 aa  545  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  92.96 
 
 		 284 aa  546  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  92.25 
 
 		 284 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  91.55 
 
 		 284 aa  541  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  92.61 
 
 		 284 aa  542  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.03 
 
 		 301 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.03 
 
 		 301 aa  462  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  77.03 
 
 		 289 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  76.06 
 
 		 290 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.89 
 
 		 284 aa  454  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.36 
 
 		 284 aa  455  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  74.3 
 
 		 308 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75.71 
 
 		 284 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  74.3 
 
 		 289 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  74.73 
 
 		 289 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  74.64 
 
 		 284 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.6 
 
 		 289 aa  441  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  72.14 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  72.14 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.18 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.14 
 
 		 289 aa  434  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.5 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.5 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.14 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  72.14 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01243  DNA-binding transcriptional regulator HexR  75 
 
 		 283 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.2954  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  72.14 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  71.79 
 
 		 289 aa  433  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.77 
 
 		 289 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.77 
 
 		 289 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.77 
 
 		 289 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.77 
 
 		 289 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.42 
 
 		 289 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  70.36 
 
 		 282 aa  428  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003760  glucose repressor HexR for Entner-Doudoroff pathway RpiR family  74.9 
 
 		 259 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.192568  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  67.5 
 
 		 286 aa  408  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.76 
 
 		 286 aa  340  2e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.86 
 
 		 289 aa  333  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  58.33 
 
 		 289 aa  329  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  56.43 
 
 		 290 aa  329  3e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1119  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.61 
 
 		 288 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.942787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 290 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1299  Hex regulon repressor  57.25 
 
 		 288 aa  325  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.776105  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 290 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.25 
 
 		 290 aa  324  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3144  DNA-binding transcriptional regulator HexR  57.14 
 
 		 289 aa  316  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0232322 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  53.76 
 
 		 288 aa  312  4.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  55.32 
 
 		 285 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  54.96 
 
 		 285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15700  DNA-binding transcriptional regulator HexR  52.48 
 
 		 288 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 289 aa  244  8e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 288 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 288 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 288 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 288 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 288 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71780  RpiR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6227  putative transcriptional regulator  42.29 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4485  RpiR family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 288 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02030  transcriptional regulatory protein HexR  41.34 
 
 		 288 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5515  transcriptional regulator, RpiR family  41.7 
 
 		 288 aa  228  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5064  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  42.05 
 
 		 288 aa  228  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 281 aa  211  9e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3388  RpiR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 284 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 273 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 281 aa  206  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  37.63 
 
 		 281 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2468  RpiR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 296 aa  206  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 278 aa  205  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 281 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 281 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  39.21 
 
 		 281 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 282 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 282 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 339 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 332 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 332 aa  202  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 339 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 282 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 282 aa  200  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 282 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 282 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>