More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1857 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
485 aa  1001    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  66.46 
 
 
474 aa  634  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  52.26 
 
 
517 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  50.61 
 
 
519 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  48.73 
 
 
511 aa  501  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  52.4 
 
 
519 aa  504  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  50.83 
 
 
514 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  50.94 
 
 
515 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  50.94 
 
 
515 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  51.15 
 
 
515 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  50.1 
 
 
519 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  50.31 
 
 
515 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  50.31 
 
 
515 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  50.52 
 
 
515 aa  481  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  49.28 
 
 
515 aa  474  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  47.12 
 
 
517 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  44.93 
 
 
518 aa  426  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  46.41 
 
 
554 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  45.78 
 
 
552 aa  392  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  42.12 
 
 
517 aa  384  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  43.26 
 
 
553 aa  378  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.92 
 
 
527 aa  368  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.39 
 
 
528 aa  359  5e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.47 
 
 
532 aa  359  6e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  38.22 
 
 
543 aa  352  1e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  40.84 
 
 
524 aa  350  4e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1885  Slt family transglycosylase  45.89 
 
 
495 aa  349  6e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000159239  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  42.32 
 
 
548 aa  348  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  42.65 
 
 
539 aa  348  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  41.15 
 
 
556 aa  346  6e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  40.17 
 
 
580 aa  342  7e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  35.51 
 
 
550 aa  305  1.0000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  38.03 
 
 
498 aa  295  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.65 
 
 
530 aa  291  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  36.65 
 
 
534 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  33.99 
 
 
527 aa  289  8e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.82 
 
 
534 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  35.06 
 
 
479 aa  284  2.0000000000000002e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.83 
 
 
515 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  35.92 
 
 
479 aa  284  3.0000000000000004e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.06 
 
 
475 aa  281  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  35.45 
 
 
487 aa  278  1e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.45 
 
 
499 aa  278  2e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  35 
 
 
442 aa  275  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  34.76 
 
 
442 aa  274  3e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.96 
 
 
457 aa  273  3e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.19 
 
 
464 aa  273  5.000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  35.26 
 
 
473 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.27 
 
 
472 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.27 
 
 
459 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.09 
 
 
395 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  34.67 
 
 
476 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  33.82 
 
 
492 aa  264  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  35.01 
 
 
476 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.63 
 
 
465 aa  263  6e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  35.01 
 
 
476 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  32.65 
 
 
546 aa  263  8e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.24 
 
 
457 aa  261  3e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  35.08 
 
 
570 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  34.51 
 
 
516 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  34.98 
 
 
445 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  34.3 
 
 
516 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  35.31 
 
 
518 aa  254  3e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.75 
 
 
426 aa  254  3e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  35.09 
 
 
557 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.8 
 
 
406 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.45 
 
 
455 aa  247  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
406 aa  246  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
406 aa  246  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  33.33 
 
 
406 aa  246  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  35.57 
 
 
451 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  31.24 
 
 
477 aa  244  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.53 
 
 
455 aa  243  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.03 
 
 
452 aa  243  5e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.03 
 
 
452 aa  243  5e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  31.03 
 
 
452 aa  243  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.03 
 
 
452 aa  243  5e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.03 
 
 
452 aa  243  5e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.03 
 
 
452 aa  243  7.999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  34.04 
 
 
515 aa  240  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  30.77 
 
 
474 aa  240  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  42.64 
 
 
562 aa  240  5e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  40.88 
 
 
512 aa  240  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  32.1 
 
 
504 aa  240  5e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  31.46 
 
 
474 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  32.61 
 
 
483 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  32.62 
 
 
446 aa  239  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.18 
 
 
406 aa  239  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.18 
 
 
406 aa  239  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  31.89 
 
 
504 aa  238  1e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  35.36 
 
 
501 aa  237  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  33.11 
 
 
552 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  33.11 
 
 
531 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  30.42 
 
 
474 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.11 
 
 
530 aa  236  6e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  33.01 
 
 
483 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  32.99 
 
 
529 aa  236  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  33.11 
 
 
530 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  32.37 
 
 
483 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.89 
 
 
553 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>