More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1798 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1798  regulatory protein, MerR  100 
 
 		 118 aa  237  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0455207  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0085  MerR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 117 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0082  MerR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 117 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0086  MerR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 117 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1808  transcriptional regulator, MerR family  42.24 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.306071  normal  0.126025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2526  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 115 aa  71.6  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.120952  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4735  transcriptional regulator, MerR family  37.84 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3871  MerR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 117 aa  67.4  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5993  MerR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000699442 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3843  MerR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 154 aa  66.2  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6040  MerR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4372  MerR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 137 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4808  transcriptional regulator, MerR family  31.67 
 
 		 160 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.820733 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4192  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3731  transcriptional regulator, MerR family  31.67 
 
 		 160 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.12 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3058  transcriptional regulator, MerR family  36.28 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  34.78 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3780  MerR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05447  transcription regulator protein  30.83 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.015587 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2528  transcriptional regulator, MerR family  30.83 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0713  MerR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.979534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  44.12 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.36 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36 
 
 		 135 aa  62  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2165  MerR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0369388  normal  0.524788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 165 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  47.62 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0901  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0327374 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0895  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0912  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  36.08 
 
 		 144 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0453  MerR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0138  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0130  transcriptional regulator, MerR family  34.51 
 
 		 165 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1667  regulatory protein, MerR  45.45 
 
 		 136 aa  60.8  0.000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  36.36 
 
 		 135 aa  60.5  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0280  putative transcription regulator protein  33.63 
 
 		 165 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0843024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2780  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 144 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.891963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  39.71 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 182 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  46.77 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  31.86 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4307  transcriptional regulator, MerR family  43.75 
 
 		 141 aa  58.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00729055  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  40.91 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  33 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 166 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2617  transcriptional regulator MerR family  33.03 
 
 		 130 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  33 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4014  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2170  transcriptional regulator, MerR family  31.45 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000807108 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0486  MerR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0144  MerR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 158 aa  59.3  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  31.78 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  41.18 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1160  MerR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392851 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1630  MerR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1179  transcriptional regulator, putative  31.82 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0654796  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1138  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0775517  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0495  MerR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292362  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5946  MerR family transcriptional regulator PbrR  32.29 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2819  transcriptional regulator, MerR family protein  31.86 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  31.31 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3676  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.511555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1645  regulatory protein, MerR  45.31 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0841182  normal  0.942746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5013  MerR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1301  MerR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1129  MerR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 131 aa  57.4  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.560457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>