256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1732 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2065  sodium/hydrogen exchanger  78.52 
 
 
660 aa  962  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.62767e-05  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2109  sodium/hydrogen exchanger  68.79 
 
 
643 aa  848  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2147  sodium/hydrogen exchanger  79.8 
 
 
670 aa  958  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.251145  normal  0.368531 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2321  sodium/hydrogen exchanger  78.67 
 
 
660 aa  962  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.545125  hitchhiker  0.000203679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1732  sodium/hydrogen exchanger  100 
 
 
702 aa  1405  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2017  sodium/hydrogen exchanger  81.09 
 
 
660 aa  945  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.55921e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1998  sodium/hydrogen exchanger  76.47 
 
 
616 aa  933  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.12153e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2605  sodium/hydrogen exchanger  74.43 
 
 
637 aa  924  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00858761  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3909  Na+/H+ antiporter  54.38 
 
 
607 aa  660  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2400  sodium/hydrogen exchanger  74.29 
 
 
625 aa  872  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.30765e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2308  sodium/hydrogen exchanger  80.29 
 
 
660 aa  942  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0707  sodium/hydrogen exchanger  66.93 
 
 
651 aa  868  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2537  sodium/hydrogen exchanger family protein  73.61 
 
 
669 aa  973  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2224  sodium/hydrogen exchanger  79.97 
 
 
673 aa  959  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00760493  normal  0.0969988 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1861  sodium/hydrogen exchanger  81.97 
 
 
719 aa  1038  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1871  sodium/hydrogen exchanger family protein  69.99 
 
 
666 aa  897  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1982  sodium/hydrogen exchanger  53.44 
 
 
619 aa  661  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2324  sodium/hydrogen exchanger  79.28 
 
 
670 aa  970  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.339898  normal  0.580137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0511  sodium/hydrogen exchanger  51.52 
 
 
622 aa  603  1e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00461  Na+/H+ antiporter  55.06 
 
 
569 aa  602  1e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0220  hypothetical protein  48.99 
 
 
598 aa  558  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2318  sodium/hydrogen exchanger  48.33 
 
 
599 aa  534  1e-150  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0395796  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1380  putative sodium/hydrogen antiporter  49.17 
 
 
611 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00463957  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000727  NhaP-type Na+/H+ and K+/H+ antiporter  47.49 
 
 
599 aa  527  1e-148  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16030  putative sodium/hydrogen antiporter  48.84 
 
 
611 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04922  Na+/K+/H+ antiporter  46.93 
 
 
597 aa  525  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1072  sodium/hydrogen exchanger  48.21 
 
 
601 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.558941  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1024  Sodium/hydrogen exchanger  49.74 
 
 
602 aa  516  1e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.30796  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0127  sodium/hydrogen exchanger  43.26 
 
 
760 aa  517  1e-145  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.302904  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0146  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  42.79 
 
 
763 aa  514  1e-144  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000269507 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4152  sodium/hydrogen exchanger  48.39 
 
 
608 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.561792 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0156  sodium/hydrogen exchanger  42.58 
 
 
764 aa  511  1e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4254  sodium/hydrogen exchanger  47.97 
 
 
601 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4478  sodium/hydrogen exchanger  48.22 
 
 
602 aa  501  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1467  sodium/hydrogen exchanger  47.86 
 
 
601 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.236845 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1211  Sodium/hydrogen exchanger  47.21 
 
 
611 aa  478  1e-133  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0280603  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0477  sodium/hydrogen exchanger  47.04 
 
 
616 aa  450  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0802705  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0850  sodium/hydrogen exchanger  44.74 
 
 
617 aa  447  1e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0424  sodium/hydrogen exchanger  39.02 
 
 
852 aa  396  1e-109  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0521  Sodium/hydrogen exchanger  36.12 
 
 
604 aa  352  1e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03225  Na(+):H(+) antiporter, CPA1 family protein  37.74 
 
 
625 aa  345  2e-93  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0868  Na(+):H(+) antiporter  35.97 
 
 
606 aa  330  4e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4667  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.3 
 
 
596 aa  315  1e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4286  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.3 
 
 
596 aa  315  1e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0381852  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4275  Na+/H+ exchanger (Na+/H+ antiporter)  34.12 
 
 
596 aa  315  2e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4369  sodium/hydrogen exchanger  33.04 
 
 
596 aa  315  2e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4781  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.12 
 
 
596 aa  315  2e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4654  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.12 
 
 
596 aa  315  2e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4436  sodium/hydrogen exchanger family protein  34.12 
 
 
596 aa  314  3e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  5.477e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19170  NhaP-type Na+(K+)/H+ antiporter  33.87 
 
 
640 aa  313  9e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.490991  normal  0.0684118 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2869  sodium/hydrogen exchanger  34.1 
 
 
623 aa  293  6e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.824474  normal  0.920346 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2740  Sodium/hydrogen exchanger  33.56 
 
 
629 aa  256  1e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.370681 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0759  sodium/hydrogen exchanger  35.4 
 
 
584 aa  254  3e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.135673  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1446  sodium/hydrogen exchanger  37.53 
 
 
641 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5185  sodium/hydrogen exchanger  37.84 
 
 
660 aa  249  2e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0042  sodium/hydrogen exchanger  32.59 
 
 
607 aa  249  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.126585  normal  0.101979 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4262  sodium/hydrogen exchanger  33.88 
 
 
741 aa  248  3e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.387435  normal  0.153793 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3229  sodium/hydrogen exchanger  36.55 
 
 
652 aa  245  2e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2891  sodium/hydrogen exchanger  36.55 
 
 
652 aa  245  3e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0888  sodium/hydrogen exchanger  37.27 
 
 
628 aa  243  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.043911 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2292  sodium/hydrogen exchanger  37.84 
 
 
637 aa  243  1e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.042334  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0956  sodium/hydrogen exchanger  33.04 
 
 
639 aa  233  1e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0859  sodium/hydrogen exchanger  35.6 
 
 
640 aa  232  2e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4282  sodium/hydrogen exchanger  35.97 
 
 
609 aa  231  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1363  sodium/hydrogen exchanger  31.85 
 
 
610 aa  227  6e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00040523  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2077  Na+/H+ antiporter, putative  31.31 
 
 
595 aa  225  2e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3821  sodium/hydrogen exchanger  41.49 
 
 
407 aa  208  3e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2394  Na+/H+ antiporter  38.28 
 
 
593 aa  207  4e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00954713  hitchhiker  0.00302602 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3335  sodium/hydrogen exchanger  32.98 
 
 
620 aa  204  4e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.263671  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3265  hypothetical protein  29.86 
 
 
612 aa  204  6e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.769883  normal  0.438481 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3722  TrkA-N domain protein  30.66 
 
 
617 aa  200  9e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.207998  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0112  TrkA-N domain protein  32.56 
 
 
617 aa  193  8e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.440921 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0739  TrkA-N domain protein  32.3 
 
 
630 aa  184  3e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1318  TrkA-N domain protein  31.86 
 
 
628 aa  170  9e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0472  CPA1 family Na+/H+ antiporter  35.88 
 
 
399 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0494569  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0378  TrkA-N domain protein  33.7 
 
 
626 aa  162  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04971  CPA1 family Na+/H+ antiporter  35.63 
 
 
401 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05271  CPA1 family Na+/H+ antiporter  35.63 
 
 
401 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0377759  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05361  CPA1 family Na+/H+ antiporter  35 
 
 
399 aa  159  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06781  putative Na+/H+ antiporter, CPA1 family  36.31 
 
 
421 aa  159  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1805  CPA1 family Na+/H+ antiporter  36.26 
 
 
414 aa  158  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.781588  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05281  CPA1 family Na+/H+ antiporter  36.26 
 
 
414 aa  158  4e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0626531  normal  0.0646135 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04731  CPA1 family Na+/H+ antiporter  33.7 
 
 
402 aa  155  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.281963  normal  0.831051 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1720  CPA1 family Na+/H+ antiporter  33.52 
 
 
414 aa  147  8e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0640  CPA1 family Na+/H+ antiporter  36.99 
 
 
421 aa  140  8e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0768  potassium/proton antiporter  26.58 
 
 
478 aa  105  4e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0154146  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0657  potassium/proton antiporter  27.97 
 
 
597 aa  101  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0833853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0580  potassium/proton antiporter  27.37 
 
 
598 aa  95.1  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316248  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0056  potassium/proton antiporter  26.39 
 
 
597 aa  94.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0021  sodium/hydrogen exchanger  24.73 
 
 
484 aa  94.7  5e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7379  potassium/proton antiporter  26.85 
 
 
597 aa  92.4  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0157  potassium/proton antiporter  27.23 
 
 
596 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0337  potassium/proton antiporter  27.18 
 
 
597 aa  91.3  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0222  potassium/proton antiporter  26.91 
 
 
499 aa  89.7  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0500  sodium/hydrogen exchanger  27.34 
 
 
608 aa  90.5  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0245914  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0827  sodium/hydrogen exchanger  26.74 
 
 
605 aa  89.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0583075 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3190  sodium/hydrogen exchanger  28.57 
 
 
498 aa  87.8  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0846  transporter-associated region:TrkA-C:Sodium/hydrogen exchanger  25.29 
 
 
588 aa  87.4  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002210  NhaP-type Na+/H+ and K+/H+ antiporter  26.93 
 
 
581 aa  87  1e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0757  potassium/proton antiporter  24.05 
 
 
481 aa  86.7  1e-15  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00299818  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>