118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1660 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1660  methyltransferase type 11  100 
 
 		 309 aa  639    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1477  methyltransferase type 11  48.55 
 
 		 254 aa  258  8e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2774  biotin biosynthesis protein BioC  43.66 
 
 		 266 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0014139  hitchhiker  0.00911196 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2357  biotin biosynthesis protein BioC  43.21 
 
 		 275 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000020473 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2429  biotin biosynthesis protein BioC  43.9 
 
 		 275 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0131748 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2738  biotin synthesis protein BioC  43.51 
 
 		 275 aa  212  7e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1868  methyltransferase type 11  43.33 
 
 		 263 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00760268  decreased coverage  0.000000322294 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1721  methyltransferase type 11  40.86 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0157757  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2343  biotin biosynthesis protein BioC  43.99 
 
 		 269 aa  206  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2517  biotin biosynthesis protein BioC  43.21 
 
 		 275 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000257486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1760  methyltransferase type 11  39.67 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1803  methyltransferase type 11  41.85 
 
 		 256 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1753  methyltransferase type 11  40 
 
 		 367 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.757271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1797  methyltransferase type 11  37.85 
 
 		 374 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.105535  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2525  Methyltransferase type 11  38.01 
 
 		 383 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.991475  normal  0.34904 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1440  biotin synthesis protein BioC  40.07 
 
 		 248 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00159982  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2537  biotin biosynthesis protein BioC  30 
 
 		 260 aa  96.3  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000300876  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1164  methyltransferase type 11  28.83 
 
 		 267 aa  91.3  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1312  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3454  methyltransferase type 11  25.82 
 
 		 270 aa  90.5  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1313  biotin biosynthesis protein BioC  32.89 
 
 		 255 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.110955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02209  Biotin biosynthesis protein BioC  30.55 
 
 		 325 aa  87.4  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.28779  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0248  biotin biosynthesis protein BioC  29.78 
 
 		 253 aa  85.1  0.000000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.996866  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1922  biotin biosynthesis protein BioC  27.34 
 
 		 279 aa  85.5  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.152258  decreased coverage  0.00125244 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2440  Methyltransferase type 11  30.8 
 
 		 216 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0165065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1507  biotin biosynthesis protein BioC  30.18 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000063017  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2962  biotin biosynthesis protein BioC  30.45 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0381627  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01809  methyltransferase  28.73 
 
 		 268 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003869  biotin synthesis protein BioC  28.73 
 
 		 268 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.19334  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2433  biotin biosynthesis protein BioC  29.68 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0734686 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1268  biotin biosynthesis protein BioC  30.21 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00543221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0923  biotin biosynthesis protein BioC  31.31 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00600636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1881  biotin biosynthesis protein BioC  25.27 
 
 		 266 aa  77.8  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0598822  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0832  biotin biosynthesis protein BioC  31.31 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189171  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2161  biotin biosynthesis protein BioC  25 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0946  biotin biosynthesis protein BioC  31.31 
 
 		 251 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000915647  normal  0.885447 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0860  biotin biosynthesis protein BioC  31.31 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00894914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0891  biotin biosynthesis protein BioC  30.84 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0441055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0632  biotin synthesis protein BioC  28.16 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104697  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1132  biotin biosynthesis protein BioC  24.58 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0157  biotin biosynthesis protein BioC  26.52 
 
 		 290 aa  72  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06540  putative biotin synthesis protein BioC  27.39 
 
 		 274 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2842  biotin biosynthesis protein BioC  40.32 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1427  biotin synthesis protein BioC  40.32 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2929  biotin biosynthesis protein BioC  40.32 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4085  biotin biosynthesis protein BioC  27.21 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0926  biotin synthesis protein  27.4 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.676817  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0603  putative biotin synthesis protein BioC  27.39 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2899  biotin biosynthesis protein BioC  26.86 
 
 		 262 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.785116  normal  0.0952013 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3013  biotin biosynthesis protein BioC  25.61 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.755782  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06010  biotin synthesis protein BioC  28.36 
 
 		 267 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746653  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2555  methyltransferase type 11  25.3 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00279696  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2575  biotin biosynthesis protein BioC  29.17 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000803036  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0858  biotin synthesis protein BioC  26.77 
 
 		 275 aa  66.6  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03630  biotin biosynthesis protein BioC  29.65 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2098  biotin biosynthesis protein BioC  27.51 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0840  biotin biosynthesis protein BioC  29.3 
 
 		 251 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158566  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0800  biotin biosynthesis protein BioC  29.17 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000119753  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1128  biotin synthesis protein BioC  34.64 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0925  biotin biosynthesis protein BioC  27.96 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000310618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0960  biotin biosynthesis protein BioC  31.97 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.131557  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0822  biotin biosynthesis protein BioC  26.69 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00744  predicted methltransferase, enzyme of biotin synthesis  28.7 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000740427  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2865  biotin biosynthesis protein BioC  28.7 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134794  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00761  hypothetical protein  28.7 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000873779  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0831  biotin biosynthesis protein BioC  28.7 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000107707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2866  biotin biosynthesis protein BioC  28.7 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000576262  normal  0.0541364 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0245  biotin synthesis protein BioC  23.36 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1981  biotin biosynthesis protein BioC  22.9 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0421  biotin biosynthesis protein BioC  23.36 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000894072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0365  biotin biosynthesis protein BioC  26.21 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.380868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5173  biotin biosynthesis protein BioC  26.47 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0205142  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0391  biotin biosynthesis protein BioC  26.61 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0395  biotin biosynthesis protein BioC  25.83 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0883344  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4684  biotin synthesis protein BioC  25.9 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.701434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0322  biotin biosynthesis protein BioC  23.1 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0126192 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3831  biotin biosynthesis protein BioC  35.33 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2596  biotin biosynthesis protein bioC  33.8 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.093326  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0497  biotin synthesis protein BioC  25.18 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.572424  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2251  hypothetical protein  22.38 
 
 		 284 aa  58.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3137  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  23.38 
 
 		 558 aa  58.5  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.785759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4837  biotin biosynthesis protein BioC  25.21 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.672386 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1705  Methyltransferase type 11  27.22 
 
 		 234 aa  57  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2279  hypothetical protein  21.66 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3244  methyltransferase type 11  24.73 
 
 		 280 aa  55.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0619  biotin synthesis protein  22.49 
 
 		 297 aa  54.3  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2627  biotin synthesis protein, putative  25.42 
 
 		 267 aa  52.8  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3569  methyltransferase type 11  28.29 
 
 		 208 aa  52.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.865632 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1611  biotin synthesis protein  24.42 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0573  putative methyltransferase  24.42 
 
 		 281 aa  52  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3999  Methyltransferase type 11  29.75 
 
 		 274 aa  51.6  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0579  methyltransferase type 11  29.52 
 
 		 339 aa  51.6  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2050  biotin biosynthesis  26.09 
 
 		 254 aa  50.8  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.146243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2277  Methyltransferase type 12  24.78 
 
 		 230 aa  50.4  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_11990  predicted protein  26.67 
 
 		 330 aa  50.4  0.00004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0035  putative biotin synthesis protein BioC  24.5 
 
 		 249 aa  48.5  0.0001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.194452  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3428  Methyltransferase type 11  23.43 
 
 		 267 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.512533 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0833  Methyltransferase type 11  23.43 
 
 		 267 aa  48.1  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741572  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0094  methyltransferase type 11  32.48 
 
 		 235 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0103  methyltransferase type 11  32.48 
 
 		 235 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0892786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0084  methyltransferase type 11  32.48 
 
 		 235 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.315622 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>