More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1570 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  100 
 
 		 476 aa  971    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.22 
 
 		 488 aa  450  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.17 
 
 		 496 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.83 
 
 		 465 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.9 
 
 		 491 aa  445  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.27 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.84 
 
 		 465 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 476 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.63 
 
 		 465 aa  430  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  49.06 
 
 		 464 aa  423  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.1 
 
 		 465 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.67 
 
 		 469 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.33 
 
 		 474 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.79 
 
 		 494 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.67 
 
 		 470 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  41.86 
 
 		 497 aa  345  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.26 
 
 		 430 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.48 
 
 		 430 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.48 
 
 		 430 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.48 
 
 		 430 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.26 
 
 		 430 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  35.7 
 
 		 427 aa  267  2e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.21 
 
 		 451 aa  266  5e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.21 
 
 		 460 aa  266  8.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.47 
 
 		 436 aa  265  8.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.21 
 
 		 460 aa  265  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.9 
 
 		 432 aa  261  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 		 432 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  36.67 
 
 		 432 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 		 431 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 		 432 aa  258  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.67 
 
 		 432 aa  258  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.36 
 
 		 432 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  35.73 
 
 		 448 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 		 432 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.04 
 
 		 448 aa  253  6e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.22 
 
 		 432 aa  253  8.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.94 
 
 		 443 aa  251  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.83 
 
 		 436 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.16 
 
 		 426 aa  249  5e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.63 
 
 		 462 aa  249  7e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.98 
 
 		 442 aa  247  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.16 
 
 		 425 aa  243  5e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.08 
 
 		 440 aa  237  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.68 
 
 		 449 aa  235  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.68 
 
 		 449 aa  232  1e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 		 486 aa  230  4e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.61 
 
 		 439 aa  230  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  35.83 
 
 		 441 aa  223  8e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 		 460 aa  209  7e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.71 
 
 		 464 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.62 
 
 		 419 aa  201  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  31.03 
 
 		 431 aa  200  5e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  31.47 
 
 		 431 aa  199  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 429 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.19 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.33 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  32.19 
 
 		 472 aa  180  4.999999999999999e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  34.83 
 
 		 445 aa  179  9e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.86 
 
 		 439 aa  178  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.95 
 
 		 442 aa  176  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.11 
 
 		 445 aa  174  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.05 
 
 		 445 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.81 
 
 		 426 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.96 
 
 		 436 aa  163  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.87 
 
 		 427 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.78 
 
 		 435 aa  162  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.36 
 
 		 472 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.42 
 
 		 427 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.59 
 
 		 427 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.71 
 
 		 442 aa  156  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  41.98 
 
 		 445 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.91 
 
 		 472 aa  153  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  31.54 
 
 		 434 aa  152  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  30.94 
 
 		 455 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 		 468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1170  putative cell cycle protein  33.48 
 
 		 462 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.791895 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.8 
 
 		 473 aa  146  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.45 
 
 		 476 aa  146  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.2 
 
 		 438 aa  146  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.22 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.28 
 
 		 440 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  30.22 
 
 		 492 aa  143  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.22 
 
 		 492 aa  143  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  28.85 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  30.29 
 
 		 484 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.71 
 
 		 489 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1629  PP family ATPase  32.07 
 
 		 476 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379742  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1136  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.85 
 
 		 444 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.807965  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  29.28 
 
 		 487 aa  140  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  42.86 
 
 		 442 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.11 
 
 		 494 aa  139  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.2 
 
 		 325 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.14 
 
 		 326 aa  137  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  34.55 
 
 		 489 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 		 489 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 		 489 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 		 489 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.73 
 
 		 442 aa  133  9e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.75 
 
 		 473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>