134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1478 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1478  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
137 aa  287  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0067  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  62.02 
 
 
131 aa  184  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1551  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  62.31 
 
 
147 aa  183  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4268  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  61.24 
 
 
131 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0081  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  61.24 
 
 
131 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  61.24 
 
 
131 aa  178  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  60.47 
 
 
131 aa  178  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1576  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  58.02 
 
 
134 aa  177  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.899394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  56.82 
 
 
134 aa  175  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  59.69 
 
 
131 aa  173  7e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  59.69 
 
 
131 aa  173  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0088  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  59.69 
 
 
131 aa  173  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0922  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  58.78 
 
 
134 aa  172  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000951  gfa-like protein  59.69 
 
 
131 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06993  hypothetical protein  61.24 
 
 
131 aa  171  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1706  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  56.92 
 
 
130 aa  170  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03248  hypothetical protein  61.72 
 
 
145 aa  166  9e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2168  hypothetical protein  61.21 
 
 
118 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.327259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0840  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  61.21 
 
 
118 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3597  hypothetical protein  53.03 
 
 
137 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0081  hypothetical protein  62.96 
 
 
109 aa  155  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  58.82 
 
 
145 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.857324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0648  hypothetical protein  56.41 
 
 
151 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1500  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  55.26 
 
 
136 aa  145  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.033811  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  52.46 
 
 
146 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2040  hypothetical protein  50.82 
 
 
144 aa  144  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288241  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1962  hypothetical protein  50.82 
 
 
135 aa  144  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.421765  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1425  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  56.14 
 
 
139 aa  143  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.324597  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2138  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50 
 
 
141 aa  141  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2117  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  50 
 
 
141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0449559  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1823  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  51.72 
 
 
149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  51.72 
 
 
149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304839 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1763  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  51.72 
 
 
149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0328446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1513  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  51.72 
 
 
149 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1760  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  51.72 
 
 
149 aa  135  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.119906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2003  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.12 
 
 
141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  44.72 
 
 
128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.066667  normal  0.902632 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1191  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.19 
 
 
123 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.928225  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4603  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.54 
 
 
123 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  44.66 
 
 
123 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.55 
 
 
123 aa  100  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.189147 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1218  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.82 
 
 
123 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.82 
 
 
123 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342973  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1669  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.82 
 
 
123 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1607  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.57 
 
 
123 aa  97.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363316  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1629  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  42.57 
 
 
123 aa  97.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0419  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.38 
 
 
132 aa  95.5  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.820444  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3356  hypothetical protein  38.52 
 
 
129 aa  90.9  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0217164  normal  0.0851639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1878  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  45.78 
 
 
98 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1442  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.17 
 
 
131 aa  83.6  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3804  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.34 
 
 
131 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3856  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.34 
 
 
131 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.850718  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1372  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.29 
 
 
133 aa  80.1  0.000000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636035  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5593  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35 
 
 
128 aa  76.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.876476  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5046  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.71 
 
 
124 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1419  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.03 
 
 
139 aa  74.7  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.903205  hitchhiker  0.000000225635 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.62 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.404123  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2663  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.62 
 
 
115 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692714  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5991  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.78 
 
 
115 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03740  hypothetical protein  35.4 
 
 
130 aa  71.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183645  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.46 
 
 
390 aa  71.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2716  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.62 
 
 
115 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4837  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.52 
 
 
124 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2692  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.76 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0248  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.76 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286799  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2588  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.51 
 
 
115 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3297  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.23 
 
 
122 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0635  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.9 
 
 
115 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379764  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0219  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.61 
 
 
134 aa  67  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.655327  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2699  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.97 
 
 
115 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176555  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.24 
 
 
115 aa  64.7  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107279  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4109  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.43 
 
 
115 aa  63.9  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.055952  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1238  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.83 
 
 
118 aa  63.5  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.117869 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4549  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.36 
 
 
118 aa  62.8  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357845  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3374  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.74 
 
 
122 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2957  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.05 
 
 
115 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.383141  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3500  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.58 
 
 
115 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108548 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2724  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.76 
 
 
134 aa  61.6  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3630  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.58 
 
 
115 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380567  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3305  hypothetical protein  28.32 
 
 
115 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0278022  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.57 
 
 
149 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0947549 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5355  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.19 
 
 
115 aa  59.3  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.922702  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2807  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.03 
 
 
116 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1412  hypothetical protein  32.14 
 
 
141 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.827617  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.46 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4074  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.41 
 
 
115 aa  58.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2417  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.82 
 
 
115 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43250  hypothetical protein  31.03 
 
 
115 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.708764 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2056  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.56 
 
 
116 aa  57  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.240914  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3235  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.11 
 
 
101 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.697265  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2821  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.48 
 
 
118 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.68 
 
 
136 aa  55.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5543  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.12 
 
 
117 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2158  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.73 
 
 
116 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0585647  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2193  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  23.94 
 
 
149 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2253  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.57 
 
 
117 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.233801  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0741  hypothetical protein  27.83 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4402  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.3 
 
 
119 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.302745  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9728  predicted protein  28.8 
 
 
130 aa  51.2  0.000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0753  hypothetical protein  26.96 
 
 
115 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>