More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1445 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1347  TonB-dependent receptor  72.03 
 
 
820 aa  1253    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.475888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1482  TonB-dependent receptor, putative  71.84 
 
 
815 aa  1236    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2690  TonB-dependent receptor, plug  70.7 
 
 
812 aa  1226    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.228232 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2930  TonB-dependent receptor plug  72.88 
 
 
810 aa  1265    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1342  TonB-dependent receptor plug  72.78 
 
 
820 aa  1259    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00424571  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3044  TonB-dependent receptor plug  70.3 
 
 
821 aa  1220    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000527887  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3242  TonB-dependent receptor  71.67 
 
 
811 aa  1240    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000414671  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1315  TonB-dependent receptor plug  70.54 
 
 
821 aa  1224    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000529097  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1445  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
825 aa  1698    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000476077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3803  TonB-dependent receptor, plug  49.76 
 
 
807 aa  791    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2768  TonB-dependent receptor  71.39 
 
 
823 aa  1229    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000855789  normal  0.291776 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2846  TonB-dependent receptor  71.39 
 
 
823 aa  1228    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000571125  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2440  TonB-dependent receptor, plug  77.33 
 
 
825 aa  1344    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000351973  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  72.54 
 
 
820 aa  1252    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1237  TonB-dependent receptor, plug  71.38 
 
 
814 aa  1228    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3375  TonB-dependent receptor plug  72.15 
 
 
824 aa  1236    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.31809  normal  0.581234 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  71.63 
 
 
823 aa  1234    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  24.8 
 
 
740 aa  178  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  25.81 
 
 
738 aa  178  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  24.85 
 
 
737 aa  177  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  25.17 
 
 
749 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  24.91 
 
 
748 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  24.91 
 
 
748 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  25.34 
 
 
742 aa  171  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  24.91 
 
 
742 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  23.61 
 
 
714 aa  162  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  23.75 
 
 
720 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  23.66 
 
 
720 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  23.68 
 
 
712 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 
795 aa  140  7e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  23.35 
 
 
701 aa  132  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  24.23 
 
 
810 aa  130  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 
715 aa  125  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  30.36 
 
 
724 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  30.36 
 
 
724 aa  124  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  30.27 
 
 
723 aa  124  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  23.48 
 
 
711 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  30.08 
 
 
720 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  30.08 
 
 
720 aa  122  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  34.62 
 
 
712 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.96 
 
 
713 aa  120  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  22.55 
 
 
720 aa  111  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  32.39 
 
 
711 aa  108  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3611  homoserine O-acetyltransferase  29.69 
 
 
699 aa  108  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000219924  decreased coverage  0.00028675 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3412  ferrichrome iron receptor  22.52 
 
 
691 aa  107  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000883951  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 
757 aa  107  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3560  TonB-dependent siderophore receptor  37.02 
 
 
710 aa  106  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4014  TonB-dependent siderophore receptor  21.57 
 
 
709 aa  104  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00017833  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  22.37 
 
 
697 aa  104  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1045  TonB-dependent siderophore receptor  24.37 
 
 
699 aa  104  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.616371  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  31.34 
 
 
710 aa  103  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  32.39 
 
 
770 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  31.19 
 
 
702 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3922  TonB-dependent siderophore receptor  21.45 
 
 
709 aa  103  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  0.0397715 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  31.19 
 
 
702 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  31.34 
 
 
710 aa  102  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0947  TonB-dependent siderophore receptor  32.71 
 
 
683 aa  102  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0779656  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  32.35 
 
 
710 aa  101  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  30.17 
 
 
776 aa  100  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 
722 aa  100  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  21.49 
 
 
740 aa  99.4  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6108  TonB-dependent siderophore receptor  32.42 
 
 
796 aa  98.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296471  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  29.15 
 
 
815 aa  98.6  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7042  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.92 
 
 
689 aa  98.2  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  29.13 
 
 
722 aa  97.8  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  28.37 
 
 
689 aa  97.8  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  32.65 
 
 
724 aa  97.4  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  21.88 
 
 
706 aa  97.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  30.62 
 
 
701 aa  97.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  28 
 
 
707 aa  97.4  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0946  TonB-dependent siderophore receptor  32.34 
 
 
706 aa  96.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  21.5 
 
 
706 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2514  TonB-dependent siderophore receptor  29.55 
 
 
726 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2410  TonB-dependent siderophore receptor  27.82 
 
 
837 aa  96.3  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.110935  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1381  TonB-dependent siderophore receptor  35.1 
 
 
742 aa  96.3  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00176773  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6494  TonB-dependent siderophore receptor  30.14 
 
 
701 aa  96.3  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0008  TonB-dependent siderophore receptor  29.14 
 
 
713 aa  96.3  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000108759 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1126  TonB-dependent siderophore receptor  31.22 
 
 
708 aa  96.3  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.984983  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2239  TonB-dependent receptor plug  28.33 
 
 
582 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.500104 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6729  TonB-dependent siderophore receptor  30.14 
 
 
701 aa  96.3  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684633  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1122  TonB-dependent siderophore receptor  28.15 
 
 
701 aa  95.5  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625422  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0917  TonB-dependent siderophore receptor  33.47 
 
 
696 aa  95.5  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.572242 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  29.56 
 
 
708 aa  95.9  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  29.76 
 
 
701 aa  95.9  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3064  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
719 aa  95.5  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.981244  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  27.31 
 
 
707 aa  95.1  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  32.66 
 
 
719 aa  95.5  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2076  TonB-dependent siderophore receptor  30.99 
 
 
743 aa  95.1  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1162  TonB-dependent siderophore receptor  33.65 
 
 
881 aa  94.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0418  TonB-dependent siderophore receptor  33.65 
 
 
921 aa  94.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0139  TonB-dependent siderophore receptor  33.65 
 
 
921 aa  94.7  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0354912  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1180  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
679 aa  94.4  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14569  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1509  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
882 aa  94.4  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.826442  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  28.92 
 
 
721 aa  94.7  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  29.19 
 
 
701 aa  94.4  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  29.19 
 
 
701 aa  94  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1422  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
881 aa  94  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  26.8 
 
 
850 aa  93.6  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0020  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 
881 aa  94  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.655193  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1527  TonB-dependent siderophore receptor  28.83 
 
 
714 aa  94  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.698269  normal  0.163231 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>