More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1413 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  100 
 
 
380 aa  768    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  49.85 
 
 
337 aa  292  6e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  48.48 
 
 
337 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  48.48 
 
 
337 aa  290  3e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  48.18 
 
 
337 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  49.84 
 
 
340 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  49.84 
 
 
337 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  49.84 
 
 
337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.84 
 
 
337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  49.51 
 
 
337 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  49.36 
 
 
347 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  49.49 
 
 
353 aa  272  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  44.63 
 
 
362 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  47.44 
 
 
338 aa  258  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  48.32 
 
 
331 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  40.98 
 
 
342 aa  229  6e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  39.67 
 
 
334 aa  192  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.29 
 
 
349 aa  179  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.31 
 
 
354 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  33.96 
 
 
361 aa  157  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  31.19 
 
 
352 aa  150  5e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  34.69 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  30.68 
 
 
352 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.76 
 
 
358 aa  119  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 
411 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  27.95 
 
 
364 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 
374 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.87 
 
 
356 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 
377 aa  96.3  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.83 
 
 
373 aa  94.4  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.98 
 
 
356 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  28.24 
 
 
333 aa  92.8  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 
359 aa  91.3  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.7 
 
 
360 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.7 
 
 
360 aa  91.3  3e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  25.76 
 
 
351 aa  90.9  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  27.27 
 
 
476 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  27.61 
 
 
379 aa  89.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  25.94 
 
 
389 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
433 aa  87.8  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 
381 aa  86.7  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 
405 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  27.65 
 
 
405 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 
405 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  25.81 
 
 
381 aa  86.3  9e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 
391 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 
374 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 
374 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 
393 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  27.72 
 
 
372 aa  84.3  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 
412 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 
412 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 
410 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 
412 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  26.51 
 
 
428 aa  84  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.69 
 
 
367 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 
374 aa  84  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.73 
 
 
388 aa  83.6  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  27.24 
 
 
351 aa  83.6  0.000000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.18 
 
 
360 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  23.18 
 
 
360 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  27.81 
 
 
405 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  24.36 
 
 
407 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  23.18 
 
 
360 aa  83.2  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  26.6 
 
 
449 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 
379 aa  82.4  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000306136  normal  0.19553 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 
405 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 
405 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  26.05 
 
 
418 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 
351 aa  81.6  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  24.6 
 
 
357 aa  81.6  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 
370 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 
416 aa  81.3  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  23.79 
 
 
360 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 
415 aa  80.5  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 
364 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  25.69 
 
 
415 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.91 
 
 
349 aa  80.1  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 
408 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  24.33 
 
 
387 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.87 
 
 
358 aa  79.7  0.00000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0031  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.61 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000323168  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  25.9 
 
 
380 aa  79.7  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 
376 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1356  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  25.38 
 
 
407 aa  79.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 
436 aa  79  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  24.32 
 
 
379 aa  79.3  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  26.89 
 
 
400 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.62 
 
 
377 aa  78.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  25.98 
 
 
386 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1701  secretion protein HlyD  26.21 
 
 
412 aa  78.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.17328  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  24.3 
 
 
451 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  24.93 
 
 
383 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.78 
 
 
1462 aa  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0380  secretion protein HlyD  26.16 
 
 
400 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 
417 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 
434 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  26.89 
 
 
381 aa  77.4  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  24.84 
 
 
361 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>