206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1396 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 
261 aa  530  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  70.88 
 
 
245 aa  340  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  61 
 
 
240 aa  322  3e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  59.85 
 
 
241 aa  306  2e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.29972e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  62.5 
 
 
254 aa  301  8e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.61839e-09  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  61.83 
 
 
250 aa  300  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  62.45 
 
 
249 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.11459e-10  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  62.45 
 
 
249 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.01827e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  62.45 
 
 
249 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.56054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  62.07 
 
 
249 aa  293  2e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.24758e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  62.31 
 
 
249 aa  293  3e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  6.16267e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  60.92 
 
 
250 aa  291  9e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.04047e-08  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  60.23 
 
 
242 aa  290  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.36736e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  61.3 
 
 
250 aa  288  5e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.67584e-06  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  61.3 
 
 
250 aa  288  5e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.82291e-09  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2729  tol-pal system protein YbgF  59.85 
 
 
243 aa  281  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.99161e-08  hitchhiker  2.35132e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  43.5 
 
 
263 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  41.7 
 
 
251 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  39.91 
 
 
254 aa  166  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.10917e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1900  hypothetical protein  42.97 
 
 
254 aa  164  1e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.311417  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  36.23 
 
 
269 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.55346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  36.23 
 
 
269 aa  159  4e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.06098e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  36.23 
 
 
269 aa  159  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  38.68 
 
 
258 aa  157  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.995e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  37.7 
 
 
269 aa  156  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  37.14 
 
 
258 aa  153  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.56344e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  35.87 
 
 
255 aa  149  5e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  40.28 
 
 
188 aa  147  1e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  41.55 
 
 
250 aa  147  2e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  34.26 
 
 
266 aa  146  4e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.95525e-10  decreased coverage  4.50337e-06 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  35.71 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  35.71 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  35.71 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  36.67 
 
 
262 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  36.67 
 
 
262 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.80184e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  33.58 
 
 
272 aa  145  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.43705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  35.71 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  35.71 
 
 
263 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  35.71 
 
 
263 aa  145  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  35.36 
 
 
263 aa  145  7e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  35.23 
 
 
263 aa  145  8e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  35.83 
 
 
262 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  35.83 
 
 
262 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.91126e-05  normal  0.439363 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  35.23 
 
 
263 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  35.71 
 
 
264 aa  140  2e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  35.83 
 
 
262 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  32.31 
 
 
265 aa  119  5e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  31.67 
 
 
322 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  32.13 
 
 
322 aa  106  3e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  32.59 
 
 
262 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  27.73 
 
 
257 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02682  Tetratricopeptide TPR_2  39.63 
 
 
176 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.13893e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  32.18 
 
 
272 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  31.68 
 
 
248 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  28.29 
 
 
258 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  32.18 
 
 
273 aa  99.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 
270 aa  99  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  27.27 
 
 
271 aa  97.1  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  27.64 
 
 
285 aa  96.7  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  26.89 
 
 
271 aa  94.4  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  28.74 
 
 
254 aa  93.6  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  28.78 
 
 
271 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  31.94 
 
 
274 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  31.48 
 
 
274 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  28.02 
 
 
243 aa  89.4  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  30.05 
 
 
268 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  30.05 
 
 
268 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  30.05 
 
 
268 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  27.55 
 
 
249 aa  85.9  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  28.81 
 
 
266 aa  85.1  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  36.21 
 
 
487 aa  84.3  2e-15  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  27.08 
 
 
268 aa  84  2e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  27.93 
 
 
249 aa  83.6  3e-15  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  24.62 
 
 
249 aa  82.8  5e-15  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  26.89 
 
 
279 aa  82.8  6e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  24.29 
 
 
278 aa  80.9  2e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  27.76 
 
 
236 aa  80.9  2e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2219  tetratricopeptide domain-containing protein  26.09 
 
 
252 aa  78.2  1e-13  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85463  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  25.23 
 
 
249 aa  78.2  1e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  24.77 
 
 
249 aa  77  2e-13  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  27.43 
 
 
248 aa  77.4  2e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  24.77 
 
 
249 aa  77  2e-13  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  24.77 
 
 
249 aa  77  2e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  25.71 
 
 
259 aa  76.6  3e-13  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  26.58 
 
 
301 aa  77  3e-13  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  31.36 
 
 
272 aa  76.3  5e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  31.2 
 
 
305 aa  76.3  5e-13  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  31.36 
 
 
272 aa  76.3  5e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  36.13 
 
 
239 aa  76.3  5e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 
265 aa  76.3  5e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
300 aa  76.3  5e-13  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  25.47 
 
 
276 aa  75.1  1e-12  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  26.24 
 
 
234 aa  73.9  2e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 
249 aa  73.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  26.24 
 
 
249 aa  73.9  2e-12  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  26.24 
 
 
249 aa  73.9  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  26.24 
 
 
249 aa  73.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  26.24 
 
 
249 aa  73.9  2e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  26.47 
 
 
269 aa  74.3  2e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.1862e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  26.24 
 
 
249 aa  73.9  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>