More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1365 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1365  ATP-binding region, ATPase-like protein  100 
 
 		 567 aa  1160    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1755  histidine kinase  40.83 
 
 		 577 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210115  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1797  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.92 
 
 		 530 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2342  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.29 
 
 		 544 aa  384  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2798  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.42 
 
 		 536 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1548  ATP-binding region, ATPase-like protein  37.99 
 
 		 509 aa  298  2e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.269339  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0373  sensor histidine kinase  26.42 
 
 		 500 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3157  histidine kinase  25.47 
 
 		 484 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4418  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 		 611 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.68 
 
 		 491 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 		 655 aa  108  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4395  histidine kinase  27.04 
 
 		 484 aa  108  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.448772  normal  0.535318 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2997  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.92 
 
 		 490 aa  108  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.45317 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  23.99 
 
 		 674 aa  107  6e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1033  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 		 581 aa  107  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.487661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4191  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 		 476 aa  107  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000558631  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.85 
 
 		 671 aa  106  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414779  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03680  nitrogen regulation protein ntrY  27.16 
 
 		 470 aa  106  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.177814  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  29.79 
 
 		 608 aa  105  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.67 
 
 		 608 aa  105  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  30.67 
 
 		 608 aa  105  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  29.79 
 
 		 608 aa  105  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  29.79 
 
 		 608 aa  105  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1733  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 594 aa  105  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.756975 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2584  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 		 654 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2693  histidine kinase  26.91 
 
 		 656 aa  104  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23882e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2632  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 		 510 aa  103  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0267  histidine kinase  23.94 
 
 		 517 aa  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0229879 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.91 
 
 		 656 aa  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.01 
 
 		 473 aa  103  8e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 		 630 aa  103  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.449456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0282  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 		 494 aa  102  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  24.8 
 
 		 661 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2603  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 		 570 aa  102  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4055  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.18 
 
 		 586 aa  102  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.424185  normal  0.174789 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3352  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.5 
 
 		 480 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3902  histidine kinase  27.21 
 
 		 468 aa  100  6e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000116044 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  30.22 
 
 		 608 aa  100  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4596  osmolarity sensor protein  26.55 
 
 		 430 aa  100  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.115572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0659  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 		 525 aa  100  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2240  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.92 
 
 		 672 aa  99.4  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  27.56 
 
 		 581 aa  100  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2085  ATP-binding region ATPase domain protein  24.1 
 
 		 510 aa  99  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.158999  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  23.38 
 
 		 487 aa  99  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 		 581 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.37 
 
 		 490 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0625173  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1395  histidine kinase  25.97 
 
 		 581 aa  98.2  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 525 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 		 540 aa  98.2  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.948735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0343  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.88 
 
 		 689 aa  97.8  4e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.135812 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  24.55 
 
 		 673 aa  98.2  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1985  histidine kinase  22.92 
 
 		 672 aa  97.8  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 		 526 aa  97.8  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1993  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.09 
 
 		 457 aa  97.8  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.61631  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.94 
 
 		 680 aa  97.8  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0733  histidine kinase  27.93 
 
 		 1347 aa  97.4  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 		 372 aa  97.1  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0701  Cache sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 		 655 aa  97.1  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.831837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1970  histidine kinase  24.31 
 
 		 502 aa  96.7  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 502 aa  96.7  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0302487  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1318  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 		 680 aa  96.3  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3269  sensor protein  25.53 
 
 		 619 aa  96.3  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0437  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.73 
 
 		 412 aa  96.3  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.148474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0554  histidine kinase  22.33 
 
 		 499 aa  95.5  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0750  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.5 
 
 		 390 aa  95.5  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3818  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 		 468 aa  95.9  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.634058  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1804  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.42 
 
 		 592 aa  95.1  3e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.38 
 
 		 628 aa  94.7  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.117845  decreased coverage  0.00612296 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4246  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 		 469 aa  94.7  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3074  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.37 
 
 		 378 aa  94.4  5e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3646  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.7 
 
 		 372 aa  94.4  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4258  histidine kinase  25.87 
 
 		 506 aa  94.4  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1846  histidine kinase  23.45 
 
 		 501 aa  94  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.390703 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  25.61 
 
 		 573 aa  94  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0962  sensor histidine kinase  26.39 
 
 		 655 aa  93.2  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1578  histidine kinase  28.51 
 
 		 829 aa  93.6  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 		 360 aa  93.2  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3342  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 		 581 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0336288  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.52 
 
 		 546 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0219  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 		 488 aa  92.8  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 		 582 aa  93.2  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.88 
 
 		 491 aa  93.2  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0039  histidine kinase  27.15 
 
 		 655 aa  92.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  23.94 
 
 		 516 aa  92.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 		 661 aa  92.4  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 		 492 aa  92.8  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.917004  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1841  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 		 832 aa  92.4  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.193006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3601  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 		 399 aa  92.4  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1436  histidine kinase  30.74 
 
 		 617 aa  92  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4402  histidine kinase  23.9 
 
 		 471 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.913757  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 		 829 aa  92.4  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3539  osmolarity sensor protein  27.53 
 
 		 438 aa  92  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.128591  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3392  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.89 
 
 		 662 aa  92  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000136214  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.64 
 
 		 471 aa  91.7  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6820  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.18 
 
 		 532 aa  91.7  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0877  histidine kinase  26.42 
 
 		 422 aa  91.7  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000773434  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1288  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.64 
 
 		 679 aa  91.3  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1992  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.6 
 
 		 372 aa  91.3  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0323  histidine kinase  24.24 
 
 		 490 aa  90.9  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.449634  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.88 
 
 		 604 aa  90.9  5e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529725 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>