More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1185 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  100 
 
 		 358 aa  734    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  79.35 
 
 		 359 aa  557  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  74.93 
 
 		 360 aa  560  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  72.75 
 
 		 364 aa  552  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  73.26 
 
 		 359 aa  541  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  72.07 
 
 		 358 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  74.78 
 
 		 359 aa  534  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  72.07 
 
 		 358 aa  531  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  72.81 
 
 		 357 aa  531  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  72.07 
 
 		 358 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  71.79 
 
 		 358 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  72.07 
 
 		 358 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  74.49 
 
 		 359 aa  533  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  74.49 
 
 		 359 aa  531  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  70.39 
 
 		 379 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  64.8 
 
 		 355 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  63.53 
 
 		 356 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  59.94 
 
 		 352 aa  415  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  59.09 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  58.61 
 
 		 352 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  58.22 
 
 		 351 aa  403  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  57.38 
 
 		 351 aa  401  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  57.38 
 
 		 351 aa  401  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  57.94 
 
 		 351 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  57.38 
 
 		 351 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  57.38 
 
 		 351 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  57.38 
 
 		 351 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  57.94 
 
 		 351 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  58.38 
 
 		 352 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  58.28 
 
 		 360 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  57.85 
 
 		 352 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  57.6 
 
 		 372 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  57.66 
 
 		 351 aa  397  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  57.7 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  56.36 
 
 		 356 aa  393  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  59.3 
 
 		 352 aa  392  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  59.3 
 
 		 352 aa  392  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  59.88 
 
 		 352 aa  394  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  56.6 
 
 		 349 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  56.38 
 
 		 350 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  60 
 
 		 353 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  55.75 
 
 		 352 aa  374  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  54.3 
 
 		 359 aa  363  2e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  52.82 
 
 		 355 aa  357  1.9999999999999998e-97  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  53.25 
 
 		 353 aa  355  5e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  52.52 
 
 		 355 aa  353  2e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  52.37 
 
 		 352 aa  352  7e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  52.66 
 
 		 354 aa  352  8e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 379 aa  348  9e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  51.76 
 
 		 353 aa  348  1e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  50.44 
 
 		 357 aa  346  3e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 408 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 383 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 361 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  49.85 
 
 		 357 aa  343  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  49.41 
 
 		 405 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  51.78 
 
 		 353 aa  342  7e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  57.72 
 
 		 304 aa  340  2e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  48.84 
 
 		 392 aa  340  2e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  49.42 
 
 		 362 aa  338  8e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  51.03 
 
 		 354 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  52.49 
 
 		 349 aa  335  7e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  49.86 
 
 		 358 aa  335  1e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 429 aa  334  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  50.15 
 
 		 354 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  50.15 
 
 		 354 aa  332  6e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  51.61 
 
 		 349 aa  332  6e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  50.15 
 
 		 354 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  48.42 
 
 		 357 aa  328  6e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  49.41 
 
 		 407 aa  328  8e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  48.55 
 
 		 369 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  50.15 
 
 		 364 aa  326  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  48.22 
 
 		 348 aa  326  4.0000000000000003e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  47.94 
 
 		 353 aa  322  6e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 404 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 400 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 400 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 404 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 406 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 400 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 403 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  45.64 
 
 		 352 aa  306  3e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  47.85 
 
 		 353 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  45.45 
 
 		 372 aa  289  4e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  47.12 
 
 		 365 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  42.9 
 
 		 359 aa  286  4e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  48.25 
 
 		 359 aa  285  8e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  47.51 
 
 		 363 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  44.23 
 
 		 363 aa  282  5.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  46.18 
 
 		 381 aa  280  3e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  46.07 
 
 		 354 aa  280  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  49.5 
 
 		 360 aa  279  7e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  46.9 
 
 		 373 aa  278  7e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  46.02 
 
 		 359 aa  278  9e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  47.7 
 
 		 371 aa  277  2e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  44.63 
 
 		 359 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>