More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1100 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  100 
 
 
307 aa  632  1e-180  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 
301 aa  351  8e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  52.61 
 
 
300 aa  348  7e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  51.8 
 
 
305 aa  330  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 
304 aa  330  2e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  51.14 
 
 
299 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  51.48 
 
 
305 aa  328  7e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 
310 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  51.96 
 
 
319 aa  323  2e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 
308 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  51.14 
 
 
323 aa  322  6e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  50.5 
 
 
308 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 
308 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 
309 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  50.83 
 
 
308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
309 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 
307 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  48.04 
 
 
311 aa  296  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 
311 aa  281  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.17 
 
 
307 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  45.87 
 
 
302 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  46.41 
 
 
320 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  49.36 
 
 
310 aa  278  6e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  46.75 
 
 
306 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  47.85 
 
 
304 aa  275  5e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 
306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 
299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  47.23 
 
 
302 aa  269  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 
309 aa  261  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  47.52 
 
 
304 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 
304 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 
307 aa  259  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
313 aa  255  5e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
324 aa  256  5e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  43.52 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 
302 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  42.19 
 
 
309 aa  248  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
296 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  44.12 
 
 
319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 
296 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 
323 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
307 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  42.24 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
354 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
304 aa  228  9e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 
301 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  42.3 
 
 
309 aa  226  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.15 
 
 
311 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
296 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  40.46 
 
 
327 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 
341 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
327 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
309 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
307 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
331 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
331 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
304 aa  212  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
305 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
310 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 
302 aa  211  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
303 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
310 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 
303 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
310 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  205  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 
211 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
310 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
325 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
325 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
303 aa  201  9e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
298 aa  189  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.04 
 
 
306 aa  185  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
300 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
298 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
296 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
307 aa  179  4e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
301 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  32.21 
 
 
306 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
305 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
303 aa  177  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
295 aa  176  4e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>