More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1071 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 258 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  52 
 
 		 262 aa  278  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  49.24 
 
 		 272 aa  263  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 251 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  29.61 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.43 
 
 		 243 aa  99.8  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  30.29 
 
 		 245 aa  97.1  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  26.09 
 
 		 298 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  25.33 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  27.31 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 		 269 aa  90.9  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.27 
 
 		 265 aa  89.7  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  25.2 
 
 		 255 aa  89  7e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  26.2 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  26.34 
 
 		 264 aa  87  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.13 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  26.74 
 
 		 261 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  26.03 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.69 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  26.09 
 
 		 251 aa  82.8  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  29.13 
 
 		 1301 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  25.71 
 
 		 264 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  25.71 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  23.36 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.05 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.05 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  26.05 
 
 		 264 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  22.95 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  22.95 
 
 		 247 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.05 
 
 		 264 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  26.1 
 
 		 252 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  28.82 
 
 		 274 aa  77  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  24.22 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  26.8 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  24.3 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  28.79 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.32 
 
 		 253 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 270 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.31 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.96 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  27.2 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.86 
 
 		 245 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 270 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  25.11 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 245 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.9 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  24.34 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  24.9 
 
 		 254 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 247 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  25.95 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 274 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 252 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  26.4 
 
 		 270 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  24.15 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  24.79 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  23.69 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 262 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  24.37 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.27 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.71 
 
 		 584 aa  63.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.93 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 937 aa  63.5  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  24.3 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3279  hypothetical protein  27.54 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0523895  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.39 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.11 
 
 		 244 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.4 
 
 		 259 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  25.94 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  26.16 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.85 
 
 		 1016 aa  60.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  25.47 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 934 aa  60.8  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  24.43 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  24.29 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  25.22 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  25.88 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.71 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1806  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  26.64 
 
 		 468 aa  59.3  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000163155  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  26.01 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  25 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.08 
 
 		 259 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>