141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1052 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  100 
 
 		 303 aa  619  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  60.34 
 
 		 274 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  59.91 
 
 		 274 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  59.91 
 
 		 274 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  59.91 
 
 		 274 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  52.69 
 
 		 272 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  53.1 
 
 		 272 aa  282  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  52.71 
 
 		 272 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  59.64 
 
 		 273 aa  278  6e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  56.62 
 
 		 270 aa  267  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  53.61 
 
 		 271 aa  257  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  50.45 
 
 		 250 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  50 
 
 		 259 aa  228  7e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  52.49 
 
 		 269 aa  219  6e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  46.96 
 
 		 260 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  39.63 
 
 		 259 aa  155  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  25.89 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  25 
 
 		 255 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  25.68 
 
 		 252 aa  88.6  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.6 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 270 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.97 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 262 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  26.15 
 
 		 262 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  25.35 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  25.65 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  24.24 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  24.79 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  24.89 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 241 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.02 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  25.23 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 269 aa  63.2  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.36 
 
 		 253 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.64 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  26.45 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  23.85 
 
 		 270 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.23 
 
 		 245 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.84 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  24.47 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 232 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  31.16 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  27.15 
 
 		 243 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  21.52 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 268 aa  55.8  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2540  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 265 aa  55.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  23.73 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  23.85 
 
 		 247 aa  54.7  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.56 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.6 
 
 		 675 aa  54.7  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  23.66 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 		 265 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  26.83 
 
 		 258 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  26.83 
 
 		 258 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 		 483 aa  53.1  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 265 aa  53.1  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 251 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 248 aa  52  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  26 
 
 		 251 aa  50.8  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.85 
 
 		 247 aa  51.6  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  25.71 
 
 		 274 aa  51.6  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  22.43 
 
 		 252 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  24.89 
 
 		 247 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  26.53 
 
 		 250 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 		 253 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.7 
 
 		 259 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 247 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  23.21 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  25 
 
 		 247 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  21.4 
 
 		 263 aa  50.1  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  22.43 
 
 		 265 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  23.15 
 
 		 255 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 255 aa  49.7  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 255 aa  49.3  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 238 aa  49.3  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  23.98 
 
 		 245 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  25.85 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  25.17 
 
 		 235 aa  48.5  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11480  hypothetical protein  19.47 
 
 		 248 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  19.52 
 
 		 312 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.32 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  25.17 
 
 		 243 aa  46.6  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  27.78 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  23.7 
 
 		 259 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  28.99 
 
 		 257 aa  46.2  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  22.43 
 
 		 257 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  21.4 
 
 		 255 aa  46.2  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 258 aa  46.2  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 247 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>