293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1008 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  100 
 
 
142 aa  286  6e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  81.43 
 
 
146 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  80.71 
 
 
146 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  80.71 
 
 
146 aa  230  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  82.52 
 
 
143 aa  229  7.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  84.62 
 
 
147 aa  228  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  74.29 
 
 
137 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  82.73 
 
 
142 aa  207  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1129  ribosome-binding factor A  86.05 
 
 
157 aa  203  7e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0360009  unclonable  0.00000000000396906 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3238  ribosome-binding factor A  86.05 
 
 
157 aa  203  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3279  ribosome-binding factor A  86.05 
 
 
157 aa  203  7e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470781  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2833  ribosome-binding factor A  81.62 
 
 
149 aa  202  9e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3416  ribosome-binding factor A  85.27 
 
 
157 aa  201  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.523215  hitchhiker  0.00061048 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3388  ribosome-binding factor A  76.92 
 
 
143 aa  196  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.990819  hitchhiker  0.00369045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3560  ribosome-binding factor A  73.72 
 
 
140 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000743312 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2826  ribosome-binding factor A  77.14 
 
 
140 aa  176  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.620262  hitchhiker  0.00369289 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  58.46 
 
 
131 aa  162  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  56.92 
 
 
137 aa  158  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  56.91 
 
 
126 aa  155  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  54.81 
 
 
136 aa  152  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  55.38 
 
 
136 aa  151  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 
136 aa  150  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 
136 aa  150  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  53.33 
 
 
136 aa  150  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  56.69 
 
 
135 aa  148  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  54.96 
 
 
132 aa  147  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  55.12 
 
 
132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  52.31 
 
 
133 aa  144  5e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  53.97 
 
 
132 aa  144  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  57.14 
 
 
133 aa  141  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  54.03 
 
 
133 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  54.03 
 
 
133 aa  140  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  54.03 
 
 
133 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  45.71 
 
 
142 aa  139  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  54.03 
 
 
133 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  54.03 
 
 
133 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  55.83 
 
 
133 aa  139  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1696  ribosome-binding factor A  47.86 
 
 
138 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  53.23 
 
 
133 aa  137  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  43.48 
 
 
138 aa  120  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  45.97 
 
 
129 aa  120  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  42.75 
 
 
138 aa  120  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  47.24 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  48.7 
 
 
131 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  47.73 
 
 
129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 
133 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  45.83 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  45 
 
 
128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  43.09 
 
 
129 aa  111  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  42.98 
 
 
129 aa  110  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  39.73 
 
 
143 aa  110  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  44 
 
 
126 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  37.23 
 
 
141 aa  104  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  41.8 
 
 
147 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  38.64 
 
 
130 aa  104  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  42.96 
 
 
127 aa  103  8e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  40.31 
 
 
128 aa  100  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  40.48 
 
 
129 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 
123 aa  97.8  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 
126 aa  97.4  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  42.61 
 
 
123 aa  97.1  8e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  44.14 
 
 
119 aa  96.7  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 
124 aa  96.3  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  37.59 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  42.59 
 
 
122 aa  92.8  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  43.97 
 
 
125 aa  92.8  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  39.67 
 
 
128 aa  92  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0630  ribosome-binding factor A  36.59 
 
 
134 aa  92.4  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 
116 aa  92  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 
140 aa  91.3  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
120 aa  90.9  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 
132 aa  90.1  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 
130 aa  87.4  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 
116 aa  87.4  5e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  39.29 
 
 
118 aa  87.4  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 
118 aa  86.7  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 
118 aa  86.7  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 
118 aa  86.7  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 
118 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  35.48 
 
 
127 aa  86.3  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  36.44 
 
 
118 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 
125 aa  86.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 
118 aa  85.1  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 
118 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  40.52 
 
 
134 aa  84.7  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  39.66 
 
 
134 aa  84.3  5e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  35.54 
 
 
118 aa  84  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 
118 aa  84  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  35.59 
 
 
118 aa  84  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>