More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0997 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0997  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 158 aa  315  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00368773  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0977  transcription elongation factor GreA  93.67 
 
 		 158 aa  302  9.000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1017  transcription elongation factor GreA  88.61 
 
 		 158 aa  290  5e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.250708  hitchhiker  0.00044331 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1013  transcription elongation factor GreA  88.61 
 
 		 158 aa  290  5e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.267207  normal  0.0365336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1078  transcription elongation factor GreA  88.61 
 
 		 158 aa  290  5e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.949733  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1191  transcription elongation factor GreA  88.61 
 
 		 158 aa  289  8e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3252  transcription elongation factor GreA  87.97 
 
 		 158 aa  289  9e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0358868  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3294  transcription elongation factor GreA  87.97 
 
 		 158 aa  289  9e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00887513  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3430  transcription elongation factor GreA  87.97 
 
 		 158 aa  289  9e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.910726  hitchhiker  0.000543609 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1115  transcription elongation factor GreA  87.97 
 
 		 158 aa  289  9e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.179374  hitchhiker  0.000000000961411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2847  transcription elongation factor GreA  87.97 
 
 		 158 aa  287  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000241028  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0951  GreA/GreB family elongation factor  84.18 
 
 		 158 aa  277  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000196364  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  81.65 
 
 		 158 aa  268  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  79.08 
 
 		 153 aa  257  5.0000000000000005e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3402  transcription elongation factor GreA  79.74 
 
 		 153 aa  251  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000615218 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3073  transcription elongation factor GreA  76.58 
 
 		 158 aa  251  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  72.15 
 
 		 158 aa  231  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  229  9e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  228  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  70.7 
 
 		 158 aa  226  8e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  225  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 159 aa  225  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  71.7 
 
 		 157 aa  222  1e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0480  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 		 158 aa  222  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000270875  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  223  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  69.62 
 
 		 158 aa  222  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  73.86 
 
 		 153 aa  221  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  69.18 
 
 		 159 aa  221  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  221  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  221  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  68.99 
 
 		 158 aa  221  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0589  transcription elongation factor GreA  71.52 
 
 		 157 aa  217  6e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00434692  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  69.81 
 
 		 157 aa  216  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  67.09 
 
 		 158 aa  215  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  69.62 
 
 		 158 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3619  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 		 158 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  69.62 
 
 		 158 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 		 158 aa  212  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0163  transcription elongation factor GreA  70.89 
 
 		 158 aa  209  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000328888  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  63.92 
 
 		 160 aa  204  3e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  63.92 
 
 		 160 aa  204  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 		 158 aa  204  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  63.92 
 
 		 158 aa  204  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  62.66 
 
 		 158 aa  205  3e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 159 aa  203  7e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  65.38 
 
 		 159 aa  202  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  61.78 
 
 		 158 aa  201  5e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  64.33 
 
 		 158 aa  200  7e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  62.42 
 
 		 158 aa  199  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  60.51 
 
 		 158 aa  198  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4190  transcription elongation factor GreA  65.19 
 
 		 158 aa  198  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.164972  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4722  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 		 160 aa  197  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293567 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4500  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 		 158 aa  197  5e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4723  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 		 160 aa  197  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  63.29 
 
 		 160 aa  197  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4588  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 		 160 aa  197  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0710  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 		 160 aa  197  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0264242 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0768  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 		 158 aa  196  9e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0478497  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  59.49 
 
 		 158 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  63.06 
 
 		 158 aa  195  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  63.06 
 
 		 158 aa  194  5.000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000426484  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 158 aa  192  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 		 158 aa  189  9e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 158 aa  189  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000315443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  59.24 
 
 		 158 aa  186  1e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 158 aa  184  6e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  58.71 
 
 		 173 aa  183  7e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 158 aa  183  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 159 aa  183  9e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  56.49 
 
 		 158 aa  182  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 176 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  55.77 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  58.23 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  56.21 
 
 		 154 aa  177  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  57.59 
 
 		 158 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>