More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0988 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  100 
 
 		 370 aa  764    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  67.35 
 
 		 337 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  62.16 
 
 		 374 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  61.89 
 
 		 374 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  64.52 
 
 		 347 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  61.62 
 
 		 374 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  64.99 
 
 		 348 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  64.99 
 
 		 348 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  64.99 
 
 		 348 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  64.99 
 
 		 348 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  65.29 
 
 		 341 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  64.29 
 
 		 347 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  63.53 
 
 		 338 aa  443  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  64.41 
 
 		 338 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  64.86 
 
 		 338 aa  436  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  61.18 
 
 		 338 aa  424  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  53.01 
 
 		 334 aa  358  6e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  51.5 
 
 		 379 aa  352  5e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  51.86 
 
 		 367 aa  350  2e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  50.92 
 
 		 359 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  50.92 
 
 		 331 aa  334  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  50.92 
 
 		 345 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  51.39 
 
 		 345 aa  328  1.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  50 
 
 		 343 aa  323  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  49.4 
 
 		 350 aa  322  5e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  48.45 
 
 		 341 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  50.6 
 
 		 343 aa  320  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  45.92 
 
 		 349 aa  305  1.0000000000000001e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  45.62 
 
 		 350 aa  291  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.65 
 
 		 349 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  46.41 
 
 		 344 aa  288  1e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  43.9 
 
 		 355 aa  281  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  46.25 
 
 		 337 aa  278  8e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  42.64 
 
 		 349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.03 
 
 		 353 aa  267  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.24 
 
 		 348 aa  263  4e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.56 
 
 		 343 aa  263  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  41.72 
 
 		 343 aa  259  7e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.33 
 
 		 348 aa  259  8e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  40.56 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.35 
 
 		 350 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  43.17 
 
 		 349 aa  253  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.35 
 
 		 350 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.05 
 
 		 350 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  39.05 
 
 		 337 aa  252  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.35 
 
 		 350 aa  253  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  39.35 
 
 		 350 aa  252  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  42.33 
 
 		 342 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  37.18 
 
 		 351 aa  248  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  37.18 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  37.18 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  37.18 
 
 		 351 aa  247  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  37.18 
 
 		 351 aa  247  3e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  37.18 
 
 		 351 aa  247  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  37.18 
 
 		 351 aa  247  3e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  37.18 
 
 		 351 aa  246  4e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  36.89 
 
 		 351 aa  246  6.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  42 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  37.31 
 
 		 349 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  38.24 
 
 		 341 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  36.73 
 
 		 361 aa  236  4e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  36.47 
 
 		 351 aa  236  5.0000000000000005e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  40.5 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  39.55 
 
 		 335 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  41.28 
 
 		 348 aa  229  6e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  35.98 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  35.84 
 
 		 338 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  35.91 
 
 		 332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  39.54 
 
 		 382 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  35.6 
 
 		 332 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  39.07 
 
 		 345 aa  216  7e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  39.01 
 
 		 391 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  38.28 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  40.6 
 
 		 382 aa  213  5.999999999999999e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  37.14 
 
 		 344 aa  207  3e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  36.54 
 
 		 329 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  36.09 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  36.74 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  35.55 
 
 		 321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  32.82 
 
 		 352 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 		 327 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  38.68 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  33.13 
 
 		 354 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  38.72 
 
 		 331 aa  192  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0899  ApbE family protein  34.68 
 
 		 365 aa  192  9e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.624097  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  36.88 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  38.36 
 
 		 326 aa  187  2e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  38.06 
 
 		 341 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  34.62 
 
 		 327 aa  186  7e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  35.24 
 
 		 327 aa  180  4e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  35.31 
 
 		 305 aa  180  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  37.07 
 
 		 340 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  31.27 
 
 		 343 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  34.35 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  34.6 
 
 		 327 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.224372 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  32.84 
 
 		 347 aa  172  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  34.01 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  32.45 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  31.29 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  30.75 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>