More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0944 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  52.11 
 
 		 1075 aa  1100    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  53.31 
 
 		 1089 aa  1124    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  100 
 
 		 1131 aa  2310    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  53.31 
 
 		 1089 aa  1129    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  57.7 
 
 		 1092 aa  1092    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  51.79 
 
 		 1075 aa  1089    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  48.92 
 
 		 1124 aa  1003    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  52.34 
 
 		 1063 aa  1108    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  51.88 
 
 		 1075 aa  1098    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  50.81 
 
 		 1102 aa  1067    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  58.16 
 
 		 1080 aa  1105    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  46.2 
 
 		 1074 aa  903    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  37.17 
 
 		 1092 aa  665    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  58.54 
 
 		 1067 aa  1088    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4287  HEAT repeat-domain-containing protein-like protein  29.27 
 
 		 1194 aa  133  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  28.8 
 
 		 1399 aa  127  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  29.36 
 
 		 1334 aa  120  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4807  serine/threonine protein kinase  25.05 
 
 		 1078 aa  116  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.551353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.46 
 
 		 1240 aa  108  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0372  serine/threonine protein kinase  26.01 
 
 		 1032 aa  107  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.904942 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  26.81 
 
 		 1157 aa  107  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5405  hypothetical protein  24.85 
 
 		 1073 aa  105  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2167  serine/threonine protein kinase  30.11 
 
 		 973 aa  103  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.037734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  24.26 
 
 		 1236 aa  103  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.79 
 
 		 1823 aa  102  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0794  tetratricopeptide TPR_4  24.86 
 
 		 539 aa  101  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1191  serine/threonine protein kinase  26.12 
 
 		 969 aa  100  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0571  serine/threonine protein kinase  25.91 
 
 		 965 aa  99.8  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.616948 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1092  serine/threonine protein kinase  26.12 
 
 		 969 aa  99.8  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1225  serine/threonine protein kinase  26.5 
 
 		 897 aa  99  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  0.0133766 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0276  WD-40 repeat-containing protein  26.46 
 
 		 994 aa  97.4  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.59 
 
 		 1599 aa  96.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3444  WD-40 repeat protein  25.14 
 
 		 1308 aa  95.5  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.777666  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1272  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.69 
 
 		 1190 aa  94.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000159501 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2751  WD-40 repeat-containing protein  26.77 
 
 		 1355 aa  94  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  22.5 
 
 		 902 aa  90.9  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5302  serine/threonine protein kinase  26.78 
 
 		 972 aa  90.9  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2638  hypothetical protein  24.91 
 
 		 681 aa  90.1  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.55896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  33.64 
 
 		 1357 aa  89.4  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03461  transcriptional regulator  36.91 
 
 		 205 aa  88.2  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3123  hypothetical protein  27.6 
 
 		 1392 aa  87.8  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.9 
 
 		 1598 aa  87.4  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1024  hypothetical protein  22.83 
 
 		 1026 aa  85.1  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000341432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2424  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.75 
 
 		 986 aa  82.4  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.918325  normal  0.204979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  36.73 
 
 		 412 aa  82.4  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0573  transcriptional activator domain-containing protein  26.26 
 
 		 1699 aa  82  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.836093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.22 
 
 		 1686 aa  82  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.05 
 
 		 1609 aa  81.6  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1510 aa  80.9  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2911  transcriptional regulator, SARP family  26.59 
 
 		 885 aa  80.5  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00504446  hitchhiker  0.0000384659 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.7 
 
 		 1623 aa  78.2  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  25.17 
 
 		 1553 aa  78.2  0.0000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7085  WD-40 repeat-containing protein  26.06 
 
 		 1265 aa  76.6  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2525  serine/threonine protein kinase  27.36 
 
 		 947 aa  76.6  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0438712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2232  serine/threonine protein kinase  27.88 
 
 		 1085 aa  76.3  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4184  hypothetical protein  24.83 
 
 		 1657 aa  75.9  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  28.03 
 
 		 1344 aa  75.9  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.43 
 
 		 1481 aa  75.5  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  37 
 
 		 717 aa  75.1  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3798  WD40 repeat, subgroup  26.91 
 
 		 1301 aa  73.6  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6182  serine/threonine protein kinase  27.23 
 
 		 1314 aa  72.8  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  28.99 
 
 		 928 aa  72.8  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  39.13 
 
 		 691 aa  72.8  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  29.29 
 
 		 1607 aa  72.4  0.00000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  26.03 
 
 		 1152 aa  72  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  26.21 
 
 		 1733 aa  71.2  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.19 
 
 		 1711 aa  70.1  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  33.33 
 
 		 382 aa  70.5  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2159  serine/threonine protein kinase  26.05 
 
 		 1353 aa  69.7  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6551  serine/threonine protein kinase  25.94 
 
 		 1013 aa  69.3  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.285307 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.07 
 
 		 1760 aa  69.7  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  34 
 
 		 756 aa  69.7  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  34.86 
 
 		 693 aa  69.3  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  27.2 
 
 		 409 aa  68.6  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1422  serine/threonine protein kinase  25.22 
 
 		 1046 aa  68.2  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  23.58 
 
 		 1401 aa  68.2  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  31.73 
 
 		 512 aa  67  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  31.73 
 
 		 512 aa  67  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.73 
 
 		 512 aa  67  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.73 
 
 		 512 aa  67  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  31.73 
 
 		 512 aa  67  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.73 
 
 		 512 aa  67  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.73 
 
 		 512 aa  67  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.23 
 
 		 413 aa  67.4  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  27.23 
 
 		 413 aa  67.4  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  27.23 
 
 		 413 aa  67.4  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.24 
 
 		 1267 aa  65.9  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2526  hypothetical protein  26.1 
 
 		 732 aa  65.9  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0463083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3004  TPR repeat-containing protein  22.98 
 
 		 1082 aa  65.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.77 
 
 		 512 aa  65.5  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  47.76 
 
 		 1684 aa  65.5  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  30 
 
 		 961 aa  65.1  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  31 
 
 		 678 aa  65.1  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  40 
 
 		 520 aa  64.3  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  27.17 
 
 		 977 aa  64.3  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  34.34 
 
 		 580 aa  63.5  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.49 
 
 		 1547 aa  63.5  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5262  hypothetical protein  22.53 
 
 		 1432 aa  62.8  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.435656  hitchhiker  0.00193947 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2215  serine/threonine protein kinase  40.79 
 
 		 1152 aa  62.8  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.62111 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  29.59 
 
 		 425 aa  62  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>