More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0901 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 735 aa  1530    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  39.19 
 
 		 670 aa  503  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  37.9 
 
 		 708 aa  489  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  38.02 
 
 		 725 aa  456  1e-127  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  36.61 
 
 		 781 aa  458  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  35.81 
 
 		 687 aa  425  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 702 aa  418  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 		 684 aa  409  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  29.97 
 
 		 711 aa  279  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 705 aa  253  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 702 aa  224  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 705 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 757 aa  184  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  22.28 
 
 		 779 aa  149  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 700 aa  118  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  22.52 
 
 		 730 aa  103  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  21.9 
 
 		 728 aa  102  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  22.89 
 
 		 757 aa  102  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  21.71 
 
 		 706 aa  99.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  21.71 
 
 		 721 aa  99.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  21.71 
 
 		 706 aa  98.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  21.56 
 
 		 706 aa  97.8  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  21.56 
 
 		 706 aa  97.4  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 		 700 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 828 aa  95.1  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.05 
 
 		 700 aa  94.7  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  21.9 
 
 		 700 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  21.61 
 
 		 700 aa  93.6  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 678 aa  93.6  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  21.61 
 
 		 700 aa  93.2  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  21.61 
 
 		 700 aa  93.6  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2929  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.39 
 
 		 755 aa  93.2  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.56728  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  21.9 
 
 		 700 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 670 aa  92  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  21.76 
 
 		 700 aa  90.9  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  21.76 
 
 		 700 aa  90.9  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  20.6 
 
 		 692 aa  88.6  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 705 aa  88.2  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3657  TonB-dependent receptor  22.12 
 
 		 735 aa  87.4  9e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.558128  normal  0.251953 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  21.16 
 
 		 715 aa  87  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 		 688 aa  87  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 700 aa  86.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 675 aa  85.1  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 706 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  21.77 
 
 		 703 aa  83.2  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  21.31 
 
 		 726 aa  82.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.17 
 
 		 710 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  21.87 
 
 		 836 aa  80.1  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 698 aa  79.3  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  23.21 
 
 		 762 aa  79.7  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  21.97 
 
 		 681 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3002  TonB-dependent siderophore receptor  22.45 
 
 		 717 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527618 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  21.82 
 
 		 815 aa  78.6  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  24.6 
 
 		 728 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  22.64 
 
 		 713 aa  77.8  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  21.48 
 
 		 698 aa  77.8  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  24.4 
 
 		 708 aa  77.4  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  22.46 
 
 		 728 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 731 aa  77  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  21.78 
 
 		 705 aa  75.1  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  24.21 
 
 		 742 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  21.3 
 
 		 739 aa  75.1  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  20.33 
 
 		 705 aa  75.1  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  23.29 
 
 		 723 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  33.09 
 
 		 628 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  22.17 
 
 		 620 aa  73.2  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  21.82 
 
 		 709 aa  73.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  24.01 
 
 		 704 aa  72.8  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  22.06 
 
 		 717 aa  72  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  20.82 
 
 		 696 aa  71.6  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 694 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 687 aa  71.6  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  23.38 
 
 		 746 aa  70.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  30.66 
 
 		 758 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  22.89 
 
 		 845 aa  68.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  26.45 
 
 		 730 aa  69.3  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  28.29 
 
 		 706 aa  68.6  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 627 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  32.85 
 
 		 682 aa  67  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 718 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 681 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  21.85 
 
 		 611 aa  66.2  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 720 aa  66.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 764 aa  65.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  21.71 
 
 		 697 aa  66.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.79 
 
 		 630 aa  65.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.79 
 
 		 630 aa  65.9  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  21.27 
 
 		 680 aa  65.9  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  23.26 
 
 		 792 aa  65.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0492  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 762 aa  65.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  20.06 
 
 		 640 aa  65.1  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.63 
 
 		 614 aa  65.5  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3573  TonB-dependent receptor plug  29.93 
 
 		 758 aa  65.1  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.63 
 
 		 614 aa  65.1  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  27.91 
 
 		 628 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.63 
 
 		 614 aa  64.7  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2077  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 		 742 aa  65.1  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  22.36 
 
 		 712 aa  65.1  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 651 aa  64.7  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  28.89 
 
 		 697 aa  64.3  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>