More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0800 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0800  response regulator receiver  100 
 
 		 224 aa  453  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.271408  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0238  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  76.68 
 
 		 224 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0354  putative two-component response regulator  68.33 
 
 		 228 aa  308  5.9999999999999995e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2714  DNA-binding response regulator  58.9 
 
 		 228 aa  266  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.462686  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00385  transcriptional regulator  53.4 
 
 		 214 aa  231  7.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.55 
 
 		 226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.48 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3752  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000783534  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  38.39 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  40.45 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 226 aa  158  5e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.55 
 
 		 224 aa  158  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.55 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.95 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1231  DNA-binding response regulator  43.05 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0366189  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0776  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0107208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2454  transcriptional regulator domain protein  39.91 
 
 		 224 aa  154  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.02572  normal  0.811367 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  40 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 221 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  40.18 
 
 		 219 aa  153  2e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  41.38 
 
 		 226 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 220 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.01 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  41.78 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 218 aa  152  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  36.49 
 
 		 220 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.01 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 227 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 227 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.99 
 
 		 225 aa  151  8.999999999999999e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 226 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 635 aa  150  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.99 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 223 aa  151  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3720  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.04 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0422  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.54 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  40.59 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  41.33 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  38.64 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.45 
 
 		 226 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.22 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.65 
 
 		 220 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 283 aa  149  4e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  39.09 
 
 		 223 aa  149  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 223 aa  148  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.33 
 
 		 225 aa  148  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 		 226 aa  148  6e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 220 aa  148  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  40.97 
 
 		 225 aa  148  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 		 231 aa  148  8e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 248 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 248 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 248 aa  148  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 219 aa  147  9e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  39.09 
 
 		 219 aa  147  9e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1620  two component transcriptional regulator  39.73 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000174219  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  36.49 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  40.45 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  38.36 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  37.22 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.67 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 635 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0310  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1792  DNA-binding response regulator  35.16 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0238902  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  35.87 
 
 		 219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.19 
 
 		 231 aa  146  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0535  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.660155  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1236  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.532106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 238 aa  145  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  36.82 
 
 		 272 aa  146  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6108  two component response regulator  37.1 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655098  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  35.16 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  40 
 
 		 226 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4259  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648982  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  36.53 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  40.53 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.78 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1490  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.29 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3169  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 266 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.121131 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  39.27 
 
 		 220 aa  145  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  36.99 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>