More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0783 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  100 
 
 
303 aa  627  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 
303 aa  479  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 
303 aa  476  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  65.55 
 
 
302 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  55.12 
 
 
304 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  51.67 
 
 
301 aa  310  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 
306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 
293 aa  246  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 
299 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.2 
 
 
305 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  40.26 
 
 
300 aa  240  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 
335 aa  238  5.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  43.09 
 
 
305 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
313 aa  232  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  42.48 
 
 
307 aa  232  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 
300 aa  232  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  41.14 
 
 
297 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
298 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
322 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  42.11 
 
 
302 aa  231  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.67 
 
 
299 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
301 aa  229  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 
301 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
299 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.96 
 
 
302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
322 aa  225  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
305 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
299 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.89 
 
 
293 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.72 
 
 
309 aa  223  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
301 aa  223  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
294 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
297 aa  222  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
313 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
297 aa  222  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
299 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  40 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 
291 aa  221  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  41.67 
 
 
299 aa  219  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
299 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
299 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
304 aa  219  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
300 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 
304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
294 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
299 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
299 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
299 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
299 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  40.67 
 
 
297 aa  219  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 
301 aa  219  6e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
301 aa  218  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 
298 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
297 aa  218  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  39.94 
 
 
306 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
298 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
306 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
298 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  39.6 
 
 
299 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
301 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
302 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
296 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 
305 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 
320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  39.65 
 
 
298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
301 aa  212  7e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
294 aa  211  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
296 aa  211  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 
306 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
310 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
312 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 
312 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 
305 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
309 aa  210  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
305 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
301 aa  209  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
328 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
305 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
294 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
294 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
310 aa  208  7e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
301 aa  208  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
297 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
299 aa  208  9e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
302 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
305 aa  207  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>