78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0667 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  100 
 
 
211 aa  426  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1959  hypothetical protein  46.88 
 
 
199 aa  162  2e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000996139  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  30.73 
 
 
201 aa  98.2  8e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  31.46 
 
 
204 aa  97.1  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  32.32 
 
 
200 aa  73.2  2e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3508  resolvase, RNase H-like fold  31.21 
 
 
217 aa  67  2e-10  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  30.29 
 
 
195 aa  66.6  2e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  26.03 
 
 
197 aa  66.2  3e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.2506e-07 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  25 
 
 
196 aa  66.6  3e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  25.13 
 
 
188 aa  64.3  1e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  24.74 
 
 
199 aa  64.3  1e-09  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  26.11 
 
 
203 aa  63.9  2e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0231  hypothetical protein  28.47 
 
 
241 aa  61.6  7e-09  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1747  hypothetical protein  28.97 
 
 
185 aa  61.2  1e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00777543  decreased coverage  3.70009e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  23.96 
 
 
192 aa  60.5  2e-08  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  26.18 
 
 
201 aa  60.8  2e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  27.86 
 
 
197 aa  60.1  2e-08  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  25.17 
 
 
205 aa  59.7  3e-08  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  24.66 
 
 
196 aa  58.5  7e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1684  protein of unknown function DUF330  28.04 
 
 
186 aa  57.8  1e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0230  hypothetical protein  27.2 
 
 
241 aa  56.6  2e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0367  hypothetical protein  27.59 
 
 
182 aa  55.8  4e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4854  hypothetical protein  27.59 
 
 
182 aa  55.8  4e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000642046 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  27.08 
 
 
209 aa  53.9  2e-06  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0327  protein of unknown function DUF330  26.89 
 
 
204 aa  52.4  5e-06  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1703  hypothetical protein  29.66 
 
 
197 aa  52  6e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  29.38 
 
 
195 aa  52  6e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0504  hypothetical protein  27.41 
 
 
237 aa  52  7e-06  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0320775  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4703  hypothetical protein  27.84 
 
 
236 aa  51.6  9e-06  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.775889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4964  hypothetical protein  27.84 
 
 
214 aa  50.4  2e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340246  normal  0.72478 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  25.53 
 
 
225 aa  50.4  2e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0555  hypothetical protein  26.89 
 
 
232 aa  50.4  2e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4959  lipoprotein, putative  26.89 
 
 
231 aa  49.7  3e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  23.66 
 
 
198 aa  49.7  3e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1991  putative lipoprotein  27.03 
 
 
192 aa  48.9  5e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2548  putative lipoprotein  27.03 
 
 
192 aa  48.9  5e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00417943  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2637  hypothetical protein  27.03 
 
 
192 aa  48.9  5e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.2573  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  28.08 
 
 
208 aa  48.9  6e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  26.21 
 
 
207 aa  48.5  8e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  27.81 
 
 
238 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  27.81 
 
 
239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4787  hypothetical protein  26.7 
 
 
251 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00573127  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  26.83 
 
 
207 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02657  hypothetical protein  30.11 
 
 
202 aa  46.6  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  29.63 
 
 
256 aa  46.6  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  29.63 
 
 
252 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  29.63 
 
 
256 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  29.63 
 
 
239 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  29.63 
 
 
256 aa  46.6  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  29.63 
 
 
252 aa  46.2  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4911  hypothetical protein  26.7 
 
 
251 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  29.63 
 
 
252 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65590  hypothetical protein  25.62 
 
 
236 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  25 
 
 
253 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2931  hypothetical protein  25.19 
 
 
198 aa  45.4  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43450  hypothetical protein  24.73 
 
 
242 aa  45.1  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140988  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  27.89 
 
 
250 aa  45.1  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1128  putative lipoprotein  25.15 
 
 
187 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000973487  normal  0.73613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1174  hypothetical protein  25.15 
 
 
187 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00770681  normal  0.496959 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1023  putative lipoprotein  25.15 
 
 
187 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.48477e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  27.81 
 
 
238 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1106  putative lipoprotein  25.15 
 
 
187 aa  44.3  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal  0.0111053 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1795  hypothetical protein  29.17 
 
 
188 aa  44.3  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5692  hypothetical protein  25 
 
 
236 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  27.53 
 
 
212 aa  43.5  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  25.84 
 
 
240 aa  42.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5258  hypothetical protein  25 
 
 
194 aa  42.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960126  normal  0.0530177 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2365  putative lipoprotein  26.19 
 
 
187 aa  42.4  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0264734  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  26.49 
 
 
240 aa  42.4  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1140  putative lipoprotein  24.54 
 
 
187 aa  42.4  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000741069  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  26.85 
 
 
242 aa  42.4  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1116  putative lipoprotein  23.94 
 
 
187 aa  41.6  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  4.2581e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1061  hypothetical protein  23.94 
 
 
187 aa  41.6  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.40203e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2691  protein of unknown function DUF330  23.94 
 
 
187 aa  41.6  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.27636e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2644  hypothetical protein  23.94 
 
 
187 aa  41.6  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.51515e-06  hitchhiker  2.97897e-06 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1067  hypothetical protein  23.94 
 
 
187 aa  41.6  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.85697e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00956  hypothetical protein  24.46 
 
 
182 aa  41.6  0.01  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  2.76204e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00963  hypothetical protein  24.46 
 
 
182 aa  41.6  0.01  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  4.61465e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>