More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0609 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  50.35 
 
 
712 aa  705  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  82.84 
 
 
711 aa  1233  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  46.87 
 
 
703 aa  655  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  45.65 
 
 
688 aa  639  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 
710 aa  1460  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  46.91 
 
 
731 aa  630  1e-179  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  43.7 
 
 
690 aa  582  1e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  41.31 
 
 
713 aa  550  1e-155  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  41.82 
 
 
704 aa  548  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  39.91 
 
 
675 aa  503  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  38.59 
 
 
696 aa  472  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  32.63 
 
 
687 aa  315  2e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  28.82 
 
 
774 aa  286  7e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  28.82 
 
 
774 aa  286  7e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  28.82 
 
 
774 aa  286  7e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 
774 aa  285  2e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  28.67 
 
 
774 aa  284  4e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  30.52 
 
 
784 aa  278  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  29.64 
 
 
777 aa  277  4e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  29.93 
 
 
708 aa  277  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  29.31 
 
 
774 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  30.52 
 
 
784 aa  276  1e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  28.89 
 
 
731 aa  274  4e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  29.8 
 
 
782 aa  273  7e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  29.86 
 
 
774 aa  271  3e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  28.81 
 
 
782 aa  271  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  29.53 
 
 
717 aa  270  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  29.54 
 
 
721 aa  267  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 
721 aa  266  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  29.91 
 
 
723 aa  264  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  30.63 
 
 
693 aa  261  4e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  29.66 
 
 
720 aa  255  2e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  29.09 
 
 
784 aa  250  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  28.69 
 
 
809 aa  246  9e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  28.55 
 
 
809 aa  245  2e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  28.23 
 
 
809 aa  244  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  28.37 
 
 
809 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  28.37 
 
 
807 aa  230  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 
782 aa  195  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  27.41 
 
 
705 aa  159  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 
751 aa  147  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  9.9878e-07 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
730 aa  144  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 
729 aa  132  1e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  5.08975e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3128  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.38 
 
 
695 aa  130  1e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  25.75 
 
 
737 aa  129  2e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.88689e-05  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0312  iron(III) dicitrate transport protein, outer membrane receptor  23.8 
 
 
807 aa  127  9e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.670307  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
700 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  29.59 
 
 
518 aa  125  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.36965e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1357  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.83 
 
 
696 aa  124  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0456407  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0899  bifunctional enterobactin receptor/adhesin protein  24.69 
 
 
696 aa  123  1e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 
727 aa  122  2e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0445  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 
734 aa  122  2e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000342866  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3276  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 
698 aa  121  4e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0938  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 
698 aa  121  4e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00410623  normal  0.440689 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3409  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 
698 aa  121  4e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 
727 aa  121  5e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  23 
 
 
736 aa  119  2e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1760  TonB-dependent heme receptor  22.76 
 
 
664 aa  116  2e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  22.37 
 
 
813 aa  115  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 
738 aa  114  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  23.97 
 
 
666 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  23.24 
 
 
666 aa  112  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  23.97 
 
 
666 aa  111  4e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  23.97 
 
 
666 aa  111  4e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  23.83 
 
 
666 aa  111  4e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.97059e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  22.4 
 
 
821 aa  108  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4665  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 
739 aa  105  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
747 aa  105  3e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2678  enterobactin receptor protein  24.28 
 
 
653 aa  105  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 
688 aa  103  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  22.51 
 
 
656 aa  99.8  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  23.32 
 
 
663 aa  98.2  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  22.44 
 
 
663 aa  96.3  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2439  TonB-dependent siderophore receptor  23.95 
 
 
860 aa  95.5  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  2.75089e-07 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  23.4 
 
 
708 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 
652 aa  94.4  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0471  TonB-dependent receptor, putative, degenerate  24.01 
 
 
704 aa  94  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  22.13 
 
 
806 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  22.37 
 
 
634 aa  92  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  21.78 
 
 
664 aa  92.4  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08506  outer membrane receptor protein  22.47 
 
 
846 aa  91.7  5e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 
698 aa  91.3  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 
675 aa  90.9  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 
656 aa  90.1  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  23.75 
 
 
808 aa  89  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6744  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 
731 aa  89  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.468719 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4310  TonB-dependent receptor plug  35.03 
 
 
737 aa  88.2  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4255  TonB-dependent receptor plug  35.03 
 
 
749 aa  88.2  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  22.64 
 
 
701 aa  88.2  5e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  6.23394e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0089  TonB-dependent receptor, plug  35.03 
 
 
707 aa  88.2  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4450  TonB-dependent receptor plug  35.03 
 
 
767 aa  87.8  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  22.42 
 
 
659 aa  87.4  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3867  TonB-dependent receptor, plug  32.56 
 
 
729 aa  87.4  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3960  TonB-dependent receptor, plug  32.56 
 
 
741 aa  87  1e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  23.53 
 
 
620 aa  86.7  1e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 
665 aa  86.3  2e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3585  ferrichrome receptor precursor protein  23.96 
 
 
718 aa  85.5  3e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.885271  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 
709 aa  85.1  4e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.69 
 
 
718 aa  85.1  4e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4624  TonB-dependent siderophore receptor  21.56 
 
 
797 aa  84.7  6e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185618  decreased coverage  1.23032e-08 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>