161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0578 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  100 
 
 		 126 aa  258  3e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  51.24 
 
 		 130 aa  135  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  50 
 
 		 140 aa  120  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 125 aa  90.1  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  37.5 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  31.36 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  31.3 
 
 		 122 aa  76.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  35.54 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  30.77 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  25.2 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  30.4 
 
 		 140 aa  72  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  35.96 
 
 		 123 aa  71.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  30.51 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  26.72 
 
 		 146 aa  70.1  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  26.72 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  30.25 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  33.05 
 
 		 123 aa  67  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  33.93 
 
 		 124 aa  67  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 131 aa  67  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  32.56 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  36.46 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  30 
 
 		 124 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  30.43 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2616  CopY family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.940233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 129 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 155 aa  63.5  0.0000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1287  transcriptional repressor, CopY family  31.36 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.58486  normal  0.221741 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3767  CopY family transcriptional repressor  33.66 
 
 		 139 aa  62  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164667  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5668  CopY family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 127 aa  62  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5343  CopY family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 127 aa  62  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.813895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4282  transcriptional repressor, CopY family  32.67 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5379  CopY family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 153 aa  62  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  31.58 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2816  CopY family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  23.73 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  29.59 
 
 		 121 aa  60.5  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4382  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 		 126 aa  60.1  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3706  CopY family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.450993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 117 aa  60.1  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1362  CopY family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  30.97 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0498  CopY family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.584865 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  26.72 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  31.3 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0317  CopY family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 122 aa  57.8  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00119486  hitchhiker  0.0079489 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  28.83 
 
 		 121 aa  57.8  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 123 aa  57.4  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5182  transcriptional repressor, CopY family  32.29 
 
 		 132 aa  57  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.717917  hitchhiker  0.0058899 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  24.17 
 
 		 161 aa  56.6  0.0000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  24.17 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  26.09 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  24.37 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2186  transcriptional regulator, putative  29.59 
 
 		 111 aa  55.5  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1835  transcriptional repressor, CopY family  26.5 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5556  CopY family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 124 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.223258  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  26.5 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  26.5 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5639  transcriptional repressor, CopY family  39.06 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0388648 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  25.86 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  26.72 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4479  CopY family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 141 aa  53.5  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.565601 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  24.17 
 
 		 133 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  29.57 
 
 		 119 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  26.5 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 154 aa  53.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  35.14 
 
 		 133 aa  53.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  29.57 
 
 		 128 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  27.35 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37280  predicted transcriptional regulator  38.55 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.122249 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2622  transcriptional repressor, CopY family  29.7 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0170436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0287  transcriptional repressor, CopY family  26.36 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.175686  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2754  transcriptional repressor, CopY family  27.08 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  28.18 
 
 		 143 aa  52.8  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 122 aa  52.4  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  25.86 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3494  transcriptional repressor, CopY family  29.7 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  23.33 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2564  CopY family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 140 aa  52  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2606  Penicillinase repressor  38.46 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3357  CopY family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.58823 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4311  transcriptional repressor, CopY family  34.75 
 
 		 141 aa  52  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.972476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1643  transcriptional repressor, CopY family  34.07 
 
 		 131 aa  51.6  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.460191  normal  0.0845343 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  22.41 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 122 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4231  Penicillinase repressor  38.46 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3680  transcriptional repressor, CopY family  29.41 
 
 		 139 aa  51.6  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  24.35 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5136  transcriptional repressor, CopY family  26.09 
 
 		 118 aa  50.8  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110862  normal  0.0983115 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0567  regulator  32.56 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3087  CopY family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 138 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.449228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>