More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0563 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  100 
 
 		 678 aa  1399    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  23.04 
 
 		 712 aa  134  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  22.53 
 
 		 729 aa  112  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  20.06 
 
 		 717 aa  108  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  26.05 
 
 		 711 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0918  transcriptional regulator, CadC  22.94 
 
 		 725 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  34.65 
 
 		 522 aa  80.5  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1734  ATPase-like protein  34.34 
 
 		 977 aa  78.2  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  28.14 
 
 		 425 aa  77.8  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  33.98 
 
 		 521 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  41.18 
 
 		 518 aa  75.9  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  23.22 
 
 		 711 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  40.24 
 
 		 1020 aa  74.3  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  33.96 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  33.96 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  33.96 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.879063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  43.21 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  43.21 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  43.21 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  43.21 
 
 		 512 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  43.21 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  43.21 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  43.21 
 
 		 512 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3415  transcriptional regulator, CadC  33.68 
 
 		 436 aa  73.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.126014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  43.21 
 
 		 512 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  36.46 
 
 		 522 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.69 
 
 		 237 aa  71.6  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3121  transcriptional regulator, CadC  32.63 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0116051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1101  transcriptional regulator domain-containing protein  20.41 
 
 		 713 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000631181  hitchhiker  0.00725129 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.63 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 1092 aa  70.5  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  32.35 
 
 		 525 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 1067 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 1089 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 1080 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 1089 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  40 
 
 		 762 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1209  winged helix family two component response transcriptional regulator  21.95 
 
 		 714 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0310847  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  31.31 
 
 		 1075 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 239 aa  68.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  30.3 
 
 		 1092 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.03 
 
 		 234 aa  68.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3069  two component transcriptional regulator  42.5 
 
 		 230 aa  68.6  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000467461  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  41.56 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  41.56 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  41.56 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  41.56 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  33.33 
 
 		 531 aa  68.2  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  41.56 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  41.56 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  41.56 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1665  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.67 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  41.56 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  41.56 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 238 aa  67.8  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  29.29 
 
 		 1074 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  29.29 
 
 		 1075 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.29 
 
 		 1075 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1040  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1119  DNA-binding response regulator  35.11 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1024  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 224 aa  67  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  29.29 
 
 		 1063 aa  67  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  30.43 
 
 		 1102 aa  67  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  31 
 
 		 521 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.5 
 
 		 237 aa  66.2  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1569  winged helix family two component response transcriptional regulator  35.96 
 
 		 236 aa  65.9  0.000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000954897  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  32.29 
 
 		 236 aa  65.5  0.000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1917  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 238 aa  65.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.332821 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4914  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 238 aa  65.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.095278 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0821  two component transcriptional regulator  31.18 
 
 		 220 aa  65.5  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.321247  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2713  transcriptional activator CadC  36.36 
 
 		 395 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0552  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.85 
 
 		 226 aa  65.9  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2758  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.36 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00262539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2820  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.36 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0342818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2799  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.36 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0038279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  22.9 
 
 		 756 aa  65.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2933  DNA-binding transcriptional activator CadC  36.36 
 
 		 514 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00185207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0798  two component transcriptional regulator  31.18 
 
 		 220 aa  65.5  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  34.78 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  31 
 
 		 1131 aa  65.1  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0589  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 229 aa  65.1  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.588929  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 233 aa  65.1  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2504  DNA-binding response regulator  37.36 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2210  DNA-binding response regulator  37.36 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  36.26 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1017  response regulator  34.04 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0627963  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2903  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1198  DNA-binding response regulator  34.04 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.885409 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  39.24 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0436  two component transcriptional regulator  32.29 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18923  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1275  DNA-binding response regulator  34.04 
 
 		 234 aa  64.3  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11471  two-component response regulator, phosphate  32.29 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0202491 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2507  winged helix family two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0440  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 230 aa  63.9  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  30.39 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0260  response regulator receiver protein  31.87 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.820416  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1018  response regulator  34.04 
 
 		 234 aa  63.9  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.54503  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>