More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0532 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 321 aa  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  82.02 
 
 		 318 aa  544  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  75.16 
 
 		 324 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  75.16 
 
 		 324 aa  509  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  75.08 
 
 		 320 aa  508  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  75.16 
 
 		 324 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  75.39 
 
 		 323 aa  503  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  76.1 
 
 		 328 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  73.67 
 
 		 319 aa  503  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  76.88 
 
 		 324 aa  504  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  76.42 
 
 		 324 aa  498  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  76.1 
 
 		 328 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  76.1 
 
 		 328 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  75.79 
 
 		 328 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  70.9 
 
 		 323 aa  486  1e-136  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  69.75 
 
 		 320 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  54.4 
 
 		 319 aa  378  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  53 
 
 		 322 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.87 
 
 		 332 aa  355  5e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  50.32 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  47.6 
 
 		 316 aa  325  7e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  47.81 
 
 		 320 aa  319  3.9999999999999996e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  47.32 
 
 		 322 aa  316  3e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  44.63 
 
 		 325 aa  286  4e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  40.65 
 
 		 320 aa  275  8e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.78 
 
 		 334 aa  264  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.35 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.54 
 
 		 312 aa  255  8e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.08 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.08 
 
 		 313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 312 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.75 
 
 		 313 aa  252  7e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  42.14 
 
 		 280 aa  251  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 312 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 312 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  39.68 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  39.68 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 311 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.09 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.88 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  55.8 
 
 		 163 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  53.69 
 
 		 160 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  53.69 
 
 		 160 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  53.44 
 
 		 145 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 309 aa  159  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 327 aa  149  8e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 550 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.71 
 
 		 451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  47.33 
 
 		 148 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  45 
 
 		 145 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.97 
 
 		 730 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 350 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 422 aa  145  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  44.29 
 
 		 146 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 487 aa  145  9e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  29.7 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.78 
 
 		 797 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 446 aa  143  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 351 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.39 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 525 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 359 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 357 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.44 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 495 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.4 
 
 		 578 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  44.12 
 
 		 145 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 342 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.39 
 
 		 1000 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.37 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 469 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 764 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 611 aa  136  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.38 
 
 		 459 aa  136  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 317 aa  136  5e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 380 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 294 aa  136  5e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.2 
 
 		 499 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 569 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 353 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 		 328 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>