More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0416 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  66.34 
 
 		 611 aa  850    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  71.12 
 
 		 610 aa  884    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.06 
 
 		 619 aa  900    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  65.22 
 
 		 602 aa  828    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.06 
 
 		 619 aa  899    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  67.84 
 
 		 610 aa  865    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.54 
 
 		 619 aa  898    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  100 
 
 		 624 aa  1264    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  68.75 
 
 		 613 aa  877    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  68.78 
 
 		 613 aa  890    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.63 
 
 		 628 aa  885    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  67.49 
 
 		 609 aa  855    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.01 
 
 		 613 aa  879    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.23 
 
 		 604 aa  899    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  64.32 
 
 		 607 aa  810    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.38 
 
 		 619 aa  894    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  47.12 
 
 		 592 aa  550  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  46 
 
 		 603 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  45.31 
 
 		 608 aa  521  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.77 
 
 		 631 aa  506  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  46.35 
 
 		 600 aa  507  9.999999999999999e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.65 
 
 		 592 aa  504  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2811  thiol:disulfide interchange protein precursor  43.27 
 
 		 624 aa  502  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.9 
 
 		 565 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.72 
 
 		 565 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.9 
 
 		 565 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.9 
 
 		 565 aa  477  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.72 
 
 		 565 aa  476  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.72 
 
 		 565 aa  475  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  41.55 
 
 		 565 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  41.72 
 
 		 565 aa  475  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.55 
 
 		 565 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  40.43 
 
 		 595 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  40.43 
 
 		 595 aa  462  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  40.43 
 
 		 595 aa  462  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.78 
 
 		 567 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.61 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.44 
 
 		 567 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.6 
 
 		 561 aa  461  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.61 
 
 		 567 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.27 
 
 		 567 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  39.83 
 
 		 563 aa  454  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3535  thiol:disulfide interchange protein precursor  40.19 
 
 		 572 aa  449  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3410  thiol:disulfide interchange protein precursor  41.71 
 
 		 570 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  40.3 
 
 		 583 aa  443  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  40 
 
 		 583 aa  444  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.27 
 
 		 810 aa  414  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0712  thiol:disulfide interchange protein precursor  36.78 
 
 		 570 aa  398  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.642209  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.21 
 
 		 789 aa  391  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1055  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39 
 
 		 626 aa  388  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000114598  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  37.7 
 
 		 750 aa  384  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.43 
 
 		 586 aa  379  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.42 
 
 		 624 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  37 
 
 		 731 aa  372  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.33 
 
 		 613 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2790  thiol:disulfide interchange protein DsbD  36.93 
 
 		 589 aa  363  4e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1041  DsbD family thiol:disulfide interchange protein  37.35 
 
 		 745 aa  357  5e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  37.31 
 
 		 628 aa  355  1e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0028  protein-disulfide reductase  36.7 
 
 		 623 aa  351  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  35.34 
 
 		 642 aa  342  8e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  35.24 
 
 		 630 aa  342  2e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  33.56 
 
 		 626 aa  340  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  34.07 
 
 		 586 aa  339  9e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  34.12 
 
 		 586 aa  338  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  34.38 
 
 		 649 aa  335  1e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2683  protein-disulfide reductase  34.7 
 
 		 654 aa  334  3e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  35.55 
 
 		 752 aa  333  5e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1568  protein-disulfide reductase  35.8 
 
 		 622 aa  333  7.000000000000001e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.314287  normal  0.0195641 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3151  protein-disulfide reductase  35.04 
 
 		 639 aa  333  8e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0520  protein-disulfide reductase  35.23 
 
 		 610 aa  330  7e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00644414  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0343  protein-disulfide reductase  32.66 
 
 		 631 aa  330  7e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0138358 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1357  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.26 
 
 		 612 aa  329  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.669889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  32.73 
 
 		 629 aa  328  2.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3936  protein-disulfide reductase  35.6 
 
 		 577 aa  328  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.327412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1312  Protein-disulfide reductase  34.32 
 
 		 625 aa  327  3e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0091784  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2990  thiol:disulfide interchange transmembrane protein  34.69 
 
 		 608 aa  325  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2921  Protein-disulfide reductase  35.1 
 
 		 604 aa  325  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351714 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  34.17 
 
 		 616 aa  325  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.17 
 
 		 616 aa  325  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2592  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.13 
 
 		 654 aa  324  4e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  33.39 
 
 		 575 aa  323  6e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2329  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.51 
 
 		 606 aa  323  7e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0733929  normal  0.104839 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0296  protein-disulfide reductase  33.05 
 
 		 611 aa  321  3e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.58017  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2810  protein-disulfide reductase  32.55 
 
 		 618 aa  320  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.126387  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2730  protein-disulfide reductase  32.23 
 
 		 615 aa  320  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0377  protein-disulfide reductase  32.23 
 
 		 615 aa  320  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3476  protein-disulfide reductase  32.34 
 
 		 617 aa  319  9e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.842688 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1355  Thioredoxin domain protein  33.22 
 
 		 577 aa  318  2e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  32.08 
 
 		 603 aa  317  4e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  31.99 
 
 		 570 aa  315  9.999999999999999e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0278  protein-disulfide reductase  32.95 
 
 		 614 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.108061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2980  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.79 
 
 		 611 aa  314  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702235  normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2394  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.05 
 
 		 612 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000654714  hitchhiker  0.0000354348 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2773  Protein-disulfide reductase  35.75 
 
 		 632 aa  312  1e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3415  disulfide reductase  33.95 
 
 		 623 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.189847 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1683  thiol:disulfide interchange protein DsbD  34.38 
 
 		 624 aa  310  5.9999999999999995e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.424941  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6280  protein-disulfide reductase  31.17 
 
 		 623 aa  310  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.432431 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0305  protein-disulfide reductase  33.05 
 
 		 611 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.069977 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  31.42 
 
 		 574 aa  308  2.0000000000000002e-82  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3039  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  33.12 
 
 		 627 aa  308  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>