More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0317 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  100 
 
 		 404 aa  842    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  62.38 
 
 		 403 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451154 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  62.41 
 
 		 405 aa  504  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  60.88 
 
 		 415 aa  494  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  52.87 
 
 		 404 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  51.85 
 
 		 432 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  40.81 
 
 		 420 aa  282  9e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  41.52 
 
 		 439 aa  280  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0550  phage integrase family protein  39.15 
 
 		 413 aa  280  5e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0350  phage integrase family protein  39.85 
 
 		 427 aa  271  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  40.76 
 
 		 419 aa  269  7e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  39.76 
 
 		 420 aa  268  1e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  40 
 
 		 422 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  38.72 
 
 		 422 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  40.55 
 
 		 425 aa  259  6e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4258  phage integrase family site specific recombinase  47.93 
 
 		 293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  39.69 
 
 		 418 aa  254  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  36.63 
 
 		 419 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  35.73 
 
 		 515 aa  230  3e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  30.83 
 
 		 414 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  30.83 
 
 		 409 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  30.57 
 
 		 409 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  29.5 
 
 		 403 aa  162  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  30.33 
 
 		 409 aa  162  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  29.89 
 
 		 410 aa  160  4e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  29.9 
 
 		 410 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  28.97 
 
 		 414 aa  149  9e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  27.27 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  29.47 
 
 		 413 aa  145  9e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  29.26 
 
 		 399 aa  145  1e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3366  phage integrase family protein  30.71 
 
 		 394 aa  142  9e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  29.02 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  29.92 
 
 		 389 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  28.79 
 
 		 395 aa  139  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  29.49 
 
 		 402 aa  139  8.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  27.23 
 
 		 406 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  28.09 
 
 		 398 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  29.49 
 
 		 400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  28.79 
 
 		 400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  28.17 
 
 		 395 aa  135  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  29.64 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5642  Phage integrase  28.33 
 
 		 403 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  27.58 
 
 		 395 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  30 
 
 		 418 aa  133  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  27.46 
 
 		 414 aa  133  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  26.87 
 
 		 404 aa  133  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.35 
 
 		 402 aa  133  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  28.17 
 
 		 433 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  27.62 
 
 		 394 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  26.43 
 
 		 404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  27.98 
 
 		 426 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  28.61 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  27.78 
 
 		 404 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  26.43 
 
 		 404 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  28.83 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  27.54 
 
 		 404 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  27.54 
 
 		 404 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  27.95 
 
 		 396 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2526  Phage integrase  27.4 
 
 		 481 aa  126  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000237436  normal  0.0434699 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  26.68 
 
 		 404 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  26.1 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  26.88 
 
 		 396 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  27.03 
 
 		 415 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.95 
 
 		 394 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  27.55 
 
 		 417 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.95 
 
 		 394 aa  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  28.5 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  29.24 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  26.9 
 
 		 411 aa  124  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  26.29 
 
 		 449 aa  123  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  27.14 
 
 		 402 aa  123  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  26.8 
 
 		 402 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  27.27 
 
 		 404 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  28.14 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  25.48 
 
 		 422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  29.24 
 
 		 398 aa  121  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  30.51 
 
 		 399 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  27.13 
 
 		 401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3484  phage integrase family protein  29.01 
 
 		 418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  26.99 
 
 		 393 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  27.55 
 
 		 413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3273  phage integrase family protein  26.93 
 
 		 401 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0956673  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  27.01 
 
 		 367 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  28.2 
 
 		 402 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  29.25 
 
 		 404 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  28.57 
 
 		 428 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  26.42 
 
 		 402 aa  117  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  27.62 
 
 		 418 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1967  integrase family protein  25.38 
 
 		 429 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.211541  normal  0.0364461 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3410  integrase family protein  26.4 
 
 		 401 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134022  hitchhiker  0.000868318 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  26.92 
 
 		 418 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  27.79 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  27.53 
 
 		 418 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  27.3 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  28.83 
 
 		 395 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4275.1  prophage Sf6-like integrase  46.49 
 
 		 144 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  27.01 
 
 		 421 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  25.18 
 
 		 422 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0253  integrase family protein  28.11 
 
 		 412 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>